As espiãs estão finalmente de volta à Mansão Mirage... bem, metade delas. Thea, Erna, Monika e Annett não respondem às mensagens e a preocupação aumenta. Klaus decide iniciar uma busca urgente para encontrar suas companheiras desaparecidas.

Enquanto aproveitam as férias, Thea e as membros de sua equipe conhecem Matilda Barbet, uma técnica da Lylat que afirma ser a mãe de Annett.

Thea e as outras acabam descobrindo o segredo de Matilda: ela é na verdade uma espiã do império. Enquanto Monika aconselha a seguir a lei e entregá-la ao exército, Thea se recusa a condenar a mãe de uma de suas amigas a um destino pior que a morte.

Enquanto parte do Tomoshibi se prepara para ajudar Matilda a escapar de Modero, Klaus e Lily chegam perigosamente perto da verdade sobre o assunto.

Enquanto todos os membros do Tomoshibi estão de volta à mansão, Monika pensa em sua pequena missão durante a infiltração no laboratório e em seu tempo na escola de espionagem.

Após tanto tempo todas as membros do Tomoshibi estão reunidas. Sara recebe uma carta de amor de um homem comum. Thea junta todas e está determinada a criar o encontro perfeito, mas...

Para uma missão, Annette se infiltra em um restaurante da cidade. As companheiras que a vigiam presenciam um lado inesperado de Annette.

As integrantes do Tomoshibi pegam um navio com destino aos Estados Unidos de Mouzaia e, na grande cidade de Mitario, iniciam a investigação do espião imperial ligado à equipe chamada Hebi que está matando espiões de outras nações.

A operação está a todo vapor em Mitario, mas o Tomoshibi ainda não tem pistas sobre a identidade do Murasakiari. Pior ainda, vários espiões que se opõem ao império foram neutralizados e Klaus teme que os suas alunas sejam as próximas.

Monika e Sibylla conseguem derrotar os lacaios enviados por Murasakiari, o espião imperial inimigo, mas logo em seguida são atacadas por outras doze formigas operárias e a situação se torna crítica.

Thea, depois de tentar de tudo, se vê nas garras do Murasakiari. Será a memória da Kouro suficiente para lhe dar forças para triunfar sobre o rei de Mitario?

De volta à Mansão Mirage, a vida volta ao normal para os membros do Tomoshibi... exceto uma. Thea busca resolver os enigmas deixados pela última mensagem de Klaus, mas será que as respostas que ela encontrará serão do seu agrado?