Fuko Izumo, en flicka med förmågan "Unluck", bringar olycka för dem som berör henne. En "Undead" med en odödlig kropp som aldrig kan dö dyker plötsligt upp framför henne när Fuko försöker begå självmord, och gläds åt att han äntligen har träffat någon med förmågan att ge honom en sann död. Han kidnappar Fuko och letar efter förutsättningarna för att åstadkomma den största olyckan, när jägare från Anti-Oidentified Phenomena Control Organization, eller "Union", kommer efter dem!

Om tre dagar kommer en Unionmedlem att vara på väg för en UMA-utredning i Ryssland. Andy och Fuko beger sig ut mot Bajkalsjön efter att ha blivit informerade om att om de dödar den medlemmen kan de antagas i Union. På flykt från Union tar paret sig till Bajkalsjön, men skiljs åt så fort de kommer dit för Andys ärenden. Fuko träffar en flicka i något liknande japansk skolflickeuniform. Hon njuter av att måla akvarell och på hennes uppmaning bestämmer sig Fuko för att måla med henne...

Flickan som målade tillsammans med Fuko vid Bajkalsjön var Gena, Negatorn som fångade Andy i det förflutna! Andy letar efter en chans att slå tillbaka och försöker ta reda på exakt vad hon förnekar. Som resultat inser han att Gena är Unchange, Negatorn som förnekar objekt från att ändra former. Gena tror att Fuko har stulit Andy som hon länge varit kär i från henne, och visar rivalitet av svartsjuka mot Fuko. När Genas attacker fortsätter, märker Fuko något...

Andy och Fuko förs till Roundtable där Unionmedlemmar väntar. Där levererar Apocalypse den nya omgången av uppdrag. Apocalypse är den första "Artefakten" som hittats på jorden och som tvingar på Union orimliga uppgifter. Fuko ställer frågan till medlemmarna, som tycker att det är naturligt att ge sig ut på sina uppdrag, och föreslår förändring, men ledaren Juiz håller inte med.

Andy och gänget har anlänt i USA för att fånga UMAn Spoil. När man gjorde en bakgrundskontroll av det ruttnande liket relaterat till Spoil, visade det sig att han ursprungligen kom från Longing. Baserat på rapporter från agenter som åkte till Longing, råder det ingen tvekan om att Spoil och de zombier som skapades varit där. Så snart de anländer hittar Andy en zombie som inte har blivit helt förstörd i massorna. Han försöker fråga zombien var Spoil befinner sig...

Invånarna i staden Longing har alla förvandlats till zombies på grund av Spoil. Från barnen som gömmer sig i ett underjordiskt skydd får Fuko veta exakt vad som hände och hur de undvek att bli zombies. Samtidigt slåss Andy på ytan tillsammans med de andra zombierna mot Spoil. När en zombie av misstag rör vid Fuko, släpper den lös en mängd otur. Andy inser att Fukos krafter också fungerar på zombies...

Spoil övergår till fas 2, bryter ner allt som kommer i närheten och avfyrar en nedbrytningslaser för allt som kommer undan. Men Shen startar sin motattack med sin artefakt och negerande förmåga. Spoil är oförmögen att attackera tillbaka, men trots det är striden i ett dödläge eftersom Spoil inte kan beröras direkt. För denna typ av UMA är infångningen klar när "kärnan" i dess kropp har extraherats, vilket skapar ett behov av att ta reda på hur man kan undertrycka Spoils förmåga helt.

Victor, mannen som en gång förde seger till otaliga slagfält, är Andys andra ansikte som dyker upp när kortet på hans panna tas bort. Även om Spoil har fångats, förblir Andy fortfarande Victor. Unionsmedlemmarna uppmanar honom alla att återvända till sitt nuvarande jag. Men med krafter som överträffar Andys och en aggressiv personlighet, står Victor framför unionens medlemmar som en svår motståndare att slå. Fuko går till handling för att få tillbaka Andy!

Apocalypse läser upp resultaten av uppdragen inför unionsmedlemmarna. När det sjätte uppdraget misslyckades lägger Apocalypse till UMA Galaxy som straff. Unionens medlemmar går upp till ytan, och världens förändring börjar framför deras ögon. Den här gången skapar Rule utomjordingar som har rest genom galaxer för att invadera jorden.

Negator Unrepair bekräftas belägen nära en svartmarknadsauktion, så Andy och kompani beger sig till platsen. Negatorer, UMA:er och artefakter som unionen inte har kunnat hantera cirkulerar på denna marknad. Andy och Fuko infiltrerar auktionsområdet under premissen att vara ett gift par. När de lyssnar på samtalen runt dem som behandlar Negators och UMAs som varor, frågar Fuko Andy om det är bättre för Negators att gå med i unionen eller säljas.

The Union and the Negator Hunters have infiltrated the black market auction venue for a new Negator. Andy and Fuko hurry towards the auction item storage, to stop the Negator Hunters who seek revenge against the world.

While Tatiana fights members of the Negator Hunters, she receives a report that Fuko was wounded by Unrepair. Tatiana unleashes her powers in order to save Fuko!

A huge explosion occurs from within the luxury liner sends Andy and company up into the air. They find Rip and company among the rubble. If they let Rip get away, Fuko will die. A roller-coaster ride of a battle ensues.

Fuko and Andy head over to right outside Chikara’s school in order to hear his reply about joining the Union. Rip, who was supposedly dead, suddenly shows up as a young boy. Chikara over hears their conversation...

Apocalypse reads out the quests that have the 100th penalty on the line. However, Billy suddenly declares that it’s impossible for the Union to kill God, and tries to take off with the Roundtable...

To regain the Roundtable, the Union commences an operation with Andy and Fuko as central members. Andy chops his head off while being kissed by Fuko. His head turns into a Parts Bullet and goes into Burn's stomach.

The Union regains control of Apocalypse, but the Roundtable has been seized. Juiz starts telling the members how this world is in a Loop of destruction and reconstruction by the hands of God, and that the Union is an organization she created to thwart such actions.

The possibility has risen that Fuko’s bible in life “To You, From Me” was a manga drawn with an Artifact. Andy and Fuko are tasked with checking the status of the raw manuscripts and gaining intel about Anno Un.

Andy and Fuko await for Anno Un on a bench in Stanley Park. Before they know it, Anno is reading Fuko’s manga and declares that they know what the pair is looking for...

Andy's memories become a book thanks to Autumn's claw that Anno Un materialized. Using the Artifact Soul Caliber, Anno Un plucks out Fuko's soul to send her inside Andy's book. The journey to learn about Andy begins.

Fuko arrives at Victor's memories but is killed by him shortly. Time flies by and Fuko moves on to the final chapter. While Fuko searches Shinjuku for Andy, Victor's blades are unleashed!

Anno Un's true self is Akira Kuno. Young Akira's came across the Artifact, "G-Liner." This Artifact allows the first person to touch it to see the past and future events of the current loop in its entirety. This incident greatly changes his future destiny.

Now that Autumn is stronger, individual attacks are of no use. Anno Un asks Andy and the gang to buy some time to draw the most powerful Artifact necessary in capturing Autumn...