Fuko Izumo egy lány, aki balszerencsét hoz arra, aki hozzáér. Amikor Fuko öngyilkosságot akar elkövetni, hirtelen megjelenik előtte egy örökéletű testtel bíró halhatatlan férfi, aki örül, hogy végre találkozik valakivel, aki képes valóban elvenni az életét. Elrabolja Fukót, és keresni kezdi a megfelelő körülményeket a létező legnagyobb szerencsétlenség előidézéséhez, amikor az azonosítatlan jelenségeket kordában tartó szervezet, az Unió vadászai a nyomukba erednek!

Három nap múlva az Unió egy tagja Oroszországba indul megvizsgálni egy azonosítatlan, rejtélyes állatot. Andy és Fuko a Bajkál-tóhoz tartanak, miután megtudják, hogy a tag megölésével beléphetnek az Unióba. Az őket üldöző Unió elől menekülve a páros eléri a Bajkál-tavat, de amint megérkeznek, szétválnak, hogy Andy elintézze a dolgait. Fuko találkozik egy japán iskolai uniformishoz hasonló ruhát viselő lánnyal, aki akvarelleket fest, s az unszolására Fuko úgy dönt, hogy festeni fog vele...

A lány, akivel Fuko festett a Bajkál-tónál, Gena volt, a Negátor, aki annak idején elkapta Andyt! Andy keresi az alkalmat, hogy visszavágjon, s megpróbálja kitalálni, pontosan mi is a lány képessége. Ennek eredményeképp rájön, hogy a változatlanság az: negálja a tárgyak alakváltoztatását. Gena azt hiszi, Fuko elrabolta tőle a régi szerelmét, Andyt, s rivalizálni kezd Fukóval, féltékenységből. Gena támadásai folytatódnak, és Fuko észrevesz valamit...

Andyt és Fukót a Kerekasztalhoz viszik, ahol az Unió tagjai ülnek. Apokalipszis kiosztja az új küldetéseket. Apokalipszis az első Földön megtalált „ereklye”, aki ésszerűtlen feladatokat kényszerít az Unióra. Fuko felteszi a kérdést a tagoknak, akik természetesnek tartják, hogy belevágnak a küldetésekbe, és változtatást javasol, de a vezető Juiz másként gondolja.

Andy és a társai megérkeztek az Egyesült Államokba, hogy elfogják az azonosítatlan rejtélyes állatot, Spoilt. A Spoilhoz köthető rothadó holttest hátterének megvizsgálása során kiderül, hogy eredetileg Longingból származott. A Longingba elindult ügynökök jelentései szerint nem kétséges, hogy Spoil és a zombik a városban voltak. Amikor megérkeznek, Andy talál egy zombit, aki még nem alakult át teljesen. Andy igyekszik megtudni tőle Spoil hollétét...

Longing városának lakói mind zombivá váltak Spoilnak köszönhetően. Fuko a földalatti óvóhelyen rejtőzködő gyerekektől megtudja, hogy pontosan mi történt, és hogyan sikerült elkerülniük a zombivá válást. Eközben a felszínen Andy a többi zombival együtt harcol Spoil ellen. Amikor egy zombi véletlenül hozzáér Fukóhoz, szerencsétlenséget okoz vele. Andy rájön, hogy Fuko ereje a zombikra is hat.

Spoil a 2. fázisba lép, és mindent szétbomlaszt, ami a közelébe kerül, és bomlasztó lézert lő ki mindenre, ami távolodik. Azonban Shen visszatámad az ereklyéje és negáló képessége segítségével. Spoil képtelen visszatámadni, de még így is patthelyzet alakul ki, mivel Spoilt nem lehet megérinteni. Az ilyen típusú azonosítatlan rejtélyes állatok esetében a befogás akkor teljes, amikor a testben lévő „magot” kivonják, így ki kell találni, hogyan lehet teljesen elnyomni a képességét.

Victor, az ember, aki egykor számtalan csatatérre győzelmet hozott. Ez Andy másik arca, aki a homlokán lévő kártya eltávolításakor jelenik meg. Bár Spoilt elfogták, Andy továbbra is Victor marad. Az Unió tagjai mind kihívják őt, hogy visszaváltoztassák jelenlegi énjébe. Azonban az Andy erejét felülmúló képességeivel és agresszív személyiségével Victor nehezen legyőzhető ellenfelet jelent az Unió tagjainak. Fuko akcióba lendül, hogy visszahozza Andyt!

Apokalipszis felolvassa az Unió tagjai előtt a küldetések eredményeit. A sikertelen hatodik küldetés miatt Apokalipszis büntetésként hozzáadja az UMA-galaxist. Az Unió tagjai a felszínre indulnak, és a szemük előtt kezdődik el a világ megváltoztatása. Ezúttal a Szabály idegeneket hoz létre, akik galaxisokon kelnek át, hogy megszállják a Földet.

Megerősítik, hogy a javíthatatlanság képességű Negátor egy feketepiaci árverés közelében van, ezért Andy és társai a helyszínre indulnak. Ezen a piacon olyan negátorok, UMA-k és ereklyék keringenek, amelyeket az Unió nem tudott kezelni. Andy és Fuko bejutnak a helyszínre, magukat házaspárnak kiadva. Hallva a körülöttük folyó beszélgetéseket, amik a Negátorokat és az UMÁ-kat árucikkekként kezelik, Fuko megkérdi Andyt, vajon az Unióhoz való csatlakozás vagy az eladás-e a jobb sors egy Negátornak.

The Union and the Negator Hunters have infiltrated the black market auction venue for a new Negator. Andy and Fuko hurry towards the auction item storage, to stop the Negator Hunters who seek revenge against the world.

While Tatiana fights members of the Negator Hunters, she receives a report that Fuko was wounded by Unrepair. Tatiana unleashes her powers in order to save Fuko!

A huge explosion occurs from within the luxury liner sends Andy and company up into the air. They find Rip and company among the rubble. If they let Rip get away, Fuko will die. A roller-coaster ride of a battle ensues.

Fuko and Andy head over to right outside Chikara’s school in order to hear his reply about joining the Union. Rip, who was supposedly dead, suddenly shows up as a young boy. Chikara over hears their conversation...

Apocalypse reads out the quests that have the 100th penalty on the line. However, Billy suddenly declares that it’s impossible for the Union to kill God, and tries to take off with the Roundtable...

To regain the Roundtable, the Union commences an operation with Andy and Fuko as central members. Andy chops his head off while being kissed by Fuko. His head turns into a Parts Bullet and goes into Burn's stomach.

The Union regains control of Apocalypse, but the Roundtable has been seized. Juiz starts telling the members how this world is in a Loop of destruction and reconstruction by the hands of God, and that the Union is an organization she created to thwart such actions.

The possibility has risen that Fuko’s bible in life “To You, From Me” was a manga drawn with an Artifact. Andy and Fuko are tasked with checking the status of the raw manuscripts and gaining intel about Anno Un.

Andy and Fuko await for Anno Un on a bench in Stanley Park. Before they know it, Anno is reading Fuko’s manga and declares that they know what the pair is looking for...

Andy's memories become a book thanks to Autumn's claw that Anno Un materialized. Using the Artifact Soul Caliber, Anno Un plucks out Fuko's soul to send her inside Andy's book. The journey to learn about Andy begins.

Fuko arrives at Victor's memories but is killed by him shortly. Time flies by and Fuko moves on to the final chapter. While Fuko searches Shinjuku for Andy, Victor's blades are unleashed!

Anno Un's true self is Akira Kuno. Young Akira's came across the Artifact, "G-Liner." This Artifact allows the first person to touch it to see the past and future events of the current loop in its entirety. This incident greatly changes his future destiny.

Now that Autumn is stronger, individual attacks are of no use. Anno Un asks Andy and the gang to buy some time to draw the most powerful Artifact necessary in capturing Autumn...