Przeszukując ruiny muzeum, razem ze znanym drifterem Tokio, Kanata, aspirujący drifter, odnajduje maguskę Noir, która straciła pamięć. Gdy atakują endersi, Rock Town jest zagrożone.

Kanata jest teraz mistrzem Noir i ma szansę zostać drifterem. Tokio obiecuje, że zrobi z Kanaty mężczyznę, i zabiera go do gniazda Desire, miasta przyjemności. Gdy Ellie, Ange i Noir się o tym dowiadują, udają się do gniazda Desire, żeby zabrać stamtąd Kanatę.

Kanata trenuje, żeby stać się silniejszym, walcząc z endersami bez pomocy Noir. Jest na skraju porażki, gdy pojawia się trumna i pokonuje endersów strzałem z dystansu. Jego wybawczynie przedstawiają się jako Claudia i jej maguska Flamme. Mają do Kanaty nietypową prośbę.

Kanata dowiaduje się, że, jeśli chce być silniejszym drifterem, musi zacieśnić więź ze swoją maguską. Idzie z nią do Fes, ruin labiryntu. Tokio dowiaduje się o grupie atakującej amazyjskie magusy i ich drifterów.

Podczas poszukiwania broni Kanatę i Tokio łapie deszcz. Tokio proponuje, żeby poszukać schronienia w pobliskim mieście hazardu, gnieździe Baccarat. Spotykają tam samotną maguskę śpiewającą w barze. To Ciel, maguska, którą poznała Noir, gdy Range próbował ją porwać.

Kanata chce się dowiedzieć więcej o przeszłości Noir, więc prosi Marię, żeby przy niej popracowała. Pod nieobecność maguski, Ellie szuka Kanaty i odkrywa, że zaniedbany dom prowadzony przez Noir jest posprzątany. Znajduje w nim Ciel.

Kanata zaprasza Ellie do aquaparku. Ellie cieszy się, bo myśli, że to randka. Gdy tam przychodzą, spotykają całą ekipę. Świetnie bawią się na basenie, a gdy Ciel wychodzi na scenę, tłum szaleje.

W drodze do gniazda handlarzy Kanata widzi driftera spacerującego w deszczu. Spotykają się ponownie w gnieździe handlarzy, a drifter przedstawia się jako Alba. Alba to drifter-weteran. Mówi Kanacie, że szuka magusa.

Ktoś albo coś niszczy gniazda wokół Rock Town. Kanata chce to sprawdzić, ale Tokio się nie zgadza. Nie mogą się ze sobą dogadać, a przywódca Rock Town każe im sprawdzić to razem. Z powodu napiętej atmosfery Kanata idzie sam.

Drifterzy z pobliskich gniazd pędzą, żeby pomóc Rock Town, które przygotowuje się do walki ze Srebrną Burzą. W międzyczasie tajemnicza grupa, która szuka Noir, wykorzystuje chaos i każe Ciel wyeliminować Kanatę. Walka się przeciąga, a drifterzy tracą nadzieję na przetrwanie.

To ostatni etap walki ze Srebrną Burzą. Wszyscy ucierpieli, ale Kanata nie chce się poddać, mimo że DAISYOGRE ma problemy. Ta potencjalnie śmiertelna bitwa przeraża Noir tak bardzo, że przechodzi transformację.

Minęło kilka dni od zażartej bitwy ze Srebrną Burzą, ale Noir nadal nie powróciła do swojego normalnego stanu po przemianie w Mystere. Kanata zabiera Mystere do miejsc, w których on i Noir tworzyli wspólne wspomnienia, w nadziei, że pomoże to obudzić Noir.

Mystere mówi Kanacie, że Histoire istnieje. Ona i jej były mistrz pewnego razu nawiązali kontakt z siecią Histoire podczas swoich podróży. Jednak jeśli Kanata chce dotrzeć do Histoire, będzie musiał przejść szkolenie.

Kanata jedzie do pobliskiej Kartaginy, w której ma znajdować się stary port kosmiczny, w poszukiwaniu wskazówek na temat legendarnego Histoire. Gdy próbuje uzyskać dostęp, zostaje zaatakowany. Konfrontuje się z napastnikami i zostaje wyzwany na pojedynek o swoją maguskę.

Noir dowiaduje się, że jej osobowość może zniknąć po zakończeniu samonaprawy Mystere. Godzi się ze swoim losem, wierząc, że Kanacie będzie lepiej z Mystere u boku. Kanata jest nieświadomy jej decyzji. Noir postanawia przygotować dla niego ostatni posiłek.

Przez nieostrożne zachowanie Noir ona i Mystere przestają działać. Gdy żadna z nich się nie budzi, Kanata prosi o pomoc Albę. Alba mówi, że potrzeba kolejnego magusa typu zero, żeby je ocalić. Jeden powinien być w ruinach Amazji, więc Kanata i Ciel idą go poszukać.

Zdradzony przez zaufanego sojusznika Kanata trafia do niewoli. Co gorsza, wśród członków Ideala jest jego dwoje przyjaciół. Jakby tego było mało, Weisheit odsłania szokującą przeszłość.

Ellie martwi się o Kanatę i go szuka. Znajduje go zszokowanego, przytulającego nieruchomą Ciel i obwiniającego siebie. Czas Noir i Mystere ucieka, ale Kanata nadal nie potrafi podjąć decyzji. Podczas gorącej debaty musi w końcu zdecydować.

Pascale zostawia wiadomość o przeszłości Noir i Mystere. Opowieść zaczęła się po nawiązaniu pierwszego kontaktu z Historie. Macht wspomina moment podpisania kontraktu ze Schnee. Jego wspomnienia ujawniają sekret Ideala, a jego walka z Kanatą staje się coraz bliższa.

Zbliża się walka z Idealem, więc Kanata jest zajęty ulepszaniem DAISYOGRE ALTER. Noir nadal nie może przeboleć tego, że to Ciel ją uratowała. Podczas wędrówki po okolicy spotyka fankę Ciel. Kiedy obie wspominają piosenki Ciel, Noir mówi Kanacie, że chce spróbować śpiewać.

Rakieta Marii jest gotowa, więc Kanata może wreszcie udać się do Histoire. Ideal ma jednak inny pomysł i próbuje go powstrzymać. To otwarta wojna. Weisheit nakazuje Machtowi ukraść Mystere spod nosa Kanaty. Bitwa pomiędzy drfterami z Rock Town a Idealem zaczyna się od potężnego huku.

Kanata postanawia ścigać Weisheita w ostatniej rakiecie, żeby odzyskać Mystere. On i Noir żegnają się z mieszkańcami Rock Town i w końcu docierają do Histoire, gdzie Weisheit niecierpliwie na nich czeka.

Wszystko poszło zgodnie z planem Weisheita i każdy magus przestał działać. Noir jest jedynym magusem, na którego nie miało to wpływu. To przez jej niezwykłe pochodzenie. Teraz w niej cała nadzieja. Nadszedł czas, żeby Kanata i Noir zmierzyli się z Weisheitem w ostatecznej bitwie.