Le Japon s'est effondré après le grand désastre. Kiruko accepte d'emmener un garçon nommé Maru dans un endroit appelé le Paradis. Pendant ce temps, des enfants vivent dans une garderie verdoyante. Après avoir reçu un mystérieux message, Tokio se met à douter du monde qui l'entoure.

Dans une étrange auberge, Maru et Kiruko sombrent dans un sommeil profond. Ils se réveillent et découvrent quelque chose de monstrueux sous la faible lumière de la lune. À la garderie, Tokio se méfie de plus en plus du monde qui l'entoure. Pendant ce temps, Shiro reçoit un message inattendu.

Il y a cinq ans, à Asakusa, Robin, Haruki et sa sœur Kiriko, pilote de course, vivaient heureux dans un orphelinat. Lorsqu'une foule animée se rassemble pour une course d'électro-kart, quelque chose d'horrible tente de perturber l'événement, et Haruki est confronté à une situation dévastatrice.

Tokio est emmené voir des bébés étranges et réalise qu'il comprend très peu ce qui l'entoure. Sur un bateau sans issue de secours, Maru et Kiruko sont victimes d'une attaque terrifiante. Comme tout échoue, il appartient à Kiruko d'élaborer une nouvelle stratégie.

De retour à Tokyo, Maru et Kiruko trouvent un quartier envahi de tentes. Lorsque Maru se rend dans un centre de jeux, Kiruko recueille des informations et entend une rumeur effrayante. À la garderie, l'état de Tarao se détériore et le Dr Sawatari découvre une empreinte de pied inexplicable.

Maru et Kiruko sont à la recherche de l'Ordre Immortel. En chemin, ils séjournent dans un hôtel géré par une fille nommée Totori. En déposant leurs sacs et en cherchant de l'eau potable, ils tombent sur un homme gravement blessé. Pendant ce temps, quelqu'un d'inattendu apparait devant Tokio.

Maru et Kiruko trouvent ce qu'ils croient être le docteur et l'Ordre immortel. Il s'agit en fait d'une organisation hostile qui s'oppose fermement au traitement proposé par l'Ordre immortel. Kiruko et Maru acceptent une offre d'emploi, mais Kiruko commence à perdre patience.

Après avoir tué les mangeurs d'hommes, Maru et Kiruko rencontrent enfin le Dr Usami. Il leur demande quelque chose de difficile et les conduit dans une pièce où une scène horrible les attend.

Maru et Kiruko décident de se rendre au centre d'Ibaraki de l'Académie Takahara. Comme c'est sur le chemin, ils acceptent d'aider Juichi à s'assurer que son bébé est toujours en vie. En arrivant à la ville fortifiée, la situation est fort différente de ce à quoi ils s'attendaient.

Maru et Kiruko se rendent au centre d'Ibaraki. Pendant ce temps, un groupe de nouveaux élèves de 5e année rejoint l'académie. Mimihime essaie de devenir l'amie de Ohma, un enfant qui semble seul. Mais Ohma a des raisons particulières de se tenir à l'écart des autres enfants.

Maru et Kiruko arrivent sur une place de marché prospère. Selon la rumeur, le ministère de la Reconstruction dirige les affaires dans cette ville. Pendant ce temps, l'académie est soudainement attaquée. En essayant de se mettre à l'abri, les enfants découvrent un trou dans le mur.

Mimihime, Shiro, Anzu et Taka sortent tous par un trou dans le mur, à la recherche d'une réponse à l'épreuve de leur professeur. Pendant ce temps, Kiruko est en larmes après que Robin ait fait quelque chose de terrible.