日本在大災難之後徹底崩壞，貴留子接受請託帶著名叫小丸的男孩前往「天國」。同時之間，孩子們住在綠意盎然、圍牆高聳的學園內。時男接到一則神祕訊息之後，開始質疑他身處的這個世界。

小丸和貴留子在這間奇怪的旅店陷入昏睡，醒來之後赫然在昏黃月光下見到了一個怪物。生活在學園的時雄對周遭世界愈發質疑，士郎收到了一則意料之外的訊息。

五年前，露敏、春希和他身為賽車手的姊姊桐子一起住在淺草的一間孤兒院，過著開心的日子，一場群眾圍觀的電動卡丁車比賽進行到一半時，出現了一隻可怕的怪物試圖打斷比賽，春希遇上了生死交關的時刻。

時男被帶去見一些長相奇特的嬰兒後，赫然領悟他對周遭世界所知甚少。小丸和貴留子在一艘無路可逃的船上遭受到猛烈攻擊，眼看事情一發不可收拾，貴留子得想出新策略才行。

小丸和貴留子回到東京之後發現了一個充滿帳篷的社區，小丸前往一間遊樂場，獨自收集情報的貴留子聽到了一則可怕的謠言。在保育器室接受治療的多羅雄病情愈來愈嚴重，猿渡醫師發現了一個莫名奇妙的鞋印。

小丸和貴留子在尋找不滅教團的途中，下榻於女孩都都里經營的旅館，放下行李之後便開始尋找安全的飲用水，在路上遇到一名身受重傷的男子。某人突然出現在時男面前。

小丸和貴留子以為他們找到了醫生和不滅教團，但這卻是一個與不滅教團敵對的組織，他們強烈反對不滅教團所提供的療法。貴留子和小丸接下了一份工作，但貴留子開始失去耐性了。

小丸和貴留子在殺死了食人者之後，終於見到了宇佐美醫師。宇佐美醫師對他們提出了一個困難的要求之後，帶他們進到一個房間，這裡有個恐怖的場景正在等待著他們。

小丸和貴留子發現宇佐美醫師有個鈕扣，鈕扣上的圖騰跟貴留光線上的一模一樣，他們決定繼續追蹤圖騰的來源，在路上遇見了一位謎樣的情報販子。學園裡正召開一場緊急會議。

小丸和貴留子在充一將車子給了他們之後，便啟程前往茨城設施。同時，一群新的五年級生加入了學園，彌美姬注意到一位名叫歐瑪的孩子似乎很寂寞，便試圖跟他做朋友，但歐瑪與其他孩子保持距離其實是有個特殊原因。

小丸和貴留子抵達了一個繁榮的市場，這個小鎮是由謠傳的復興省所統治。同時，學園突然遭到攻擊，在找尋掩護的時候，孩子們發現了牆上有一個洞。

彌美姬、士郎、杏和鷹全都從牆上發現的洞來到了外面，尋找老師給的測驗的答案。同時，貴留子因為露敏做了一件可怕的事而淚流滿面。