Japani on hajonnut suuren katastrofin myötä. Kiruko suostuu saattamaan Maru-pojan paikkaan nimeltä Taivas. Samaan aikaan lapset elävät vehmaan lastentarhan seinien suojissa. Saatuaan salaperäisen viestin Tokio alkaa epäillä ympäröivää maailmaa.

Kummallisessa majatalossa Maru ja Kiruko vaipuvat tokkuraiseen uneen. He heräävät, kun hirviö ilmestyy kuun kelmeässä valossa. Lastentarhassa Tokio alkaa epäillä ympäristöään. Sillä välin Shiro saa odottamattoman viestin.

Viisi vuotta sitten Asakusassa Robin, Haruki ja tämän kilpa-ajajasisko Kiriko asuivat tyytyväisinä orpokodissa. Väkijoukko kerääntyy seuraamaan kilpailua, kun jokin hirvittävä yrittää häiritä kisoja ja Haruki joutuu kauhistuttavaan tilanteeseen.

Tokio viedään katsomaan eriskummallisia pienokaisia. Hän tajuaa, miten vähän hän ymmärtää ympäristöään. Maru ja Kiruko kokevat pelottavan hyökkäyksen veneessä. Tilanne vaikuttaa epätoivoiselta, ja Kirukon täytyy keksiä uusi tapa toimia.

Maru ja Kiruko palaavat Tokioon ja löytävät naapuruston täynnä telttoja. Maru lähtee käymään pelikeskuksessa. Kiruko joutuu keräämään tietoja yksin ja kuulee samalla pelottavan huhun. Lastentarhassa Taraon tila heikkenee, ja tri Sawatari löytää merkillisen jalanjäljen.

Maru ja Kiruko etsivät kuolematonta veljeskuntaa. He yöpyvät matkalla Totori-tytön johtamassa hotellissa. He jättävät laukkunsa hotellille ja lähtevät etsimään turvallista juomavettä löytäen samalla pahasti loukkaantuneen miehen. Sillä välin joku näyttäytyy yllättäen Tokiolle.

Maru ja Kiruko uskovat löytäneensä lääkärin ja Kuolemattoman veljeskunnan, mutta se onkin vihamielinen järjestö, joka vastustaa Kuolemattoman veljeskunnan tarjoamia hoitoja. Kiruko ja Maru hyväksyvät työtarjouksen, mutta Kirukon kärsivällisyys on koetuksella.

Tapettuaan ihmissyöjät Maru ja Kiruko tapaavat lopulta tri Usamin, joka pyytää heiltä haastavaa palvelusta ja johtaa heidät huoneeseen, jossa odottaa kammottava näky.

Marulle ja Kirukolle selviää, että tri Usamin napissa oleva kuvio on sama kuin Kiru-säteessä oleva logo. He päättävät seurata sitä ja tapaavat salaperäisen ilmiantajan. Päiväkodissa järjestetään samaan aikaan hätäkokous.

Maru ja Kiruko suuntaavat Takaharan akatemian Ibaraki-laitokseen. Matkan varrella he auttavat Juichia selvittämään, onko tämän lapsi yhä hengissä. Muurien ympäröimässä kaupungissa heitä odottaa yllätys.

Maru ja Kiruko suuntaavat Ibaraki-laitokseen Juichin autolla. Samaan aikaan ryhmä viidennen vuosikurssin uusia oppilaita saapuu akatemiaan. Mimihime huomaa, että Ohma-niminen lapsi on yksinäinen ja yrittää ystävystyä tämän kanssa. Ohmalla on erityinen syy pysyä kaukana muista lapsista.

Maru ja Kiruko saapuvat vauraaseen kaupunkiin, jota jälleenrakennusministeriön huhutaan johtavan. Samaan aikaan akatemiaan hyökätään. Etsiessään turvaa lapset löytävät yllättäen reiän seinästä.