ディスプレイを使用するゲームが、レトロゲームに分類されるようになった、少しだけ未来の世界。この世界では、最新のVR技術に内容が追いついていない“クソゲー”が存在していた。そんなクソゲーをクリアすることに情熱を捧げる１人の“クソゲーハンター”陽務楽郎。彼が次に挑んだのはクソゲーの対極、総プレイヤー数3000万人の“神ゲー”『シャングリラ・フロンティア』。最強クソゲーマーによる最高のゲーム冒険譚、開幕。

楽郎は、鳥頭で半裸のキャラクター「サンラク」としてシャンフロを思う存分楽しむが、「跳梁跋扈の森」のエリアボス・貪食の大蛇とのバトルで毒を浴びてしまい、ピンチに陥っていた。その頃、楽郎に想いを寄せるサイガ-0こと斎賀玲は、新人プレイヤーが通る街「ファステイア」でサンラクを探していたが…

レッドキャップ相手に奮闘するサンラクの前に、“七つの最強種”の一角「夜襲のリュカオーン」が突如現れる。ゲーム開始から１年間、3000万人が誰一人攻略できていないユニークモンスター。そんな強敵からの一撃必殺の攻撃をしのいで反撃するが、圧倒的な実力差は埋められず…。しかし、サンラクはその逆境を、『シャングリラ・フロンティア』という神ゲーを楽しんでいた。

兎の国の頭「ヴァイスアッシュ」に認められ、特殊なヴォーパルバニー「エムル」と共に旅をすることになったサンラク。そんな中、クソゲー仲間であるモドルカッツォの呼び出しを受け、クソゲー『ベルセルク・オンライン・パッション』で格闘対戦をすることに。シャンフロの魅力に惹かれたカッツォは、サンラクがシャンフロを始めたという大事件をある人物に知らせていた…

沼地で相性最悪のエリアボス「沼掘り」と戦うことになったサンラク。沼に足をとられ、苦戦を強いられるも、エムルの助けを借りて善戦する。その一方で、他プレイヤーたちの間ではエムルの存在と、体にリュカオーンの呪いを刻印するサンラクが話題に。サンラクたちに二人のプレイヤーが接触してくる…

サンラクに奇襲を仕掛けたクソゲーフレンドの「鉛筆戦士」ことアーサー・ペンシルゴン。シャンフロでプレイヤーキルクラン「阿修羅会」のナンバー2にして、格上プレイヤーを狩る「ジャイアント・キリング」である彼女は、サンラクにユニーク情報の開示を迫る。エムルに夢中のAnimalia、駆けつけたサイガ-0。サンラクをめぐって、それぞれの思いが交錯する。

サイガ-0、エムルの活躍もあり、サンラクはペンシルゴンたちから逃げ出すことに成功。サードレマに無事到着し、ユニークシナリオ「兎の国からの招待」を本格的に始めた彼の前に待っていたのは闘技場。十体のモンスターと戦うことになるが、一体目からサンラクの想像を超える高レベルのモンスターたちが立ちはだかる…。

十体目のモンスターは「妄執の樹魔」。レベル120の強敵から5分間生き延びるというミッションを課せられたサンラクは、理不尽な攻撃の連続に大苦戦。戦いの最中、サンラクはひよった戦い方をしていた自分に気が付く。気持ちをあらため、クソゲーハンターならではの戦略を取り始める。

ペンシルゴンは安定志向の阿修羅会に愛想をつかせ、“七つの最強種”の一角「墓守のウェザエモン」攻略を誓う。一方サンラクは、サードレマで偶然遭遇したサイガ-0に友達になってほしいとお願いされ…。その後、ダンジョン「千紫万紅の樹海窟」に進入したサンラクの前に、昆虫系モンスターが立ちはだかる。

サンラクは「千紫万紅の樹海窟」のエリアボス「クラウンスパイダー」に挑む。“ノーダメ、ノーデス”の討伐を宣言する彼は、闘技場で得た新たなスキルを駆使して戦う。一方、ペンシルゴンは別ゲームの世界にサンラクとプロゲーマーのオイカッツォを呼び出す。彼女は、シャンフロを始めてまもない二人に、驚愕の提案を持ちかけた…

サンラクから「墓守のウェザエモン」の討伐に挑むと聞き驚くエムル。サンラクに討伐へのゆるぎない意志を感じたヴァイスアッシュは、鍛冶師としてサンラクの武器を鍛える。気持ちを新たにしたサンラクは、オイカッツォとともに、ペンシルゴンの指示で「神代の鐵遺跡」に向かう。

墓守のウェザエモンを討伐すべく、「神代の鐵遺跡」の隠しエリアでレベル上げにいそしむサンラクとオイカッツォ。地底湖でお目当てのモンスター「ライブスタイド・レイクサーぺント」に対峙した二人はその巨大な魚影に気持ちが昂る。そんな二人にペンシルゴンは、墓守のウェザエモンと戦う前に、満月の日にあるユニークNPCと対話する必要があると打ち明けた。

サンラクたちは「千紫万紅の樹海窟」の隠しエリアでユニークNPC「遠き日のセツナ」と対面する。サンラクとオイカッツォはセツナの願いを叶えようと動くペンシルゴンに驚く。墓守のウェザエモンとの戦いに備え、サンラクは再びバグまみれの格ゲー「便秘」をプレイする。

サンラクが「便秘」で対戦した相手・ドラゴンフライは、絶滅危惧種の新規プレイヤーだった。「便秘」のあらゆるバグを研究してきたサンラクは先輩として余裕の戦いを見せるが、ドラゴンフライは未知のバグ技を見せる…！　その後シャンフロに戻ったサンラクと、レベリングに励んでいたオイカッツォに、ペンシルゴンは問題が発生したと告げるが…

シャンフロの夏の大型アップデートが行われる新月の夜、ペンシルゴンを待つ阿修羅会の面々は、サイガ-0を含む連合クランの奇襲を受けてピンチに陥る。一方、サンラク、オイカッツォ、ペンシルゴンの三人は、「秘匿の花園」でついに墓守のウェザエモンと対峙する。向き合うサンラクとウェザエモン、抜き放たれた太刀は神速の一閃となってサンラクを襲う…

墓守のウェザエモンとの戦いは次のフェーズへ。ペンシルゴンとオイカッツォは、レアアイテムを駆使しながら、甲冑に変形した騏驎と対峙する。一方サンラクは、自壊を始めた墓守のウェザエモンを倒すべく反転攻勢に出る。

オイカッツォとペンシルゴンは、徐々に弱点を露呈し始めた騏驎に対し、必殺の策を繰り出す。サンラクは、墓守のウェザエモンが繰り出す回避不可の奥義「天晴」を生き延びることこそが勝利の条件だと悟り、決戦に挑む。

ウェザエモンが永い眠りにつき、遠き日のセツナはシャンフロの真実に迫るヒントを残す。シャンフロのサービス開始以降、初のユニークモンスター討伐の一報はゲーム内の全プレイヤーに知れ渡る。そして怒り心頭の阿修羅会の面々が、戦い疲れた三人の前に立ちはだかる…

墓守のウェザエモンが撃破されたことで、シャンフロを開発するユートピア社内が慌ただしくなっていた。予想外の展開で動き出したストーリーの渦中にいるサンラクは、気持ちを新たにする一方、ウェザエモン討伐の戦利品を確認していた。入手したアイテムを腕に装着すると…

“ユニークモンスターは金になる”。ペンシルゴンは、サンラクとオイカッツォにクランの結成を提案する。一時解散後、サンラクはオイカッツォから受け取った神代文明の道具「規格外エーテルリアクター」を手に兎御殿へ戻り、ある名案を思いつく。

ビィラックはサンラクの提案を受け入れ、古匠になる決意を固める。古匠に必要な神代の「魔力運用ユニット」を手に入れるべく、「奥古来魂の渓谷」へ。リュカオーンの呪いで低レベルのモンスターはサンラクから逃げていく中、レアエネミー「喪失骸将（ジェネラルデュラハン）」と遭遇。ビィラックはハンマーを手に構え…

サンラク、エムル、ビィラックは「奥古来魂の渓谷」のエリアボス「歌う瘴骨魔」と対峙していた。ダメージは与えられるものの、苦戦が続く。ビィラックが鍛えた斬首剣で反撃に出るが、斬撃のチャンスは8発しかない中でサンラクは行動に出る。

サンラクは、エムルたちの忠告を無視して「奥古来魂の渓谷」に戻り、レベル100オーバーの「水晶群蠍（クリスタル・スコーピオン）」の群れに遭遇する。「適当なレア素材とか持って帰る！」と目標を定めるも悪戦苦闘。だが、水晶群蠍の動きを確認するうちに“あること”に気がつき、秘策を思いつく…。

サンラクが持ち帰った戦利品に、宝石類を見つけたビィラック。それらを「宝石匠」に見せるため、サンラクに同盟国「キャッツェリア」の剣聖にして「長靴銃士団」副団長のアラミースを紹介する。エムル、ビィラック、アラミースを引き連れて「エイドルト」に赴いたサンラクは、考察クラン「ライブラリ」のリーダー「キョージュ」に出会う。