最終戦争から20年、のこされ島と名付けられた島には、おじいとコナンの二人が暮らしていた。ある日コナンは砂浜に打ち上げられた少女ラナを見つけ救助。自分たち以外の生き残りを知り喜んでいたのも束の間、突然飛行艇でやってきた一味にラナをさらわれてしまう。

ラナを連れ去った一味に瀕死の傷を負わされたおじい。コナンにこれまでの経緯を話し、島を出て仲間を見つけるよう伝え息絶える。悲しみに打ちひしがれるコナン。おじいの言葉を胸に、ラナを追いコナンの旅が始まる。

バラクーダ号に潜んでいたコナンとジムシーだが発見され尻叩きの刑となる。紆余曲折の後二人は目的の場所、インダストリアへ向け出港となった。

インダストリアへ到着したバラクーダ号。そこにある巨大な塔「太陽塔」に拘束されているラナ。コナンはラナ救出の為に太陽塔へ潜入。やっとの思いでラナを発見する。

ラナ救出に成功したコナン。しかし二人は再び捕まってしまう。インダストリアの行政局長レプカに嫌気がさしたダイス船長は、ラナ奪取を企てる。

ダイスはラナ奪取に成功。ラナ奪還の為に出航した飛行艇ファルコには置き去りにされたコナンが潜入していた。コナンは隙を見て海へ飛び込むが、インダストリアでつけられた拘束具が作動し絶体絶命のピンチに。コナンの声はラナに届くのだろうか。

レプカの乗るガンボートに追われるバラクーダ号。拘束具に囚われ泳ぐのがやっとのコナンの叫びをラナが感じ取りバラクーダ号を脱出、小舟でコナン救助へ向かう。それを見たレプカは、ラナの存在を知らずにガンボートで打ち沈めてしまう。二人はその苦境を想いの強さで乗り切っていく。

無事陸にたどり着いたコナンとラナ。そこは広大な砂漠。コナンは憔悴したラナを背負い歩く。倒れた二人はサルベージ船のボスであるパッチに拾われそこで働くことに。二人に厳しく当たるパッチだが、二人を守る様子も。ラナは何かに気付き始める。

サルベージ船付近で何か異変が起きており、パッチは海底調査中に沈没船の下敷きになってしまう。ラナは助けを呼ぶパッチの心の声をキャッチ。コナンがパッチを救出し、彼の秘密が明らかになる。

ラオが隠していたフライングマシンで故郷のハイハーバーまで飛ぶためには、再びインダストリアに行き集積回路を入手する必要があった。ダイス一味も仲間に加わり三角塔での集積回路入手ミッションが始動した。

集積回路入手の為、三角塔の地下最下層コアブロックへ向かうラオとラナ。そのころコナンは反逆により捉えられていた人たちを助け味方につける。ダイスは逃亡、ジムシーがコナンの元へ。無事に集積回路を入手したが、さらなる危機がコナン達に迫る。

脱出に成功したコナン達はバラクーダ号と合流。しかしラオはインダストリアの人々を救うため再び独り戻っていく。コナン一行はラナの故郷ハイハーバーへ到着。歓迎されたコナンとジムシーは、ラナの親代わりである叔父と叔母の家で生活することになった。

村で生活を始めたコナンとジムシー。二人はそこで働くことを決める。コナンはガルじいさんの元で漁を、ジムシーは村の為に狩りをする事にした。巨大な暴れ豚を仕留めたジムシーは大喜び。しかしその豚を捕った事が大問題に発展する。

村の厄介者オーロの元に豚の件の話をつけに向かうコナンとジムシー。一時は捕まったが、二人の実力を見せつけるとオーロは一味に加わるよう迫る。悪事を知らないジムシーは一味に加わったが、真実を知り一味を抜ける。気に食わないオーロは再び二人に矛先を向ける。

村で自立するため家を建てたコナンとジムシー。コナンはラナに、いつかのこされ島へ帰るという目標を打ち明け、一緒に来て欲しいと話す。一方ダイスはオーロに近づきバラクーダ号引き上げを手伝わせようとするが、オーロは条件をだす。コナンとジムシーに危険が迫っていた。

家を燃やされたが事前に逃げていたコナンとジムシー。海を見るとインダストリアのガンボートが。モンスリーが兵隊を率いてハイハーバーを取りに来たのだ。村人は武器を取ったが、インダストリア側に付いたオーロに騙され村を占拠されてしまう。

村を占拠したインダストリア。オーロは自分が島の責任者になり逆らえば人質を一人ずつ殺すと宣言。一方難を逃れ潜むガルじいさんとコナンは、ハイハーバーを救うべくガンボートに時限爆弾を仕掛ける。しかしその後ラナがそこに囚われていると知りコナンはガンボートに乗り込み捕まってしまう。

ガンボートを失ったモンスリー。村人を使いバラクーダ号引き上げ修理に取り掛かる。しかし海の様子がおかしい。ラナは心でコナンに叫ぶ「海を見て」と。コナンはそれに応え海を見る。大津波が迫っている。

鉄砲を鎌へ。ガンボートを失い、津波で武器も戦意もそがれたインダストリア兵はハイハーバーの住人として迎え入れられ、村中総出で麦刈りを。コナンは津波でインダストリアが心配になりどうにかしてそこへ向かおうと走り回る。コナン、ジムシー、ラナ、モンスリー、ついでにダイス。新たなチームがここに。

モンスリー運転の飛行艇にてインダストリアへ到着した一行。ファルコの襲撃を受け、コナンが囚われてしまう。ラナ、ジムシー、ダイスは別ルートで三角塔の地下へ。地下住人のルーケの手引きにより事なきを得るが、ラオが既にレプカの手中にある事を知る。

コナンを助けたモンスリーが撃たれ倒れる。地下街を水攻めにするレプカの作戦を聞いたコナンは、それを知らせ皆を救出する為に走るが間に合わず水が流されてしまう。レプカに騙されラナは囚われ、地下住人は水が押し寄せる地下に閉じ込められてしまう。ラナを救い、ルーケ達を救うためコナン再び走る。

コナンらの働きにより地下街のシャッターが開き住人は救われた。地下街住人が大量に押し寄せ三角塔を支配。レプカはラナを連れフライングマシンで逃亡を図るがコナンに阻止されフライングマシンと共に散る。救われたラナはラオに呼びかけ三角塔を操作し太陽エネルギーを得る。三角塔に再び光が灯った。

三角塔が蘇り、インダストリア脱出の為に準備を進める住人達。しかしレプカは生きていた。レプカは巨大戦闘機ギガントを奪い出航。一方コナンは脱出に使うために沈没船サルベージ作業をしていた。ラナとモンスリーがファルコでコナンを迎えに行き、ジムシー、ダイスも連れギガント攻略戦が始まる。

ファルコでギガントへ突っ込み、ラナとモンスリーを逃がし残ったコナン、ジムシー、ダイスの三人。内外部からギガントを破壊していく。ついにはレプカと共に海に散るギガント。そしてインダストリアでは住人達がハイハーバーへ向け出港。直後インダストリアは最後の地殻が崩れ海に沈む。

安否がわからなかったコナン、ジムシー、ダイスの三人。先にジムシーとダイスが海で脱出船に拾われる。コナンの声が聞こえないラナはラオに背中を押され空を飛び、コナンを見つける事が出来た。コナンとラナに未来を託しラオが逝く。時は流れ、ハイハーバーではバラクーダ号の修理完了。のこされ島へ向け出港する。