Kanata, un Drifter en herbe, explore les ruines d'un musée avec un Drifter renommé, Tokio, et découvre une Magus qui a perdu ses souvenirs. S'ensuit une attaque des Enders sur Rock Town, qui est en danger.

Kanata retourne dans les ruines où Noir a été trouvée pour chercher des indices sur son passé. Quand Range, un cadre du syndicat du crime du Nid Baccarat, essaie d'éloigner Noir de Rock Town, elle rencontre Ciel, une Magus à la voix angélique.

Kanata est maintenant le maître de Noir et en chemin pour devenir Drifter. Tokio déclare qu'il va faire de lui un homme et l'emmène au Nid Desire, la cité des plaisirs. Quand Ellie, Ange et Noir entendent parler de cette idée, elles se rendent également au Nid Desire pour ramener Kanata.

Kanata s'entraîne en combattant des Enders sans se reposer sur Noir. Il est sur le point d'être battu quand un Cradle Coffin apparaît et vainc les Enders grâce à un tir longue portée. Ses sauveuses sont Claudia et sa partenaire Magus, Flamme. Elles ont une demande unique pour Kanata.

Kanata apprend qu'il doit renforcer son lien avec sa Magus s'il veut devenir plus fort. Il se rend donc sur les ruines du labyrinthe de Fes avec Noir. Pendant ce temps, Tokio apprend qu'un groupe a attaqué des Magus amasiens de type Zero et leurs Drifters.

Alors qu'ils sont en train de chercher des cristaux d'AR, Kanata et Tokio se retrouvent sous la pluie. Tokio propose d'aller trouver refuge dans la cité du jeu. Ils y croisent une Magus solitaire en train de chanter. Il s'agit de Ciel, la Magus que Noir a rencontré quand Range a essayé de l'enlever.

Afin d'en découvrir plus sur le passé de Noir, Kanata demande à Maria de s'occuper de sa maintenance. Ellie part chercher Kanata quand sa Magus est hors service, pour découvrir que le foyer auparavant mal entretenu qui était sous la surveillance de Noir est maintenant parfaitement rangé, et que Ciel s'y trouve.

Kanata invite Ellie à Satellite Aqua. Elle est tout excitée, pensant que c'est un rendez-vous, mais à leur arrivée, toute la petite équipe est là. Ils s'amusent au bord de la piscine quand Ciel monte sur scène devant une foule en délire.

En route pour le Nid Traders, Kanata remarque un Drifter solitaire marchant sous la pluie. Leurs chemins se croisent de nouveau au Nid Traders, où le Drifter se présente : Alba est un Drifter vétéran et explique à Kanata qu'il a entrepris des recherches sur les Magus.

Quelque chose ou quelqu'un fait des ravages dans les Nids autour de Rock Town. Kanata veut enquêter sur les événements, mais Tokio refuse. Les deux n'arrivent pas à s'entendre, mais le chef de Rock Town leur ordonne de mener l'enquête ensemble. Au milieu de toute cette tension, Kanata part seul.

Les Drifters à proximité des Nids se précipitent au secours de Rock Town, qui se prépare à affronter la tempête argentée. Pendant ce temps, un mystérieux groupe qui en a après Noir profite du chaos et ordonne à Ciel d'éliminer Kanata. Le combat s'éternise, et les Drifters perdent tout espoir de survie.

Le combat contre la tempête argentée touche à sa fin. Personne n'est indemne, et même si Kanata refuse d'abandonner, le DAISYOGRE amélioré peine. Dans ce combat à mort, les inquiétudes de Noir atteignent leur apogée et déclenchent sa métamorphose.

Quelques jours se sont écoulés depuis la terrible bataille contre la tempête argentée, mais Noir n'est pas redevenue elle-même depuis qu'elle s'est transformée en Mystere. Kanata emmène Mystere dans des lieux où Noir et lui ont partagé des souvenirs, dans l'espoir de réveiller Noir.

Mystere révèle à Kanata qu'Histoire existe bel et bien. Pour le prouver, son ancien maître et elle étaient entrés en contact avec le réseau d'Histoire pendant leurs voyages. Mais si Kanata veut atteindre Histoire, il va devoir suivre un entraînement.

Kanata se rend à Carthage, où se trouverait un ancien port spatial, à la recherche d'indices sur la légendaire Histoire. Il tente d'y accéder, mais il est soudain attaqué. Lorsqu'il affronte ses assaillants, Kanata est provoqué en duel pour défendre sa Magus.

La personnalité de Noir risque de disparaître, sitôt l'autoréparation de Mystere achevée. Elle accepte son sort, estimant que Kanata a tout intérêt à avoir Mystere à ses côtés. Mais Kanata ne sait rien de tout cela. Dans un dernier geste, Noir décide de lui préparer un repas.

L'imprudence de Noir fait qu'elle et Mystere ne marchent plus. Comme aucune ne se réveille, Kanata demande de l'aide à Alba. Mais ce dernier ne peut les sauver que s'il dispose d'une autre Magus de type Zéro. Il suggère d'en trouver une à Amasia, et Kanata et Ciel s'y rendent.

Trahi par un allié de confiance, Kanata est fait prisonnier. Pour ne rien arranger, deux autres de ses amis sont aperçus parmi les membres d'Ideal. Dans une ultime trahison, Weisheit révèle un passé choquant.

Ellie vient chercher Kanata, craignant pour sa sécurité. Elle le trouve en état de choc, en train de bercer un Ciel immobile et culpabilisant. Le temps presse pour Noir et Mystere, mais il n'arrive toujours pas à faire un choix. Au milieu d'un débat houleux, Kanata doit prendre une décision.

Alors que la bataille contre Ideal se profile, Kanata est occupé à améliorer DAISYOGRE ALTER. Pendant ce temps, Noir n'en revient toujours pas que Ciel l'ait sauvée. Elle tombe sur une fan de Ciel. Alors qu'elles se remémorent ses chansons, Noir confie à Kanata qu'elle aimerait chanter.

La fusée de Maria étant terminée, Kanata peut enfin se rendre à Histoire. Mais Ideal a une autre idée en tête et tente de l'arrêter. La guerre est ouverte et Weisheit ordonne à Macht de voler Mystere sous le nez de Kanata. La bataille entre les Drifters de Rock Town et Ideal commence avec éclat.

Kanata décide de poursuivre Weisheit avec la dernière fusée restante pour récupérer Mystere. Noir et lui font leurs adieux aux habitants de Rock Town avant d'arriver enfin à Histoire, où Weisheit les attend avec impatience.

Tout s'est passé comme Weisheit l'avait prévu, et toutes les Magus ont cessé de fonctionner. Noir est la seule à ne pas avoir été affectée en raison de ses origines uniques. Tous les espoirs reposent désormais sur ses épaules. Kanata et Noir vont enfin affronter Weisheit pour leur ultime combat.