Fuko Izumo, en pige med evnen til at "aflykke," bringer uheld til alle, der rører hende. En "udød" med en udødelig krop, der aldrig kan dø, viser sig pludselig for Fuko, da hun forsøger at begå selvmord, og glæder sig over, at han endelig har mødt en, der har evnen til at give ham en rigtig død. Han bortfører Fuko og er i gang med at finde ud af, hvordan man udløser det største uheld nogensinde, da jægere fra Organisationen for Kontrol af Uidentificerede Fænomener alias "Union" kommer efter dem!

Et medlem af Unionen er på farten i forbindelse med en UMA-efterforskning i Rusland. Andy og Fuko tager mod Bajkalsøen efter at have fået at vide, at de kan komme med i Unionen, hvis de dræber dette medlem. På flugt fra Unionens forfølgere når de til Bajkalsøen, men deler sig ved ankomsten på grund af Andys ærinder. Fuko møder en pige i et outfit, der ligner en japansk skolepigeuniform. Hun elsker at male akvarel, og på hendes opfordring beslutter Fuko sig for at male sammen med hende...

Pigen, der malede sammen med Fuko ved Bajkalsøen, var Gena, Negatoren, der fangede Andy i fortiden! Andy leder efter sit snit til at kæmpe imod for at finde ud af, hvad hun negerer. Som følge deraf indser han, at Gena er Uforandring, Negatoren, der forhindrer objekter i at skifte form. Gena tror, at Fuko har stjålet hendes elskede Andy, og viser i jalousi over for Fuko rivaliserende følelser. Mens Genas angreb fortsætter, bemærker Fuko noget...

Andy og Fuko bliver ført til Roundtable, hvor Unionsmedlemmer venter. Der kommer Apokalypse med den næste runde af missioner. Apokalypse er den første "artefakt," der er blevet fundet på Jorden, som tvinger Unionen til at udføre urimelige opgaver. Fuko stiller spørgsmål til de medlemmer, der finder det helt naturligt at gå i gang med deres missioner, og foreslår at skabe forandring, men lederen, Juiz, er uenig.

Andy og gruppen er ankommet til USA for at fange UMA'en Spoil. Efter at have lavet et baggrundstjek af det forrådnede lig, som har forbindelse til Spoil, kommer det frem, at han oprindeligt var fra Longing. Baseret på rapporter fra agenter, der har besøgt Longing, er der ingen tvivl om, at Spoil og de skabte zombier var der. Da de ankommer, finder Andy en zombie i masserne, der ikke er helt fordærvet. Han forsøger at spørge zombien om, hvor Spoil befinder sig...

Beboerne i byen Longing er alle blevet til zombier takket være Spoil. De børn, der skjuler sig på et underjordisk krisecenter, fortæller Fuko, hvad der nøjagtigt skete, og hvordan de undgik at blive til zombier. På overfladen kæmper Andy sammen med de andre zombier mod Spoil. Da en zombie ved et uheld rører ved Fuko, udløses et ulykketræf. Andy indser, at Fukos kræfter også virker på zombier...

Spoil transitionerer til fase 2, nedbryder alt, der nærmer sig, og affyrer en opløsende laser mod alt, der slipper væk. Shen indleder sit modangreb med sin artefakt og sin evne til at negere. Spoil kan ikke svare igen, men kampen ender alligevel i dødvande, da Spoil ikke kan røres direkte. Med denne type UMA er erobringen først endelig, når "kernen" i dens krop fjernes, hvilket skaber et behov for at finde ud af, hvordan man kan sætte en stopper for Spoils evner helt og aldeles.

Victor, manden, der engang bragte sejr til utallige slagmarker. Dette er Andys andet ansigt, som dukker op, når kortet på hans pande fjernes. Selvom Spoil er taget til fange, forbliver Andy stadig Victor. Alle Unionens medlemmer udfordrer ham for at forvandle ham tilbage til hans nuværende jeg. Men med kræfter, der overgår Andys, og en aggressiv personlighed går Victor i kamp mod Unionens medlemmer som en modstander, der er svær at besejre. Fuko går i aktion for at bringe Andy tilbage!

Apocalypse læser resultaterne af missionerne op for Unionens medlemmer. Da den sjette mission mislykkedes, tilføjer Apocalypse UMA Galaxy som straf. Unionens medlemmer tager op til overfladen, hvor verden begynder at forandre sig for øjnene af dem. Denne gang skaber Reglen rumvæsner, som har rejst på tværs af galakser for at invadere Jorden.

Det bekræftes, at negatoren Afreparér befinder sig i nærheden af en sortbørsauktion, så Andy og holdet besøger stedet. På markedet cirkulerer negatorer, UMA'er og artefakter, som Unionen ikke har været i stand til at håndtere. Andy og Fuko infiltrerer auktionsområdet under foregivelse af at være et ægtepar. Fuko lytter til samtalerne omkring dem, der handler negatorer og UMA'er, som var de varer, og spørger Andy, hvad der tjener negatorerne bedst: at blive medlem af Unionen eller at blive solgt.

The Union and the Negator Hunters have infiltrated the black market auction venue for a new Negator. Andy and Fuko hurry towards the auction item storage, to stop the Negator Hunters who seek revenge against the world.

While Tatiana fights members of the Negator Hunters, she receives a report that Fuko was wounded by Unrepair. Tatiana unleashes her powers in order to save Fuko!

A huge explosion occurs from within the luxury liner sends Andy and company up into the air. They find Rip and company among the rubble. If they let Rip get away, Fuko will die. A roller-coaster ride of a battle ensues.

Fuko and Andy head over to right outside Chikara’s school in order to hear his reply about joining the Union. Rip, who was supposedly dead, suddenly shows up as a young boy. Chikara over hears their conversation...

Apocalypse reads out the quests that have the 100th penalty on the line. However, Billy suddenly declares that it’s impossible for the Union to kill God, and tries to take off with the Roundtable...

To regain the Roundtable, the Union commences an operation with Andy and Fuko as central members. Andy chops his head off while being kissed by Fuko. His head turns into a Parts Bullet and goes into Burn's stomach.

The Union regains control of Apocalypse, but the Roundtable has been seized. Juiz starts telling the members how this world is in a Loop of destruction and reconstruction by the hands of God, and that the Union is an organization she created to thwart such actions.

The possibility has risen that Fuko’s bible in life “To You, From Me” was a manga drawn with an Artifact. Andy and Fuko are tasked with checking the status of the raw manuscripts and gaining intel about Anno Un.

Andy and Fuko await for Anno Un on a bench in Stanley Park. Before they know it, Anno is reading Fuko’s manga and declares that they know what the pair is looking for...

Andy's memories become a book thanks to Autumn's claw that Anno Un materialized. Using the Artifact Soul Caliber, Anno Un plucks out Fuko's soul to send her inside Andy's book. The journey to learn about Andy begins.

Fuko arrives at Victor's memories but is killed by him shortly. Time flies by and Fuko moves on to the final chapter. While Fuko searches Shinjuku for Andy, Victor's blades are unleashed!

Anno Un's true self is Akira Kuno. Young Akira's came across the Artifact, "G-Liner." This Artifact allows the first person to touch it to see the past and future events of the current loop in its entirety. This incident greatly changes his future destiny.

Now that Autumn is stronger, individual attacks are of no use. Anno Un asks Andy and the gang to buy some time to draw the most powerful Artifact necessary in capturing Autumn...