Il team del Jeffersonian indagherà sulla morte di Jason Siedel, i cui resti sono stati ritrovati nell’impianto di aria condizionata di un hotel. Booth ritrova il suo vecchio compagno Danny Beck e chiede consiglio ad Aldo Clemens, un ex prete, su come gestire la relazione con Brennan dopo che Pelant li ha divisi. Intanto, Brennan deve decidere se credere a Booth o interrompere la loro relazione.

Le indagini per l’omicidio di Adam Pak, un consulente i cui resti sono stati ritrovati divorati dalle linci rosse, portano Booth e Brennan in un luogo di villeggiatura per coppie, dove i due agenti andranno sotto copertura indossando le vesti di Roxie e Tony e dove incontreranno Bill ed Evelyn Schumacher, il cui matrimonio sembra troppo perfetto. Infine, Cam viene arrestata per errore quando la sua identità viene rubata e Sweets decide di prendersi una pausa dall’FBI.

Il team del Jeffersonian dovrà indagare sull’omicidio di Jamie Delcampo, un membro della gang Estrellas Locas, i cui resti sono stati ritrovati carbonizzati in un auto; nel frattempo, dopo essersi preso una pausa dall’FBI in seguito ai terribili avvenimenti successivi all’aggressione di Pelant, Sweets decide di aiutare sul campo durante le indagini quando scopre che uno dei bambini del centro dove fornisce aiuto come volontario è il figlio di uno dei membri della gang.

Pelant è tornato ed i membri del Jeffersonian vogliono mettere fine alla sua carriera di serial killer una volta per tutte e per questo ordiscono un piano con l’aiuto dell’agente special Hayes Flynn, utilizzando un cadavere umano desideroso di aiutare il team nella cattura del criminale e ponendolo in posizione tale da emulare Pelant. Il loro piano fallisce quando Pelant risulta essere un passo avanti a loro ed uccide una persona cara a Booth; nel frattempo Sweets ritorna sul campo e convince l’agente Flynn che non è la persona che tutti credevano fosse.

Il Jeffersonian team indaga sull’omicidio di Charlie McCord, il direttore di un liceo che dopo aver scoperto di avere un cancro in fase terminale, ha aperto un sito dove la gente può dargli consigli sui video da realizzare. Quando vengono rinvenuti un video dove Charlie prende a pugni il pugile Chuck Liddell ed una lista di cose da fare prima di morire, il team inizia ad avvicinarsi alla soluzione del caso.

Il team del Jeffersonian indaga sulla morte di Nancy Handelman, i cui resti sono stati ritrovati nel giorno delle nozze di Brennan e Booth; quando il caso si fa più serio, Cam ed Angela fanno tutto ciò che è in loro potere per tenere Brennan all’oscuro e fare in modo che la donna si concentri sul suo grande giorno. La tensione sale quando uno sfortunato evento interrompe il matrimonio e Max si presenta in città con una borsa piena di denaro.

Mentre sono in luna di miele a Buenos Aires, Booth e Brennan non riescono a rilassarsi e decidono di aiutare Raphael Valenza, un detective locale e grande fan dei libri di Brennan, a risolvere l’omicidio di un criminale di guerra nazista, i cui resti sono stati ritrovati vicino una storica fossa comune, mentre a Washington, Hodgins e Angela cercano di prendersi cura di Christine mentre i due colleghi sono in luna di miele.

Il team del Jeffersonian indagherà sull’omicidio di Sean Nolan, un ex modello i cui resti sono stati rinvenuti vicino ad una diga; durante le indagini, la squadra scopre che l’unica fonte di reddito dell’ex modello erano le donazioni di sperma. Quando la squadra scopre che Sean Nolan ha falsificato i registri delle donazioni, automaticamente le donne che hanno ricevuto il suo seme rientrano nella sfera dei sospetti; infine, Brennan lotta con le convenzioni sociali quando rimane coinvolta in una faida con l’autrice Tess Brown e Hodgins mette alla prova il suo istinto materno prendendosi cura di una larva di una mosca.

Brennan è un giurato nel processo ad un calciatore, accusato di aver ucciso la propria moglie. Succederà qualcosa di imprevisto.

Il team del Jeffersonian investiga sulla morte di uno scienziato del cibo, i cui resti sono stati gettati in un tritacarne e mescolati ad uno stufato servito in una caffetteria di una scuola; quando il team scopre l’ultima invenzione dello scienziato, i sospetti ricadono su altri professionisti del settore. Intanto, Angela pianifica un addio al nubilato dopo le nozze per Brennan e la festa diventa più folle di quanto avesse pianificato.

Il team del Jeffersonian indaga sull’omicidio di una ginnasta classificata a livello nazionale, i cui resti sono stati colpiti da un fulmine e sparsi in un parco pubblico; sebbene le prove conducano ad una ginnasta rivale come principale indiziata, Brennan e Booth scoprono che l’atleta conduceva una doppia vita. Infine, Booth si preoccupa quando Brennan prova una sorprendente empatia con il padre della vittima e Cam ha un confronto con la donna che le ha rubato l’identità.

Il team del Jeffersonian indagherà sulla morte di Lana Brewster, una ragazza i cui resti vengono consegnati a casa di Booth e Brennan da qualcuno che crede che Lana non sia morta in un incidente; quando il team scopre che la ragazza è stata assassinata, le persone che la circondavano diventano dei sospettati, incluso il suo ex ragazzo che era una vecchia conoscenza di Hodgins. Infine, Brennan continua ad essere tormentata nei suoi sogni da Pelant e si convince che un killer ancora più pericoloso del genio del male possa essere coinvolto nell’omicidio di Lana.

Il team è chiamato ad indagare sui resti trovati in una buca poco profonda: si tratta di una ex star della musica country.

I resti di un famoso giocatore di scacchi vengono trovati mischiati al cibo nel truogolo dei maiali. Serve qualcuno che possa entrare nel mondo degli scacchi.

La squadra lavora sul caso dei resti di una donna trovati sepolti in un parco. Intanto Booth e Bones si trovano di fronte ad una questione di soldi.

La squadra lavora per capire chi ha ucciso un uomo che è stato trovato in una fossa biologica. Intanto Booth e Brennan discutono di religione.

La squadra indaga sull'omicidio di una giovanissima star della televisione. Intanto Booth e Brennan organizzano il party del primo compleanno di Christine.

Un uomo si presenta vivo e vegeto al proprio funerale: la squadra di Bones deve capire a questo punto chi è stato cremato al suo posto.

La squadra lavora sui resti di una ragazza trovati in un bosco all'interno di un tronco. Intanto Wendell torna dopo il trattamento medico.

Bones e i suoi indagano sull'omicidio di una donna il cui cadavere è stato rinvenuto in una palude. Intanto Booth è alle prese con una decisione importante.

Il team indaga sulla morte della figlia di una famiglia facoltosa. Il Vice Direttore dell'FBI si interessa al caso, in particolare al ruolo di Booth.

La squadra indaga sulla morte di un istruttore di nuoto, trovato sul fondo di un pozzo. Intanto c'è un nuovo arrivo al Jeffersonian.

In questo finale della nona stagione: un uomo che ha dato appuntamento a Booth per rivelargli informazioni su un caso viene trovato ucciso. Per Seeley sono in vista brutti guai.