Sidney úgy érzi, minden álma teljesül, végre sikerül a vizsgája, és hamarosan férjhez megy Dannyhez, aki az egyetem parkjában kéri meg a kezét. Lelkiismeretére hallgatva bevallja a fiúnak, hogy valójában a CIA hadműveleti tisztje. Egy bevetés után azonban mindenestül felfordul a világ: főnökei biztonsági okokból megölik Dannyt, ráadásul apjáról is kiderül, hogy ügynök, akitől megtudja, hogy nem is a CIA-nak, hanem a tökéletesen álcázott ellenségnek dolgozik...

Sydney rájön, hogy az SD-6 sokkal nagyobb és sokkal erősebb, mint azt valaha is sejtették. Will pedig az első olyan titokzatos nyomra bukkan, amely elvezetheti Sydney vőlegényének gyilkosához...

Sydney az SD-6-tal megpróbálja nyomon követni a Milo Rambaldi középkori filozófus nevéhez fűződő műtárgyaknak a sorsát, ám egyszer csak esküdt ellenségével, Anna Espinósával találja szembe magát. Willen elhatalmasodik az érzés, hogy a Daniel Hecht halála utáni nyomozásával valami nagyon súlyos ügybe keveredett.

Miután Sydney és Anna kinyitja a táskát, a benne lévő anyag már el is kezdi megsemmisíteni a kódolt üzenetet, a két nőnek ezért memorizálnia kell a számsort. A kód megfejtése után kiderül, hogy Athént jelöli, azonban a kiküldött SD-6-os csapat semmit sem talál, ami Rambaldi műveire utalhatna. Sydney közös vacsorát beszél meg az apjával. Will-t továbbra sem hagyja nyugodni Danny halálának ügye. Megtudja, hogy a férfi nem egyedül utazott volna Szingapúrba, de nem is Sydneyvel, hanem egy Kate Jones nevű nővel.

Sydney élete veszélybe kerül, amikor az SD-6 egyik ügynöke különös tárgy birtokába jut. Will újabb terhelő bizonyítékokat talál Daniel Hecht halálával kapcsolatban, Sydney pedig tovább érdeklődik Vaughn-nál Jack után, hiszen feltűnt neki, hogy néhány oldal hiányzott apja aktájából.

Sydney újabb és újabb adatokhoz jut apja múltjával kapcsolatban, miközben Londonban és Bukarestben dolgozik az SD-6-nak. Will tovább nyomoz Danny halálának ügyében, miután kiderítette, hogy Kate Jones igazi neve Eloise Kurtz ismét felkeresi a nőt.

Sydneyt küldetése Oxfordba viszi, ahol Milo Rambaldi nyomát kutatja. Miközben ő SD-6-os feladatát teljesíti, Sloane egyre biztosabb abban, hogy Sydney, az apja vagy Jack személyében árulót fogadtak a soraikba...

Sydney Milo Rambaldi nyomait keresi - ezúttal Argentínában. Az akció majdnem sikerrel jár, ám Sydney társa, Dixon ügynök súlyosan megsebesül egy lövöldözésben. A CIA segítséget nyújt a sebesült felkutatásában és kórházba juttatásában. Persze erről Sydney mélyen hallgat mind felettesei, mind Dixon rokonai előtt. Közben Will komoly bizonyítékra bukkan Eloise Kurtz kocsijában...

Amikor Sydney egy cellában tér magához, már tudja, hogy mindennek vége: Sloane nem ismer kegyelmet. Meg is érkezik Russel ügynök, akinek az a dolga, hogy vallomásra bírja...

Will pedig kap egy titokzatos kazettát Eloise Kurtz halálával kapcsolatban és először hallja meg az SD-6 kifejezést.

Jack azt a feladatot kapja Ineni Hassantől, hogy ölje meg Sydneyt. A fegyverkereskedő nem is sejti, hogy egyetlen szemvillantásból is megértik egymást és túl tudnak járni a gonosz eszén. Ám bármilyen szerencsések is, egy percig sem lehetnek elégedettek, mert súlyos titkok kerülnek napvilágra Jack múltjából...

Sydney nehezen tudja feldolgozni a hírt, hogy anyja KGB-ügynökként hány CIA-alkalmazott haláláért lehet felelős, és végül úgy dönt, hogy kiszáll, otthagyja a CIA-t. Jack azonban meg van arról győződve, hogy ez a lépés felérne egy öngyilkossággal. Ő már tudja, hogy a hálózat nem nyugodna bele minden szó nélkül Sydney döntésébe, hiszen a lány túl sokat tud...

Sydney csak Jack segítségének köszönheti, hogy McKenas Cole nem fedezi fel a rejtekhelyén. Cole figyelme Sloane és egy titokzatos készülék felé irányul. Ezt a pillanatot használja fel Dixon arra, hogy e-mailben értesítse a CIA-t az eseményekről...

Sydney és Dixon elutaznak Las Vegasba, hogy leleplezzék azt a titokzatos bandát, amelyik majdnem elpusztította a teljes SD-6-ot. Ám már elindulni sem egyszerű, hiszen amikor Francie és a vőlegénye megtudja, hova indul Sydney, azonnal vele akarnak tartani, már csak a buli kedvéért is...

Sydney kalandos pillanatokat él át Moszkvában, amikor felfedezik őt és rálőnek a biztonsági őrök, de szerencsére Dixon még időben érkezik... És a veszélyes kalandok csak tovább folytatódnak, amikor Vaughn arra kéri a lányt, hogy jusson be Sloane házába és a széfből lopjon el egy igazi Rambaldit.

Sydneyt különös vizsgálatnak veti alá a OSA, mert Eckholm vezetésével azt szeretnék kideríteni, mi lehet az oka annak, hogy a lány megszólalásig hasonlít egy 500 éves rajzra, amelyet a Rambaldi kéziratban találtak. Sydney pedig Vaughn társaságában titokban elutazik a Vatikánba, hogy megszerezzenek egy kódkulcsot.

Számtalan jel utal arra, hogy Sydney személye különleges biztonsági kockázatot jelent, ezért az FBI kihallgatja őt a Rambaldi műtárgyakkal kapcsolatban. Az FBI elszállítja Sydneyt egy úgynevezett biztonságos házba, ám Vaughn és Jack közbelép és kiszabadítja őt...

Sydney mindent elkövet, hogy bebizonyítsa, nem róla mintázták a Rambaldi-féle műtárgyon azt az asszonyt, aki pusztulást hoz a világra. Miközben ő Olaszországban próbál bizonyítékokat találni, apja meglepő dokumentumokat talál Sydney anyjáról, akiről mindenki azt hitte, hogy 20 éve autóbalesetben halt meg. Sydney is értesül a fejleményekről és azonnal Bécsbe utazik, ahol találkozik valamikori barátjával...

Sydney és Noah alig tud megmenekülni Arhangelskben az őket üldöző kommandósok elől. Miközben ők repülőgéppel szöknek el az őket üldözők orra előtt, Jack talál egy rövid videófilmet feleségéről, Sydney anyjáról, akinek az igazi neve, mint kiderül, Irina Derevko...

Sydney mindent elkövet, hogy megtalálja Khasinaut, az egyetlen embert, aki elvezetheti az anyjához. Segítségért Vaughn ügynökhöz fordul. Az akció majdnem sikerrel jár, amikor közbeavatkozik az SD-6 és a terv meghiúsul. Sőt, a mit sem sejtő Dixon a helyszínen a szeméről felismeri az álruhás Sydneyt. Jack megpróbálja megakadályozni, hogy Will rájöjjön arra, hogy kik rabolhatták el, ezért ráveszi Devlint, hogy segítsen neki az igazság elleplezésében.

Sydney még mindig abban reménykedik, hogyha együttműködik a CIA-val, akkor az ő segítségükkel megtalálja végre az anyját. Willt kétségbe ejti mindaz, amit nyomozásai során megtud az SD-6-ról, Dixonnak pedig egyre kevésbé tetszik az, amit Sydney csinál...

Willt elrabolják a CIA biztonságosnak vélt Los Angeles-i házából. Az akció mögött Sark áll, Kashinau jobb keze, aki azon túl, hogy mindent meg akar tudni áldozatáról, azzal hívja fel Sydneyt Los Angelesben, hogy amennyiben nem kapják meg a Rambaldi-anyagot és az ampullát, Willnek befellegzett...