시드에서 문제가 발생하고 어린 밧슈와 나이브스만이 탈출하여 살아남는다. 시간은 흘러 노먼즈랜드로 특종을 잡으러 온 두 기자, 메릴과 로베르토는 매달린 밧슈를 구해준다. 현상금 6백만 더블달러의 휴머노이드 타이푼이라 불리는 남자. 하지만 그는 생각한 이미지보다는 훨씬 순한 남자였다. 밧슈와 단독 인터뷰를 하기 위해 찾은 제너럴록. 그곳은 생수 플랜트가 고장난 상황이었다. 몇 년 전에도 밧슈가 플랜트를 고쳐준 덕분에 은인으로 대우를 받는다. 그리고 다시 한번 밧슈에게 플랜트를 고쳐 달라고 하지만, 고장난 플랜트는 이미 수명을 다한 상태. 마침 나타난 줄리아 헌병에게 밧슈가 붙잡히고 로베르토의 제안으로 밧슈와 헌병 대장은 결투를 벌인다.

메릴과 로베르트에게 억울하다고 말하는 밧슈지만, 증거도 없는 말에 믿을 구석이 없다. 그러던 중에 로사와 마을 주민들은 밧슈의 현상금을 노리고 쫓기 시작한다. 한편 교도소에서 도망친 네브라스카 부자도 밧슈의 현상금을 노리고 제너럴록에 와서 이미 밧슈가 마을 주민에게 잡힌 것을 보고 그대로 돌진한다. 밧슈는 또 한번 로사를 구하고 네브라스카 부자를 따돌리기 위해 도망친다. 네브라스카 부자는 밧슈를 포기하고 제너럴록에 있는 플랜트를 노린다.

갑자기 나타난 폭탄 살인마, E.G. 보머가 마을의 플랜트를 노리고 공격한다. 사람들을 구하기 위해 메릴과 로베르토가 E.G. 보머를 잡고, 폭탄은 해제된다. 하지만 그 자리에 나타난 나이브스로 인해 상황이 더 나빠지고 나이브스는 마을의 플랜트 모두를 빼앗는다.

줄라이로 항하는 밧슈 일행 앞에 나타난 니콜라스. 밧슈 일행의 차에 치일 뻔한 니콜라스를 데리고 근처 집으로 향하지만, 그곳 부부는 이미 죽어 있었다. 그리고 캐비넷에 숨은 소년을 찾는다. 부모를 묻고 정리하는 사이에 대형 웜즈가 그들을 삼킨다. 웜즈 배 속으로 들어간 밧슈 일행, 갑자기 소년이 어디론가 가버리고 소년을 찾기 위해 뿔뿔이 흩어지는데...

사막을 지나는 밧슈 일행은 풍력 발전을 사용하는 마을에 도착한다. 하지만 오랜 기간 바람이 불지 않아 사람은 살지 않고, 밧슈를 공격하는 모네브가 나타난다. 밧슈는 오래 전에 이 마을에서 만난 롤로를 위해 약을 구해서 다시 찾았지만, 이미 롤로는 제물로 바쳐지고 없었다. 사실 롤로는 윌리엄의 실험체로 모습이 변한 상태였고, 밧슈에 대한 기억만 남아 있게 됐다. 신에게 구원받지 못한 롤로와 롤로를 구하지 못한 밧슈. 과연 그 결말은...

줄라이로 향하는 길에 로베르토는 밧슈와 헤어지기로 결심한다. 그렇게 밧슈와 니콜라스를 대사양 횡단배가 타는 곳까지 데려다 주고 떠나지만 메릴은 그런 로베트르를 이해하지 못한다. 결국 메릴의 고집을 못 꺾은 로베르토는 다시 밧슈가 있는 곳으로 향한다. 한편 배에 올라탄 밧슈와 니콜라스는 갑자기 공격을 받는다. 공격한 사람은 니콜라스의 보육원 동생, 리비오였다. 그리고 니콜라스와 리비오의 어린 시절 이야기가 펼쳐지는데…

대추락 직후 밧슈의 이야기가 시작된다. 추락하지 않고 살아남은 3번 함정의 루이더와 브래드 덕분에 목숨을 구한 밧슈는 사건 당시의 충격으로 마음을 열지 못한다. 3번 함정 내에서도 의심을 받는 상황, 그러던 어느 날 3번 함정의 플랜트가 문제를 일으키고, 밧슈는 플랜트와의 소통으로 고친다. 그 뒤로 밧슈는 플랜트를 점검하고 고치면서 3번 함정에서 살게 된다. 하지만 판독할 수 없었던 5번 함정의 블랙박스가 판독되면서 당시 사건의 전말이 밝혀지는데...

홈을 나와 떠돌다가 다시 돌아온 밧슈 앞에는 인간이 욕심껏 플랜트를 이용하다가 버리는 것에 분노한 나이브스가 있었다. 나이브스는 밧슈에게 함께 플랜트를 위한 세상을 만들자며 말하지만, 밧슈는 거절한다. 그리고 150년이 지난 현재, 샌드 스팀을 멈추고 보육원을 지켜낸 밧슈는 홈에서 눈을 뜬다. 모래 폭풍에 위장하여 숨은 홈에서 브래드, 루이더와 재회한다. 루이더는 모두에게 플랜트의 부담을 덜어줄 수 있는 방법으로 식물을 키워내며 이 별에서 식물을 키워낼 수 있기를 바란다. 그러는 중에 메릴과 로베르토가 저지에게 납치당한다.

메릴과 로베르토를 찾으러 줄라이에 도착한 밧슈와 니콜라스. 거기서 한 헌병의 부모가 제너럴록에서 사망했다는 말을 듣고 밧슈는 대항할 생각을 놓는다. 한편, 납치된 메릴과 로베르토는 저지와 콘래드에게 현재 플랜트와 인간이 놓인 상황, 그리고 인간 개조 등에 관한 이야기를 듣게 된다. 그러는 중에 인간도 플랜트도 아닌 상태로 탄생한 아이들, 그리고 에렌딜라에게 공격당한다. 일촉즉발의 상황에 밧슈와 니콜라스가 나타나서 메릴과 로베르토를 구하지만, 사실은 밧슈를 끌어들이기 위한 함정이다. 메릴과 로베르토는 무사히 도망칠 수 있었을까.

죽은 로베르토의 총을 들고 밧슈를 구하러 가는 메릴. 하지만 이미 밧슈는 나이브스와 콘래드에 의해 기억 조작을 당하고 있었다. 모든 플랜트를 영혼을 가진 플랜트, 인디펜던트로 만들기 위해 나이브스와 콘래드는 밧슈를 이용해서 고차원의 창을 열려고 한다. 메릴은 저지하려 하지만, 밧슈와 나이브스의 동조율은 점점 올라간다.