O Japão foi arrasado pela Grande Catástrofe. Kiruko aceita levar um rapaz de nome Maru a um lugar chamado Paraíso. Entretanto, há crianças a viver por detrás dos muros de um orfanato entre paisagens verdejantes. Após receber uma mensagem misteriosa, Tokio começa a duvidar do mundo que o rodeia.

Numa pensão estranha, Maru e Kiruko mergulham num sono pesado. Acordam com algo monstruoso sob a ténue luz da lua. No orfanato, Tokio fica mais desconfiado em relação ao mundo que o rodeia. Entretanto, Shiro recebe uma mensagem inesperada.

Há cinco anos, em Asakusa, Robin, Haruki e a sua irmã e piloto Kiriko, viviam felizes num orfanato. Quando uma multidão entusiasmada se junta para assistir a uma corrida de karts elétricos, algo terrível tenta perturbar o evento e Haruki enfrenta uma situação devastadora.

Tokio é levado a ver alguns bebés de aspeto bizarro e percebe o quão pouco sabe acerca do que o rodeia. Num navio sem escapatória, Maru e Kiruko são vítimas de um terrível ataque. Com tudo a falhar, cabe a Kiruko pensar numa nova estratégia.

Maru e Kiruko regressam a Tóquio e encontram um bairro cheio de tendas. Enquanto Maru vai a um salão de jogos, Kiruko fica sozinha a recolher informações e ouve um rumor assustador. No orfanato, o estado de Tarao agrava-se e o Dr. Sawatari descobre uma pegada inexplicável.

Maru e Kiruko andam à caça da Ordem Imortal. Pelo caminho, hospedam-se num hotel gerido por uma rapariga chamada Totori. Quando pousam as mochilas e vão à procura de água potável, deparam-se com um homem gravemente ferido. Entretanto, uma pessoa inesperada aparece perante Tokio.

Maru e Kiruko julgam ter encontrado o Doutor e a Ordem Imortal. Em vez disso, deparam-se com uma organização hostil que se opõe veementemente ao tratamento prestado pela Ordem Imortal. Kiruko e Maru aceitam uma oferta de trabalho, mas Kiruko começa a perder a paciência.

Depois de matarem os devoradores de homens, Maru e Kiruko conhecem finalmente o Dr. Usami. Ele faz-lhes um pedido difícil e conduz ambos a uma sala onde os espera um cenário aterrador.

Maru e Kiruko descobrem que o Dr. Usami tinha um botão com um padrão idêntico ao do logótipo que viram na Kiru-Laser. Eles decidem seguir o seu rasto e encontram um informador misterioso pelo caminho. Entretanto, é convocada uma reunião de emergência no orfanato.

Maru e Kiruko decidem dirigir-se ao edifício da Academia Takahara em Ibaraki. Uma vez que fica a caminho, eles concordam em ajudar Juichi a confirmar se o seu bebé ainda está vivo. Ao chegarem à Cidade Murada, a situação é muito diferente do esperado.

Maru e Kiruko vão ao edifício de Ibaraki após Juichi lhes dar o seu carro. Entretanto, um novo grupo do quinto ano entra para a academia. Mimihime repara que uma menina chamada Ohma parece solitária e tenta fazer amizade com ela, mas Ohma tem motivos especiais para se afastar das outras crianças.

Maru e Kiruko chegam a um mercado próspero. É a cidade onde, segundo os rumores, quem manda é o Ministério da Reconstrução. Entretanto, a academia é atacada de surpresa. Enquanto procuram abrigar-se, as crianças descobrem um buraco na parede.