Kanata, que sonha ser Errante, explora as ruínas do museu com o famoso Errante Tokio e descobre uma Magus sem memória. Entretanto, os Exterminadores atacam e a Cidade Rochosa corre perigo.

Kanata regressa às ruínas do museu onde encontrou Noir em busca de pistas sobre o passado dela. Quando Range, um executivo da máfia do Ninho Bacará, tenta enganar Noir para a levar da Cidade Rochosa, ela conhece Ciel, uma Magus com voz de anjo.

Kanata é agora o amo de Noir e está no bom caminho para se tornar um Errante. Tokio diz que vai fazer de Kanata um verdadeiro homem e leva-o ao Ninho do Desejo, a cidade do prazer. Quando Ellie, Ange e Noir descobrem, dirigem-se ao Ninho do Desejo para trazer Kanata de volta.

Kanata treina para se tornar mais forte combatendo Exterminadores sem Noir. Está prestes a ser derrotado quando um Caixão Berço aparece e derruba os Exterminadores com um tiro à distância. As suas salvadoras apresentam-se como Claudia e a sua Magus, Flamme, e têm um pedido invulgar a fazer a Kanata.

Kanata descobre que tem de reforçar os laços com a sua Magus se quiser ser um Errante mais forte. Dirige-se às ruínas do labirinto de Fes com Noir. Entretanto, Tokio ouve falar de um grupo que anda a atacar os Magus Modelo Zero de Amasia e os respetivos Errantes.

Kanata e Tokio são surpreendidos pela chuva enquanto procuram Cristais AO e Tokio sugere que procurem abrigo no vizinho Ninho Bacará, a cidade do jogo. Lá, cruzam-se com uma Magus solitária que canta no átrio. É Ciel, a mesma Magus que Noir conhecera quando Range a tentou raptar.

Tentando saber mais sobre o passado de Noir, Kanata pede a Maria que faça alguns trabalhos de manutenção em Noir. Ellie vai à procura de Kanata enquanto a sua Magus está fora de serviço e descobre que a casa antes desarrumada às mãos de Noir está totalmente imaculada desde que Ciel se mudou para lá.

Kanata convida Ellie a ir ao Satélite Aqua. Ellie está entusiasmada com a ideia de um encontro. Contudo, quando chegam, vê que também está lá o resto do grupo. Eles divertem-se à grande junto à piscina quando Ciel sobe ao palco e deixa o público em êxtase.

A caminho do Ninho do Comércio, Kanata vê um Errante solitário a caminhar à chuva. Eles voltam a cruzar-se no Ninho do Comércio, onde o Errante se apresenta como Alba. Alba é um Errante veterano e diz a Kanata que tem andado a investigar os Magus.

Alguém ou alguma coisa tem lançado o caos nos Ninhos vizinhos da Cidade Rochosa. Kanata quer investigar os incidentes, mas Tokio recusa. Os dois estão em desacordo quando a líder da Cidade Rochosa os manda investigar em conjunto. No meio da tensão, Kanata parte sozinho.

Errantes dos Ninhos vizinhos vão ajudar a Cidade Rochosa e preparam-se para enfrentar a Tempestade de Prata. Entretanto, o grupo misterioso que persegue Noir aproveita o caos para mandar Ciel eliminar Kanata. A batalha arrasta-se e os Errantes começam a perder toda a esperança de sobreviver.

É a reta final da batalha contra a Tempestade de Prata. Ninguém sai incólume e, apesar de Kanata se recusar a desistir, até o DAISYOGRE melhorado se debate em desespero. Neste combate até à morte, as preocupações de Noir atingem o clímax e ela sofre uma transformação.

Passaram alguns dias desde a dura batalha contra a Tempestade de Prata, mas Noir ainda não voltou ao seu estado normal após se ter transformado em Mystere. Kanata leva Mystere a lugares onde ele e Noir partilharam memórias, na esperança de que isso ajude Noir a despertar.

Mystere diz a Kanata que Histoire existe mesmo. Para o provar, ela e o seu antigo amo chegaram a estabelecer contacto com a rede de Histoire durante as suas viagens. No entanto, se Kanata quiser chegar a Histoire, terá de treinar mais.

Na sua busca por pistas sobre a lendária Histoire, Kanata dirige-se para a cidade vizinha de Cartago, onde supostamente existe uma antiga base de lançamento espacial. Ele tenta entrar, mas é subitamente atacado. Ao enfrentar os atacantes, Kanata é desafiado para um duelo dirigido à sua Magus.

Noir descobre que a sua personalidade pode desaparecer após o processo de autorreparação de Mystere. Ela aceita o seu destino, acreditando que Kanata ficará melhor com Mystere ao seu lado. No entanto, Kanata desconhece a decisão de Noir. Num último gesto, Noir decide cozinhar-lhe uma refeição.

A imprudência de Noir faz com que ela e Mystere deixem de funcionar. Quando nenhuma delas acorda, Kanata pede ajuda a Alba. Contudo, Alba diz a Kanata que vai precisar de outro Magus Modelo Zero para poder salvá-las. Talvez haja um nas ruínas de Amasia, por isso, Kanata e Ciel vão à sua procura.

Traído por um aliado de confiança, Kanata é feito prisioneiro. Para piorar as coisas, há mais dois amigos seus entre os membros do Ideal. Numa reviravolta inesperada, Weisheit revela um passado chocante.

Temendo pela segurança de Kanata, Ellie vai à sua procura. Ela encontra-o em estado de choque, a embalar o corpo imóvel de Ciel e a recriminar-se. Mesmo com o tempo a esgotar-se para Noir e Mystere, ele é incapaz de escolher. No meio de uma discussão acalorada, Kanata tem de tomar uma decisão.

Uma mensagem de Pascale explica o passado de Noir e Mystere. Tudo começou quando estabeleceram o primeiro contacto com Histoire. Entretanto, Macht recorda o momento em que assinou o contrato com Schnee. As suas memórias revelam o segredo do Ideal, à medida que se avizinha a sua batalha com Kanata.

Com a batalha contra o Ideal no horizonte, Kanata reforça o DAISYOGRE ALTER. Entretanto, Noir ainda não superou o facto de ter sido salva por Ciel. Ela deambula pela cidade quando se cruza com uma das suas fãs. Enquanto relembram as canções de Ciel, Noir diz a Kanata que quer experimentar cantar.

Com o foguetão de Maria pronto, Kanata pode finalmente viajar para Histoire. Porém, o Ideal tem outras intenções e tenta travá-lo. Weisheit declara guerra ao ordenar a Macht que roube Mystere nas barbas de Kanata. A batalha entre os Errantes da Cidade Rochosa e o Ideal começa com um grande estrondo.

Kanata decide perseguir Weisheit no último foguetão restante com o objetivo de trazer Mystere de volta. Ele e Noir despedem-se dos habitantes da Cidade Rochosa antes de chegarem finalmente a Histoire, onde Weisheit os aguarda ansiosamente.

Tudo correu tal como Weisheit planeou e todos os Magus deixaram de funcionar. No entanto, Noir é a única Magus que não é afetada, graças às suas origens únicas. Agora toda a esperança recai sobre si. Chegou a hora de Kanata e Noir enfrentarem Weisheit na sua derradeira batalha.