Nowa Caprica pod cylońską okupacją. Rząd Baltara staje się marionetkowy. Leoben więzi Karę Thrace. Tigh, Anders i Tyrol formują podziemie i sięgają po drastyczne metody walki z Cylonami.

Kolejne aresztowania cywili, kolejne samobójcze ataki na policję wyłonioną spośród osadników. Następuje rozdźwięk pomiędzy Cylonami. Admirałowie obu battlestarów przygotowują misję ratunkową.

Ruch oporu odbija skazańców z rąk Cylonów. Sharon Agathon wraca na Nową Caprikę, by wykraść Cylonom klucze startowe i umożliwić osadnikom ucieczkę.

Ellen przekazuje Cylonom plany ruchu oporu w zamian za życie Saula. Atak na okupowaną planetę i misja ratunkowa kończą się pomyślnie – osadnicy uciekają z Nowej Capriki. Flota jest znowu razem.

Po ucieczce z Nowej Capriki formuje się Trybunał, który oskarża, sądzi i skazuje na śmierć podejrzanych o działanie na rzecz Cylonów podczas okupacji.

Cyloni borykają się z niszczącym ich wirusem. Flota powraca do poszukiwań i odnajduje drogę na Ziemię. Starbuck i Tigh zmagają się ze wspomnieniami z czasów okupacji Nowej Capriki.

Zespół uderzeniowy pod wodzą Apollo odkrywa cyloński okręt pełen umierających. Tajemniczy wirus okazuje się być grypą, która dla Cylonów jest zabójcza. Tymczasem D’Anna poddaje Baltara okrutnym torturom.

Zbliżają się obchody 45-lecia służby Billa Adamy. Galactica ratuje pilota uciekającego z niewoli Cylonów. Okazuje się nim być dawny towarzysz broni Adamy i Tigha. Trudne decyzje przeszłości wychodzą na jaw.

Walki bokserskie na Galactice przeradzają się w sposób na rozprawienie się z zaszłościami między członkami floty. We wspomnieniach wracają emocje i wydarzenia z Nowej Capriki.

Spoza część zapasów ulega zanieczyszczeniu, ludzie zaczynają głodować. Załogę czeka niebezpieczna przeprawa na pobliską planetę w celu pozyskania żywności. Dawni przestępcy stają się bohaterami.

Na planecie alg Tyrol odkrywa opuszczoną świątynię, a w niej starożytny artefakt - Oko Jowisza. Pojawiają się Cyloni, tym razem mając pokojowe zamiary. Chcą jednak przejąć znalezisko.

Przetrzymywany na Galactice Baltar próbuje odebrać sobie życie. Zostaje poddany przesłuchaniu i torturom. Romans Lee i Kary kładzie się cieniem na ich relacjach małżeńskich.

We flocie rozprzestrzenia się infekcja. Helo podejrzewa, że jeden z lekarzy zabija pacjentów objętych kwarantanną. Niespodziewanie zaczynają chorować też Hera i Dualla…

Bill Adama przywołuje we wspomnieniach byłą żonę. Galen i Cally w wyniku awarii zostają uwięzieni w śluzie. Między admirałem a prezydent Roslin rodzi się uczucie.

Przez zanieczyszczone paliwo jeden z Raptorów ulega wypadkowi. Książka napisana w areszcie przez Baltara staje się przyczynkiem do rozważań na temat warunków pracy i odwiecznych podziałów klasowych.

Kara jest na skraju załamania nerwowego. Śni o Leobenie, wraca wspomnieniami do trudnego dzieciństwa. Podczas zwiadu Raptorem traci przytomność, w kolejnych wizjach przychodzi do niej Leoben, a także matka.

Lee i Anders, każdy na swój sposób, przeżywają utratę Kary. W zamachu ginie adwokat Baltara. Admirał zdejmuje Lee z funkcji dowodzącego pilotami i przydziela do ochrony nowego obrońcy Baltara.

Proces Baltara rozpoczyna się. Choć zdawał się być tylko formalnością na drodze do egzekucji, w miarę przesłuchania kolejnych świadków rodzi coraz więcej wątpliwości. Lee Adama odchodzi ze służby.

Tory, Anders, Tigh i Tyrol raz po raz słyszą tę samą, dziwnie znajomą melodię. Zaczynają podejrzewać, że są Cylonami. Proces Baltara przybiera ostateczny, niespodziewany zwrot.