Dans un Japon dévasté par une catastrophe, Kiruko accepte d'emmener un garçon appelé Maru vers le "paradis". Pendant ce temps, des enfants vivent paisiblement derrière les murs d'un jardin verdoyant. Mais après avoir reçu un message mystérieux, Tokio commence à douter du monde qui l'entoure.

Dans une étrange auberge, Maru et Kiruko plongent dans un sommeil profond et sont réveillés par une créature monstrueuse volant sous la faible lumière de la lune. Dans le jardin, Tokio doute encore plus du monde qui l'entoure. Shiro, lui, reçoit un message inattendu.

Cinq ans plus tôt, Robin, Haruki et sa sœur Kiriko coulent des jours heureux dans un orphelinat d'Asakusa. Alors qu'une foule animée se rassemble pour regarder une course de kart, quelque chose d'horrible essaie d'interrompre l'événement, et Haruki se retrouve face à une situation bouleversante.

Alors qu'on l'emmène voir des bébés étranges, Tokio réalise que son environnement reste un mystère. Naviguant sur un bateau d'où il est impossible de s'échapper, Maru et Kiruko se font attaquer. Alors que la fin semble proche, c'est à Kiruko de les sortir de là.

Maru et Kiruko retournent à Tokyo et trouvent un quartier rempli de tentes. Quand Maru se rend dans une salle d'arcade, Kiruko se lance seul à la recherche d'informations et entend une rumeur effrayante. Au jardin, l'état de Tarao se détériore et le Dr Sawatari découvre une empreinte inexplicable.

Maru et Kiruko partent à la recherche des immortalistes. En chemin, ils dorment dans un hôtel tenu par une jeune fille, Totori, où ils laissent leurs sacs avant de chercher de l'eau potable. C'est là qu'ils tombent sur un homme blessé. Pendant ce temps, une personne inattendue apparaît devant Tokio.

Maru et Kiruko pensent avoir trouvé le docteur et les immortalistes. Mais c'est en réalité une organisation hostile fortement opposée au traitement offert par les immortalistes. Kiruko et Maru acceptent un boulot, mais Kiruko commence à perdre patience.

Après avoir tué les dévoreurs, Maru et Kiruko rencontrent enfin le Dr Usami. Il leur demande quelque chose de très difficile, avant de les mener vers une pièce où une scène terrifiante les attend.

Maru et Kiruko découvrent que le Dr Usami possédait un bouton portant le même logo que celui du Kiru beam. Ils décident de suivre cette piste et finissent par rencontrer un informateur mystérieux. Pendant ce temps, au jardin, une réunion d'urgence a lieu.

Maru et Kiruko décident de se rendre à Ibaraki, dans l'établissement de l'Académie Takahara. Ils acceptent d'aider Juichi à vérifier si le bébé est encore en vie, puisque la ville emmurée est sur leur chemin. En arrivant, ils réalisent que la situation a bien changé.

Maru et Kiruko se rendent à l'établissement d'Ibaraki après que Juichi leur a donné sa voiture.

Maru et Kiruko arrivent sur une place prospère. C'est la ville dirigée par le supposé ministère de la reconstruction. Pendant ce temps, le jardin se fait attaquer, et les enfants trouvent un trou dans le mur en essayant de se cacher.