这部动画的主角是在神宫大学棒球部和巨人学院棒球部战队比赛中出现的忍者后代真田一球，很少看到比赛的一球这次也是第一看到棒球比赛。而岩风代行监督则希望借用一球的力量推动棒球部的意识改革，对棒球一无所知的一球从排斥棒球到后来慢慢地迷上了棒球。

　　巨人学園野球部にはびこる名門意識一掃のため、岩風監督は、忍者の末裔とも噂される謎の男・真田一球と、同じく1年生の通称“三球士”と呼ばれる堀田、一角、司を入部させる。野球部のエース大友らは、岩風に対し露骨に不信感を抱くが、はじめて野球をやるという一球のひたむきさと、三球士の並外れた実力により、チームは団結心を欠いたまま夏の甲子園大会を勝ち進んでいく。不思議な力を発揮する一球は、果たして本当に忍者の末裔なのか？