Mens Jack håndterer et personligt problem, truer narkohandlende terrorister med at slippe en virus løs, medmindre deres leder løslades fra fængslet.

Jack opdager Kim og Chases forhold, da han og Chase leder efter oplysninger om Goss' narkohandlerkontakter. Wayne opdager en hemmelighed om Anne.

Jack finder Kyles pose med mistænkeligt pulver. Palmer får kendskab til beskyldningerne mod Anne. Chase er irriteret over at blive udelukket fra Jacks forfølgelse af Kyle.

Da CTU taber sporet på Kyle, og Palmer frygter, at han bliver nødt til acceptere terroristernes krav, foreslår Jack et risikabelt tredje alternativ.

Under flugten fra fængslet bliver Jack og Salazar taget som gidsler af de andre fanger. CTU kommer tættere på at finde Kyle. Kim og Chloe opdager Jacks stofmisbrug.

Efter Kyle bliver fanget, forsøger CTU-agenter at stoppe Jack fra at flygte med Ramon Salazar.

Mens Jack forsøger at forhindre Ramon i at slå ham ihjel under flyveturen til Mexico, opdager CTU-agenterne, at Gael har samarbejdet med Salazar-familien.

Tony forklarer, hvordan han og Gael har hjulpet Jack med at infiltrere Salazar-organisationen, og Jack arrangerer et møde med de folk, som sælger virussen.

Jack og Salazar-familien finder ud af, at de har en rival i auktionen om virussen. Chase bliver tortureret af Salazars mænd. Palmers største kampagnebidragsyder giver ham ordre til at fyre Wayne. Kim og Michelle indser, at Tony måske ikke er helt arbejdsdygtig.

Imens Jack prøver at finde Tony og Jane Sounders, slipper Michelle væk fra Janes far. Senator Keeler konfronterer Palmer med bevis på hans løgne.

Jack og Salazar-familien forbereder sig på at tage Nina med for at møde Amador. Chase indtager sin plads sammen med CTU-Deltateamet, og Sherry hjælper Palmer i kampen mod en vred milliardær.

Da Nina tager imod leveringen af virussen fra Amador, rykker CTU ind for at afskære den. Sherry mislykkes med sit første forsøg på at afpresse Milliken. Kim opdager, at Chloe's barn faktisk ikke er hendes.

Da Jack flyver med Nina tilbage til Los Angeles, slipper hun en computervirus fri. Sherry konfronterer Milliken med hans indblanding i et "hit-and-run"-mord.

Jack udleverer Nina til CTU, hvor Tony afhører hende. Jack bliver afhørt af afdelingen for interne anliggender. Kim konfronterer Chase om babyen, og Sherry forsøger at skjule sin indblanding i Milliken's død.

Jack fanger endelig Michael Amador, men først efter at Marcus Alvers er sluppet væk med virussen og planlægger at slippe den fri på et stort hotel. Politiet finder ud af, at Sherry var til stede i Millikens hus, da Millikens døde.

Jack lader Amador flygte, så han kan følge efter ham. Panikken breder sig, da virussen spredes på hotellet. Palmer skal beslutte, om han skal lyve eller ej for at beskytte Sherry.

Jack opdager, at manden bag virusangrebet er en af hans tidligere kolleger. Saunders begynder at stille krav til præsident Palmer.

Kim melder sig som frivillig til at være stand-in for Saunders' datter. CTU-agenterne finder den smittede mand, der flygtede fra hotellet. Palmer modtager de næste krav fra Saunders.

Da agenterne bruger Saunders' datter til at fastslå Saunders position, bruger han dem til at planlægge sin flugt. Michelle bliver testet negativ for virussen, men efter Adams søster bliver testet positiv, prøver Chloe at overbevise Tony om, at Adam ikke er arbejdsdygtig.

Mens Jack forsøger at finde ud af, hvordan Saunders slap væk, planlægger Tony at bytte Jane Saunders for Michelle. Sherry tilbyder Palmers modstander en handel.

Mens Jack forsøger at spore Tony og Jane Saunders, flygter Michelle fra Janes far. Senator Keeler konfronterer Palmer med hans løgne over for politiet.

Efter at Saunders har opgivet positionerne for 10 af de 11 flasker virus, går Jack på jagt efter den sidste flaske, som er i metroen i Los Angeles. Sherry tager Wayne og Foxton i at bryde ind i hendes hus.

Mens Jack forfølger den mand, der har den sidste flaske virus, fortæller Wayne Palmer, hvad der skete med Sherry, og Tony står over for anklager om landsforræderi.