Sydney, miután megtudja, hogy a szerelmét azzal gyanúsítják, hogy kettős ügynökként egy titkos csoportnak, az Ötödik Prófétának dolgozott, egy pillanatra elbizonytalanodik, de hisz Michael ártatlanságában. Amint rájön, hogy állapotos Michaeltől, feltett szándéka, hogy felderíti a múltját. Jack aggódva figyeli, mert az ő életében nagy törést okozott Irina árulása.

Négy hónappal azután, hogy Dean és Curtis megölték Vaughnt, Sydney összeáll Renée Rienne-nel, egy francia szabadúszó bérgyilkossal, hogy felderítsék az Ötödik Prófétához vezető szálakat. Eközben Jack új ügynököt vesz fel Vaughn helyére, Weiss pedig fontolgatja, hogy elfogad egy kedvező állásajánlatot, de még előtte Amsterdamba utazik Dixonnal, hogy lecsapjanak Curtisre.

Egy gyilkos vírust elrabolnak egy törökországi kutatólaboratóriumból. A nyomok Prágába vezetnek, ezért Jack odaküldi Sydneyt Marshallt, Tomot és az újonnan felvett ügynököt. A bevetés során elfogják Rachel Gibsont, akiről gyanítják, hogy egy terrorszervezetnek dolgozik. Kiderül, hogy a lány azt hiszi, ő valójában a CIA munkatársa. Sydney bebizonyítja neki, hogy átverték és főnöke, Dean, tulajdonképpen egy veszélyes terrorista.

Dixon és Tom feladata, hogy Dean szervezetét megfosszák minden anyagi forrástól, ezért a Kajmán-szigetekre utaznak, hogy a terrorszervezet számlájáról minden pénzt átutaljanak. A jelszavak megszerzéséhez Sydneynek Prágába kell mennie Rachellel, hogy a felrobbant iroda adatait helyreállítsák. Dean rájön, hogy Rachel segítségével jutottak a szervezet pénzéhez, ezért mindent elkövet, hogy visszaszerezze egykori munkatársát, akinek a fedőneve: Poszáta.

Sydney és Tom Marseilles-be utaznak, ahol rájönnek, hogy Renée ellopta a konténert, melyben állítólagos apja lefagyasztott testét tárolták. Renée életre kelti apját, ám csakhamar állig felfegyverzett katonák támadják meg rejtekhelyét. Eközben Rachel és Dixon San Franciscóba mennek, ahol Marshall robotjának segítségével sikerül megszerezniük egy fontos aktát, melyből kiderül, hogy Renée apja és a lefagyasztott test nem egy és ugyanazon személy. Sloane megzsarol egy befolyásos szenátorasszonyt, így sikerül visszakerülnie az irodához.

Sydney, Dixon és Tom sikeresen beszivárognak a kínai konzulátus partijára, ahol Sydneynek a tábornok széfjéből kell megszereznie egy magyar fegyvertervező, bizonyos Vak János adatait. Kiderül, hogy a világtól elzárva, egy tengeri olajfúró platformon dolgozik. Egyetlen módon juthatnak a közelébe: bizonyos időközönként hölgytársaságot fogadhat. Sydney terhessége miatt nem vállalhatja, s Jack úgy dönt, hogy a tapasztalatlan Rachelt veti be.

Mikor az orvosok szerint Nadia felépülésére már nincs remény, Sloane úgy dönt, elárulja Deant, mert nincs mit veszítenie. Egy Dubajban rendezett lóversenyen találkozik a két férfi, ám Dean gyanút fog és megpróbál elmenekülni - sikertelenül. Egy titokzatos idegen azt kéri Sloane-tól, iktassa ki Deant. Nadia váratlanul felébred a kómából.

Rachelnek egy mikrohullámú bomba eladásáról kell információt szereznie, ezért Sao Paoló-ba utazik, hogy a bomba tervezőjének gépére csatlakozva az irodát tájékoztassa a készülő üzletről. A szállodában megismeri Bobot, akivel romantikus kalandba bonyolódik. Miután kiderül, hogy valaki más is veszi a jelet, az irodában ellenőrzik a szálloda többi vendégét. Rachel számára ekkor derül ki, hogy Bob valójában Julien Sark.

Peyton a CIA titkos raktárából ellopja Michael Vaughn aktáját. Sydneyt elrabolják, amikor felkeresi Renee Rienne-t. Hipnotizálják, hogy újraélje a Vaughnnal töltött boldog időket és eláruljon bizonyos koordinátákat, amiket a férfitól tudott meg. Jack és Renee mindent elkövetnek, hogy megtalálják Sydney-t. Eközben kiderül, ki áll az Ötödik Próféta mögött. Az illetőt nagyon érdekli Sydney még meg nem született gyermeke.

Sydney leüti Peytont és kijátssza az őröket, de nem tud elmenekülni, ugyanis egy hajó fedélzetén van az óceán közepén. A rádiószobából segélykérő jelet ad le, ám a jel megszakad. Jack azt gyanítja, hogy valaki a CIA vezetői közül a terroristáknak dolgozik. Noha hazaárulással vádolhatnák őket, mindenki hajlandó részt venni az akcióban, melynek során be kell törniük a CIA központjába, hogy megszerezzék a törölt segélykérő jelet az archívumból. Tom kihasználja az alkalmat, hogy információt gyűjtsön felesége gyilkosának hollétéről.

Egy hónappal később, Sydney-t arra kényszerítik, hogy újra szembenézzen régi ellenségével, Anna Espinosával.. Anna felismeri, hogy Sydney-t barátain keresztül tudja megközelíteni és Will Tippen a cél. Sydney-nek meg kell találnia Annát ahhoz, hogy Will meg tudja menteni. Sydney sajnos nem tudja, hogy az Öt prófétanak tervei vannak vele, DNS mintát szeretnének tőle.

Miközben Sydney és az iroda igyekszik megtudni mindent az Ötödik Próféta terveiről, Sloane megkapja az ellenszérumot a titkos társaságtól, hogy visszahozhassa Nadiát a kómából. Teljesen kétségbe esik, amikor megtudja, hogy a szérum csak akkor alkalmazható, ha előtte megállítja 30 másodpercre a lánya szívét. Tom Franciaországba utazik, hogy Renee segítségével visszaszerezzék Moritztól az ellopott 47. oldalt. Senki sem tud arról, hogy a Helix terv segítségével Anna Espinosa Sydney hasonmásává változott.

Miközben Sydney és az iroda igyekszik megtudni mindent az Ötödik Próféta terveiről, Sloane megkapja az ellenszérumot a titkos társaságtól, hogy visszahozhassa Nadiát a kómából. Teljesen kétségbe esik, amikor megtudja, hogy a szérum csak akkor alkalmazható, ha előtte megállítja 30 másodpercre a lánya szívét. Tom Franciaországba utazik, hogy Renee segítségével visszaszerezzék Moritztól az ellopott 47. oldalt. Senki sem tud arról, hogy a Helix terv segítségével Anna Espinosa Sydney hasonmásává változott.

Sydney Anna Espinosának kiadva magát együtt dolgozik Sarkkal, hogy egy olasz börtönből megszerezzék Rambaldi Rózsa néven ismert műtárgyát, mellyel a kézirat 47. oldalának próféciája valóra válhat. Sark fegyveres rablást színlel egy fogadóirodában, így kerülnek a szigorúan őrzött börtönbe, ahol Sydney megtalálja a Rózsát.

Sloane elrabolja Rachelt és Marshallt, hogy segítsenek neki megtalálni a hiányzó információt, melynek segítségével Sloane végrehajthatja a próféciát. A kínzások ellenére Marshall és Rachel nem hajlandóak együttműködni elrablóikkal. Sloane Sydneyt kéri meg, hogy bírja jobb belátásra Marshallt. Carrie, Marshall felesége segít megfejteni férje kódolt üzenetét. Sloane összeesküvést sző Sarkkal és Peytonnal, hogy átvehesse az Ötödik Próféta vezetését.

Miután az irodát felrobbantják és Tom meghal, Sydney, Jack és Vaughn megpróbálják megakadályozni, hogy Sloane az összes Rambaldi műtárgy birtokában végrehajtsa a próféciát. Kiderül, hogy Sloane társa Sydney anyja, Irina Derevko. Miután Sydney megakadályozza Sloane szertartását, Jack súlyosan megsebesül. Sydney kénytelen magára hagyni, hogy anyja nyomába eredjen, Jack pedig felrobbantja a barlangot, így Sloane az idők végezetéig a barlang foglya marad.