Kafka Hibino ha quasi abbandonato il suo sogno di unirsi alla "Forza di Difesa" anti-Kaiju. Ora lavora alla pulizia, eliminando i corpi dei Kaiju uccisi e ripensando con rammarico ai giorni trascorsi con la sua amica d'infanzia Mina Ashiro, capitano della Terza Divisione delle Forze di Difesa.

Dopo essersi trasformato in un Kaiju, Kafka è costretto a scappare. La sua fuga viene però interrotta dall'arrivo di un altro Kaiju...

Un incidente inaspettato durante l'esame costringe Kafka a usare i suoi poteri, col rischio di svelare il suo segreto.

Kafka è ora un membro delle Forze di Difesa, anche se non a pieno titolo. Ma Hoshina gli dice che ha tre mesi per dimostrare il suo valore prima di essere licenziato...

È giunto il momento della prima missione di Kafka ed è testimone del vero potere delle Forze di Difesa quando un Kaiju colpisce una città vicina.

Reno e Iharu incontrano un potente Kaiju umanoide che li mette in grossa difficoltà. Gli aiuti arriveranno in tempo?

Dopo essersi trasformato in un Kaiju per salvare Reno e Iharu, Kafka viene trovato da Hoshina, che lo attacca immediatamente.

La base di Tachikawa viene attaccata dal cielo, mentre un potente Kaiju ha gli occhi puntati sulle Forze di Difesa.

Quando le Forze di Difesa sono in pericolo, Kafka è costretto a scegliere tra mantenere il suo segreto e salvare i suoi compagni.

Il Kaiju No. 8 è stato catturato e Kafka è alla mercé dei leader più importanti delle Forze di Difesa.

Il destino finale di Kafka viene deciso mentre il mostro dentro di lui cerca di prendere il controllo.