L'anziano scienziato Juzo Kabuto costruisce un enorme robot che alla sua morte viene ereditato dal nipote Koji Kabuto[4] il cui compito è quello di sventare i piani del Dottor Inferno[5], uno scienziato tedesco che nel 1962 aveva partecipato con Kabuto e altri colleghi a una spedizione archeologica nell'isola greca di Bardos[6] alla scoperta dei resti della civiltà micenea. Ritrovato l'esercito di mostri meccanici costruiti dai Mikenes[7], il dottor Inferno svela le sue reali intenzioni uccidendo tutti tranne Kabuto che era riuscito a fuggire, e impossessandosi dell'antica tecnologia con lo scopo di far tornare sulla terra i discendenti dell'antico popolo greco, costretti per secoli a rifugiarsi nelle viscere della Terra, e insieme a essi dominare il mondo. Kabuto, tornato in patria, dirige il centro ricerche per l'Energia Fotoatomica, che poi lascia al prof. Yumi appena scoperta una lega metallica molto resistente, la lega Z, da utilizzare per costruire il robot; nell'Istituto viene creata Afrodite A, un robot meno potente, dalle fattezze femminili, costruito dal prof. Yumi e pilotato da Sayaka Yumi, figlia del direttore dell'istituto; successivamente si unisce a questi il Boss Robot (che Koji nell'originale giapponese prende in giro, chiamandolo col gioco di parole Borot, sinonimo di ferraglia), guidato da Boss, Nuke e Mucha, compagni di scuola di Koji, le cui imprese costituiscono il lato comico della serie. Il dr. Inferno affida le missioni di guerra dapprima al Barone Ashura (il cui corpo è diviso in una metà maschile e una femminile) e successivamente al Conte Blocken (la cui testa è collegata a un corpo meccanico), un ufficiale nazista entrato in coma dopo un incidente e risvegliato dallo scienziato nel corso dei suoi esperimenti durante la seconda guerra mondiale. Localizzato finalmente il regno sotterraneo dei Micenei, il dr. Inferno, a seguito delle ripetute sconfitte, decide di chiedere aiuto al loro ambasciatore, il Granduca Gorgon, che invierà il Visconte Pigman, "centauro" col mezzo busto superiore di uno stregone pigmeo, attaccato sulle spalle del corpo di un gigantesco guerriero vatusso. Nel corso degli scontri viene distrutta Afrodite A, sostituita quindi da Diana A. Nello scontro finale a conclusione della serie il Conte e Inferno moriranno mentre Ashura e Pigman erano già caduti in battaglia qualche tempo prima; Gorgon, che non aveva preso parte alla lotta, ordina, per conto del Generale Nero di Micene un attacco in massa da parte della grande armata di mostri guerrieri micenei[8]: Mazinga Z subisce gravissimi danni e a salvarlo dalla fine interviene un nuovo robot, il Grande Mazinga, che era stato segretamente costruito da Kenzo Kabuto. La conslusione della serie è quindi il preludio della successiva incentrata sul Grande Mazinga e nella quale si scoprirà anche che Inferno è ancora vivo.