サラリーマン・佐藤亮太が目を覚ますと、そこはあらゆるものがダンジョンでドロップされる不思議な世界だった。亮太もエミリーと名乗る少女が倒したスライムからドロップされたという。エミリーの案内で自身のステータスを測定すると、レベルの最大値は【1】。低い能力に落胆する亮太だったが、ドロップ率はすべてが最強の【Sランク】であることが判明して……！？

突然、亮太とエミリーの家を訪ねてきたイヴ。話を聞くと亮太がダンジョンで落としたニンジンに惹かれてやってきたという。“しゅごいニンジン”を求めるイヴに、エミリーはお手製のニンジン料理を振る舞うことに。翌日、「ニホニウム」でステータスアップを目指す亮太の前に、イヴがふたたび現れる。

ゴリラのハグレモノがドロップしたのは、拳銃一式だった。亮太はこの世界に無いはずの武器がドロップしたことに驚く。ステータスが上がったことで、亮太とエミリーはカボチャをドロップするという「テルル」地下3階に挑戦することに。しかし、“黒くて小さいアレ”にそっくりな見た目のコクロスライムに、エミリーの様子が豹変する……！

冷凍弾でレアモンスターの討伐に成功した亮太は、ドロップが2倍になるネックレスを手に入れる。その後、狭いキッチンで窮屈そうに料理をするエミリーの様子を見た亮太は、引っ越しを提案する。翌日、タケノコを買い取ってもらうために「燕の恩返し」を訪れた亮太は、とある人物に声を掛けられる。

亮太が「燕の恩返し」で休憩をしていると、シクロで一番力があると言われている組織のリーダー・ネプチューンが突然腕相撲の勝負を挑んでくる。なんとか退けるも、そんな亮太をネプチューンは自身のファミリーにスカウトする。一方その頃、魔法がまったく使えなくなる自然現象・魔力嵐がシクロに近づいてきていて……。

シクロで唯一米をドロップするダンジョン「シリコン」でストライキが発生！地下6階を占拠している一味が、値段を上げなければ米を売らないと主張しているという。亮太は事態の解決に協力を申し出る。後日、亮太はその様子を見ていたダンジョン長から呼び出しを受け、新ダンジョンの争奪戦に力を貸してほしいと頼まれる。

亮太とエミリーは新ダンジョン「セレン」のゴミ捨て場で、顔色が悪く今にも倒れそうな美女・セレストと出会う。セレストは火炎魔法を使い、1人でゴミ処理を行なっていた。無理をしてでも責務を全うしようとするその姿に、亮太は前世を思い出し手伝うことに。

そんな中、ダンジョン争奪戦が幕を開けるが、相手は妨害工作を仕込んでいた……！

強くて危険なモンスター・ダンジョンマスターが現れた。その影響で「セレン」は立ち入り禁止となり、ゴミの量も膨大になってしまう。頑張りすぎてしまうセレストを心配する亮太は、ダンジョンマスター討伐の状況を確認するために「シクロ本部テント」へ向かう。しかし、討伐隊の編成やダンジョン立ち入りには面倒なルールがあり……！？

シクロに帰ってきた亮太、エミリー、セレストは、エルザから年に一度の収穫祭に関する相談を持ちかけられる。そんな中、レアドロップがハグレモノ化して街の人々を襲う事件が発生。リョータファミリーで討伐するも、エミリーのハンマーが壊れてしまう。

一方、イヴはおいしいニンジンを求めて亮太を探していて……。

いよいよ収穫祭当日。露店を見てまわる亮太、エミリー、アリスは、経験値を売るという珍しい店を発見する。3人がエミリーのレベルアップをしていると、不意に街の住人の悲鳴が聞こえる。駆けつけると、そこでは檻から逃げ出した魔物が街の人々を襲っていた……！苦戦を強いられる亮太たちだったが、そこへネプチューンファミリーが現れる。

「ニホニウム」を訪れた亮太は、ダンジョンマスターと対峙していた。すべての特殊弾がすり抜けてしまい、攻撃が効かない。さらに、ダンジョンマスターは高速かつ圧倒的なパワーの攻撃を繰り出し、亮太を圧倒する。勝ち目の無い状況を感じつつも諦めずに立ち向かう亮太は、ダンジョンマスターの行動を見て、とあることに気がついて……！？