La investigación sobre la muerte de Laura Palmer, la que fuera reina del instituto de Twin Peaks, prosigue. La comunidad se ve cada vez más afectada mientras la vida de varios de sus miembros corre peligro. Entre tanto, Audrey comienza a temer por su vida mientras permanece secuestrada.

Muchos acontecimientos comienzan a agolparse: el agente del FBI recibe una desagradable noticia al mismo tiempo que un ofrecimiento que no esperaba. Por su parte, los problemas de Audrey Horne parece que nunca terminan, mientras Donna Hayward organiza una cita con un desconocido y Leland Palmer descubre un hecho terrible.

El sheriff Truman y el agente especial Cooper siguen investigando el asesinato de Laura Palmer, que se verá afectado por un hecho inesperado. Mientras tanto, el doctor Jacoby decide someterse a una sesión de hipnosis y Blackie OReilly encuentra una oportunidad única para hacer realidad sus planes.

Ben Horne pide al agente Cooper que le ayude a salvar la vida de su hija Audrey. Entre tanto, la prima de Josie Packard llega de Hong Kong. Mientras, la vida amorosa de Lucy Moran se complica y Donna Hayward por su parte, decide volver a salir de excursión.

Mientras Leland Palmer asiste a la vista de su juicio, Donna Hayward y Maddy Ferguson planean robar el diario íntimo de Laura Palmer. Entre tanto, el agente Cooper revela el paradero de Audrey al sheriff Truman, y Ben Horne recibe a un extraño personaje que le propone un curioso negocio.

Mientras el sheriff Truman y el agente Cooper deciden efectuar un registro en el local de Jack el Tuerto, llega el jefe de Cooper para hacerle una visita. Por su lado, Shelly Johson organiza una fiesta, ayudada por Bobby Briggs, para celebrar el regreso de Leo, su marido. Al mismo tiempo, Donna y Mandy se enfrentan a un enfurecido Harold Smith.

La ayuda de un hombre manco resulta crucial para que la investigación que realizan Cooper y Truman se termine aclarando. Mientras, los problemas económicos afectan a la relación de Shelly y Bobby. Entre tanto, Audrey le revela a su padre algunas de las cosas que ha descubierto en el local de Jack "El Tuerto" y Leland trata de convencer a Maddy para que no se marche de casa.

En su intento por localizar a Bob, el agente Cooper y el sheriff Truman reciben la ayuda de un hombre manco, quien sufre una crisis de identidad. Mientras Vivian, la madre de Norma Jennings, lleva de visita al pueblo a su nuevo marido. James y Donne pierden la oportunidad de despedirse de Maddy y Lucy regresa a casa acompañada. Entre tanto, Bobby Briggs se introduce en un negocio con la esperanza de ganar dinero rápidamente.

Norma Jennings critica a su mamá ya que ella nunca le encuentra nada bien; Donna recibe una carta de Harold Smith escrita antes de que este muriera, y que contenía una página del diario secreto de Laura. En el diario, Laura contaba que tuvo un sueño y ese mismo sueño fue el que tuvo Copper; Cooper va a buscar pìstas con el hombre manco Mike y éste le dice encuentre el Gigante de sus sueños ya que le ayudará a dar con Bob.

Cooper consuela a Sara, por la muerte de su esposo Lenald; Se hace una comida en la casa de los Lenald por el funeral; Cooper al terminar el caso, se debe ir de Twin Peaks pero un agente le quita la placa y el arma por tener cargos en su contra ya que cruzó 2 veces la frontera cuando fue a Canadá, primero cuando fue a Jack El Tuerto a investigar y luego cuando rescató a Audrey; Bobby trata de acerarse a las oficinas Ben con la ayuda de Audrey.

El agente travesti del FBI Dennis Bryson llega a Twin Peaks, para ayudar a Cooper con la investigación sobre su presunto tráfico de drogas; James se va de viaje por unos días para tratar de olvidar todo lo ocurrido; En un lugar llamado Wallies conoce a una mujer algo misteriosa llamada Evelyn Mash; Hank anuncia a Ben que el control de Jack el Tuerto ya no le pertenece.

Cooper visita la granja del "perro muerto", una casa donde tiene previsto instalarse, donde encuentra restos de cocaína iguales a los de su coche; Gracias a Audrey, averigua que todo es un complot manejado por Jean Renault; Ben Horne comienza a perder poco a poco la cabeza, empezando a revivir "La Guerra de Secesión". Contrata a Bobby como su empleado.

Las explicaciones del Major Briggs acerca de su paradero en los días anteriores son confusas. Briggs explica a Cooper que el proyecto Libro Azul no solo investiga sobre Ovnis, sino también sobre la localización de la Casa Blanca; Truman nombra a Cooper ayudante del Sheriff mientras este no recupere su puesto de Agente Especial del FBI.

Cooper le confiesa a Truman sus experiencias pasadas con Windom Earle, Leo despierta de su coma y le da una nueva causa a su vida, Audrey llega a un acuerdo con Bobby en su intento de salvar la curdura de Ben, cuando el marido de Evelyn es asesinado, James se da cuenta de que lo han engañado, Tomas Eckhardt, quien es ex amante de Josie y el hombre que intento matar a Andrew Packard aparece, Windom Earle se revela.

Cooper encuentra evidencia acerca de que le disparó, y consigue ayuda de Pete, el maestro residente de ajedrez de pueblo en parejas con Windom Earle en el juego mortal de ajedrez; Donna hace una súplica desesperada para salvar a James, quién es sospechoso en el asesinato del Pantano; Shelly regresa a trabajar; Nadine rompe con Ed, en favor de Mike; y Catherine utiliza Josie para atraer a Eckhardt.

Ed propone matrimonio a Norma, James y Donna rompen, Audrey se reúne con un galan, admirador rico de su pasado; Earle envía un rompecabezas para Audrey, Shelly y Donna, Hank es arrestado por el asesinato de Leo, pero señala con el dedo a otra persona , y Josie se ve obligado a encontrarse con Eckhardt - un encuentro que termina en tragedia.

Annie la hermana de Norma deja el convento y llega a Twin Peaks, donde Cooper se enamora de ella, Truman se hunde en la depresión, Catherine deja una caja misteriosa e intrigante por Eckhardt, Se ponen en marcha planes para el certamen de Señorita Twin Peaks y Ben encuentra una manera ingeniosa para detener el desarrollo de Catherine.

Cooper y Truman intentan descifrar el jeroglífico de la cueva del búho, Pete y Catherine se obsesionan con la caja del rompecabezas, Annie y Cooper se enamoran; Gordon Cole se enamora de Shelly, Tremayne lleva a cabo una cata de vinos en el Hotel gran norte, y Windom Earle hace su próximo movimiento.

Windom Earle captura Mayor Briggs para interrogarlo de que tanto sabe sobre las pinturas rupestres de la cueva del búho, Cooper recibe un mensaje desde el otro lado; Donna hace un descubrimiento en su certificado de nacimiento, y Wheeler se va del pueblo tan pronto como Audrey lo busca para decir adiós.

Gracias a Andy, Cooper y Truman descifra parte del secreto de la Logia Negra, Annie Cooper ayuda a prepararse para el concurso de Miss Twin Peaks, El Mayor Briggs escapa de Earle, Catherine continúa su batalla con la caja negra; Ed rompe con Nadine, como él y Norma deciden seguir adelante con sus planes, Lucy decide el padre de su bebé, y el concurso de Miss Twin Peaks va desde lo frivolo al terror.

Cooper tiene que superar sus miedos más profundos mientras sigue la pista de Windom Earle, que ha secuestrado a Annie, y la ha llevado al reino siniestro de la Logia Negra. Mientras tanto, Nadine despierta después de haber sido golpeado en la cabeza durante el del desfile de señorita Twin Peaks, y está devastada después de ver Big Ed con Norma. Dr. Hayward se involucra en una pelea con Ben Horne, golpeándolo como venganza por interferir en los asuntos de su familia.