Brennan még mindig bujkál a kis Christine-nel, mivel Pelant miatt gyilkossági gyanúsított. Booth egyre frusztráltabb a helyzet miatt, a Jefferson-intézet munkatársai pedig azon munkálkodnak, hogy elintézhessék Pelantet. Brennan segítségével titkos utakon kapcsolatba lépnek Angelával, aki elvezeti a csapatot Pelant egyik áldozatának csontvázához.

Booth és Bones kapcsolata még nem a régi, és a háromhavi kényszerű távollét után egymás iránti bizalmukon is van mit javítani. Egy válóperes ügyvéd meggyilkolását kell felderíteniük, akit nem csak lehajítottak valahonnan, de le is szúrtak és el is égettek. A nyomozás során kiderül, hogy nem csak az ügyvéd volt könyörtelen.

Hatalmas robbanás követel halálos áldozatot egy szálloda parkológarázsában. A Jefferson szakértői azonosítják az elhunytat, ám kínos meglepetésben lesz részük, amikor kiderül, hogy tévedtek, mert az áldozat valójában a halottnak vélt férfi ikertestvére. Booth irodai munkára kényszerül, hogy megindokolja a költségvetést, így helyette egy zöldfülű, de agilis, fiatal női ügynököt bíznak meg, hogy Sweets segítségére legyen a nyomozásban.

Egy országút menti árokban talált férfi maradványai alapján az FBI hamarosan rájön, hogy veszélyeztetett állatfajokkal való tiltott kereskedelem folyt a környéken, amelynek a meggyilkolt férfi tanúja lehetett. Brennan és Booth a nyomozás közben egymással is vitába kerülnek.

Egy szeméttárolóban borzalmasan megcsonkított női holttestet találnak. Kiderül, hogy a nő egy kézműves almaszósz-bolt társtulajdonosa volt, és prostituáltként tett szert némi mellékkeresetre. Így idővel egyre több a gyanúsított: a hentes, aki szerelmével üldözte, az orvos, aki kezelte, a nevelőapa, aki imádta. Eközben Booth felajánlja Sweets-nek, hogy költözzön hozzájuk pár napra, de az együttlakás nem zökkenőmentes.

Brennan összehívja a gyakornokokat, hogy a csapatszellemen munkálkodva minél több maradványt azonosítsanak. Arostoo, aki nem a könnyebbik utat választja, megfogadja, hogy ha törik, ha szakad, azonosít egy hajléktalan férfit, aki a szeptember tizenegyediki terrortámadások idején halt meg. Azonban az azonosítás és a halál körülményeinek kiderítése váratlan akadályokba ütközik: a gyakornokoknak le kell számolniuk az egymással szembeni előítéleteikkel és az eset Brennant is önvizsgálatra készteti.

Egy szemétszállító hajó konténerének zsákjában furcsa emberi maradványokra bukkannak. Arastoo és Vaziri lelkesen nekilát az azonosításnak. Hamarosan kiderül, hogy a halott férfit többen is eltehették láb alól: az üzleti versenytársa, a felesége, a mostohafia és a szeretője is gyanús. Azonban igazából a halott munkája az, ami felkelti Bones figyelmét: a férfi gyilkosságok helyszínén dolgozott és bizonyítékok eltakarításával foglalkozott.

Zed, a híres plakáthuligán véletlenül lezuhan egyik munkája közben, és ráesik egy öt napja halott férfi maradványaira. Kiderül, hogy a férfi meglehetősen gyanús körülmények között hunyt el. Halála előtt összeveszett barátnőjével, több kollégájával is haragban volt, el akart költözni a városból, hogy új életet kezdjen. Hogy kiderítsék, ki a gyilkos, Booth kénytelen részt venni egy tehetségkutató show-ban.

Egy melegházban megtalálják egy több éve halott kamaszfiú holttestét. A fiú azonosítása hamarosan megtörténik, azonban a laborban mindenki úgy érzi, hogy a szelleme valahogy ott van közöttük - ezt Avalon, Angie médiuma is megerősíti. Mindenki elkezd beszélgetni a koponyával, megpróbálnak közelebb kerülni a fiú szelleméhez. Bones annyira elmerül az ügyben, hogy még haza is viszi a koponyát.

Egy elhagyatott bányában megkristályosodott női holttestet találnak. Kiderül, hogy az áldozat versenytáncos volt, partnerével egy neves tévéműsor előválogatóján szerepeltek volna. A partner, Kendrick azonban új társ után nézett. Brennan és Booth versenytáncosnak adják ki magukat, és jelentkeznek a meghallgatásra, hogy megtalálják a gyilkost.

Egy ejtőernyős az erdőben egy holttestet fedez fel, melyet a szövőlepke teljesen befont. Kiderül, hogy az áldozat a kalandvágyó, ámde kétes hírű régész, James Sutton. Sutton nemrég elvett egy orosz lányt, akivel az Államokba érkezett és magával hozott jó néhány csontleletet is, amikről Bones kideríti, hogy huszonötezer évesek. Megindul a nyomozás Sutton halála ügyében, és eközben versengés alakul ki Brennan és Clark között az ősrégi csontokat miatt.

Amikor virágszirmokat és egy megnyúzott holttestet találnak a lakásukon, Angela és Hodgins biztos benne, hogy Christopher Pelant visszatért. Booth kideríti, hogy az áldozat, Xavier Freeman korábban a Különleges Erőknél szolgált. A nyomok egy Serberus nevű zsoldos szervezethez vezetnek. Brennan telefonon egy anatómiai rejtvényt kap Pelant-tól.

Egy házaspár egy eltemetett női holttestre bukkan az erdőben. Hamarosan kiderül, hogy a sír egy másik holttestet is rejt, és a szálak egy különös temetkezési szokást magának valló temetkezési vállalat vezetőjéhez nyúlnak vissza. Sweets és a laborba visszatérő Daisy között eleinte feszült a viszony, majd egy beszélgetés során kimondják: mindketten eltűnődtek, vajon jól tették-e, hogy szakítottak. Bones és Booth eközben parázs vitát folytat a végrendeletükről.

Két rendőr rábukkan egy alig pár órája borzalmas körülmények között megölt nő holttestére. Kiderül, hogy a nő, Melinda egy görkoris derbicsapat tagja volt, így Angela beépül a csapatba, hogy kiderítse, ki lehetett a gyilkos. Az Intézetben mindenkinek feltűnik Booth titokzatos viselkedése - nem árulja el, hová megy el, aztán kiderül, hogy kórházban volt - de Brennan nem mondhat többet a kollégáinak, mint azt, hogy Booth jól van. Cam a saját szakállára nyomozni kezd Booth titka után.

Brennan visszamegy a laborba dolgozni, ahol valaki rálő. Booth még épp időben érkezik, hogy értesítse a mentőket, de a műtőben kétszer leáll Brennan szíve. "Álmában" találkozik halott anyjával, azonban később az élmény valódiságát nem hajlandó elismerni. A csapat nyomozni kezd, hogy hátha a Brennan által épp vizsgált, hídról lezuhant férfi holttestének köze lehet a gyilkossági kísérlethez. Sweets és Sparling több tanút is kihallgat, aki aznap este az épületben volt, de Sweets úgy érzi, mindenki gyanús.

Egy bőröndbe csomagolva megtalálják a két hete eltűnt tizenöt éves kamaszfiú, Manny maradványait. Booth és Sweets kiderítik, hogy a fiú amolyan technikai zseni volt, mobiltelefonokkal is üzletelt. Egy bulin a halála előtt viszont összeverekedett valakivel gyerekkori barátja, Kat miatt. Cam lánya, Michelle titokban a városba érkezik, mert a barátjával, Finn-nel kettesben akarja tölteni a hétvégét, Cam tudta nélkül.

Egy botcsinálta földműves sekély sírhantban fekvő emberi maradványokra bukkan a földjén. Bones nagyon felháborodik, amikor új gyakornoka egészen különös kérdésekkel bombázza, majd idővel arra kényszeríti, hogy több mindent átgondoljon önmagával kapcsolatban. Az áldozat latin-amerikai fiatalember, akinek nehéz gyermekkora volt, mégis minden vágya az időutazás volt, hogy visszajusson a múltba és megakadályozza családja szétesését. Booth és Bones felkeresi a fizikaprofesszort, akinek a fiú a segédje volt, és akinek nem kevés titkolnivalója van.

Egy hordó szappan érkezik az Intézethez vizsgálatra, belemerevedett férfimaradványokkal. Az áldozat nyugat-afrikai fiatal férfi, Symchay, aki Sierra Leonéből menekült az Államokba, de úgy tűnik, a múltja itt is eléri. Booth megkeresi a férfi eltűnését bejelentő barátot, Brimát, aki illegálisan tartózkodik az országban. Cam és Arastoo viszonya egyre kevésbé tűri a munkahelyi kereteket.

Szénné égett női holttestet találnak egy vidéki karámban. Az áldozat, Deanna az emberiség pusztulásának túlélésére szakosodott katonai csoport tagja volt. Hamarosan kiderül, hogy csak a csoport valamelyik tagja lehetett a tettes, azonban az egész társaság Deanna halálakor egy földalatti bunkerben tartózkodott. Angela és Hodgins gőzerővel dolgozik az ügyön, mégsem tudnak rájönni, hogy miként jutott ki a gyilkos a bunkerből. Úgy tűnik, Sweets végre elköltözik a házból, azonban ez a vártnál jobban megviseli Bones-t és Booth-t.

Több napja megölt férfi holttestére bukkannak egy autóban. Kiderül, hogy az illető, Reuben álruhás rendőr, aki egy bűnöző-párosnak volt a nyomában, akik bank-automatákat rabolnak ki a városban. Azonban senki nem számít arra, hogy Reuben gyomrában nagy értékű gyémántokat találnak. Booth-nak egyre gyanúsabb Reuben felettese, Dinco parancsnok viselkedése.

Egy elhagyatott házban az egyik show-műsor munkatársának, Rebecca Pierce-nek a holttestére bukkannak. Hamarosan több gyanúsított is akad: a bírónő, aki összeveszett Rebeccával, mert kitiltotta az alkoholt a forgatásról, a lány, aki elfoglalta a helyét, a volt barát, akivel nemrég szakított. Bones nem hajlandó beletörődni abba, hogy lehet, hogy Christine teljesen átlagos gyermek.

Egy építkezés során egy férfi holttestet találnak. Az áldozatról, Jackről hamarosan akiről kiderül, hogy jól jövedelmező bróker-állása mellett sztriptíz-táncosként is dolgozott. Booth-t nagy meglepetés éri, amikor felbukkan 24 éve nem látott anyja - a férfi meghívja, hogy lakjon náluk, amíg a városban van. Hodgins kideríti, hogy Jack-nek volt komoly barátnője, egy nagyon gazdag örökösnő, akivel nagyon zaklatott volt a kapcsolata, emellett a céges ügyei sem voltak makulátlanok. Booth megtudja, hogy anyja férjhez akar menni.

Az őrült és zseniális Christopher Pelant visszatért. Egy parkban egy FBI-ügynök holttestére bukkannak, és a gyilkos által hátrahagyott nyomok alapján Sweets hamarosan rájön, hogy Pelant áll az ügy mögött. Hamarosan újabb ügynököt ölnek meg, és Sweets rádöbben, hogy Pelant az ő cikkeiből mazsolázva állítja össze a gyilkosságok helyszíneit, ráadásul bérencekkel dolgozik együtt. Brennan végre rászánja magát, és megkéri Booth-t, hogy legyen a férje, aki boldogan beleegyezik.