1ο έτος της εποχής Meiji στο κέντρο του Τόκιο. Η Kaoru Kamiya, η μάστερ του στυλ «Kamiya Kasshin-ryu», κυνηγούσε τον «Hitokiri Battosai», ο οποίος ισχυριζόταν ότι ήταν χρήστης του στυλ του σπαθιού της. Ένα βράδυ, η Καόρου συναντά έναν άντρα που κουβαλάει ένα σπαθί. Αμέσως αμφισβητεί τον άνδρα, αλλά φαίνεται να μην έχει καμία απολύτως διάθεση να πολεμήσει. «Είναι αυτός ο φημολογούμενος Hitokiri Battosai;» Καθώς ο Καόρου κοιτάζει αμφίβολα, ο άντρας συστήνεται ως ο Κένσιν Χιμούρα, ένας «Ρουρούνι».

Έχει περάσει μια εβδομάδα από την επίλυση της υπόθεσης δολοφονίας σε σταυροδρόμι, στην οποία χρησιμοποιήθηκε παραπλανητικά το όνομα του Kamiya Kasshin-ryu. Αν και το όνομα του Kamiya Dojo έχει απαλειφθεί, δεν υπάρχει ένδειξη αύξησης του αριθμού των μαθητών της Kaoru. Τότε ένα διερχόμενο αγόρι, ο Yahiko Myojin, κλέβει το πορτοφόλι του Kenshin. Ο Kenshin του δίνει το πορτοφόλι, λέγοντας ότι ήταν λάθος που του επέτρεψε να το κλέψουν. Ο Γιαχίκο είναι εκνευρισμένος που του φέρονται σαν παιδί, αλλά έχει λόγο να εισπράξει τα χρήματα.

Η καρδιά του Γιαχίκο συγκινείται από τον Κένσιν και αποφασίζει να σταματήσει την κλοπή πορτοφολιών. Ο Yahiko αρνείται να πληρώσει τον Kanto Shueigumi και αντιστέκεται στις απαιτήσεις τους, αλλά τον ξυλοκοπούν. Ο Kenshin έρχεται να τον σώσει και τακτοποιεί το θέμα. Μετανιωμένος που δεν μπόρεσε να λύσει το πρόβλημα μόνος του, ο Γιαχίκο επιθυμεί να γίνει πιο δυνατός. Βλέποντας αυτό, ο Kenshin πηγαίνει τον Yahiko στο Kamiya Dojo.

Ο Kenshin, η Kaoru και ο Yahiko επισκέπτονται το Akabeko, ένα εστιατόριο με μοσχαρίσιο κρέας, όπου μια ομάδα ακτιβιστών για τα δημοκρατικά δικαιώματα μπαίνει σε έντονες διαμάχες. Ένας από αυτούς πετάει ένα μπουκάλι σάκε, και αυτό χτυπά τον Kenshin, προκαλώντας ταραχή. Ο Sanosuke Sagara, ο οποίος έτυχε να βρίσκεται στο κατάστημα κατά τη διάρκεια του καβγά, σηκώθηκε και απώθησε τους ακτιβιστές με ένα μόνο χτύπημα στο μέτωπο. Βλέποντας τη δύναμη του Κένσιν, η περιέργεια του Σανοσούκε διεγείρεται και ρωτά: «Θέλεις να αγοράσεις έναν αγώνα από εμένα;»

Ο Κένσιν αντιμετωπίζει τον Σανοσούκε, ο οποίος χειρίζεται με ευκολία τον γίγαντα Ζανμπάτο. Ωστόσο, ο Sanosuke δείχνει την απίστευτη αντοχή του αφού άντεξε με ευκολία ένα χτύπημα από τον Kenshin. Αυτό οδηγεί τον Kenshin να εξαπολύσει έναν καταιγισμό χτυπημάτων εναντίον του και ο Sanosuke πέφτει στο έδαφος. Για μια στιγμή φάνηκε σαν να έχει κριθεί η νίκη. Ωστόσο, ενώ ο Sanosuke είναι μπερδεμένος, θυμάται τον λόγο της εμμονής του με τη νίκη, το παρελθόν του πριν από δέκα χρόνια, όταν ήταν στον στρατό Sekiho...

Ο Κένσιν λαμβάνει ένα αίτημα από τον αρχηγό της αστυνομίας, ζητώντας τη βοήθειά του για να ρίξει τον «Κουρογκάσα», έναν κατά συρροή δολοφόνο που έχει επανειλημμένα στοχεύσει πρώην επαναστάτες πολεμιστές. Ο Kenshin και ο Sanosuke πηγαίνουν να συνοδεύσουν τον Jusanro Tani, ο οποίος έλαβε μια επιστολή που περιείχε απειλή θανάτου. Όπως προειδοποιήθηκε στην επιστολή, στη 1:00 π.μ. απότομα, εμφανίζεται ο Kurogasa. Η αληθινή του ταυτότητα ήταν ο Τζιν Ούντο, ένας αλήτης δολοφόνος που είχε κάνει όνομα στην επιχείρηση δολοφονιών από την εποχή του Μπακουμάτσου.

Γνωρίζοντας πόσο δυνατός ήταν ο Kenshin όταν ήταν ο Hitokiri Battosai, ο Jine παίρνει όμηρο την Kaoru για να τροφοδοτήσει την οργή του Kenshin. Οι δυο τους μπαίνουν σε μια σκληρή μάχη. Ωστόσο, ο Jine, πιστεύοντας ότι ο Kenshin δεν έχει ανακτήσει ακόμη την προηγούμενη δύναμή του, προκαλεί το Nikaido Heiho "Shin no Ippo" στην Kaoru, με αποτέλεσμα να σταματήσει να αναπνέει. Μόλις δύο λεπτά μέχρι να πεθάνει η Kaoru από ασφυξία - ο θυμός του Kenshin φτάνει στο αποκορύφωμά του.

Ο φίλος του Sanosuke πέθανε από υπερβολική δόση οπίου. Ωστόσο, ο Kenshin και ο Sanosuke είναι μπερδεμένοι με το πώς πήρε στα χέρια του το ναρκωτικό, καθώς το όπιο είναι απαγορευμένο και πολύ ακριβό για να το αντέξει ο μέσος άνθρωπος. Τότε εμφανίζεται μπροστά τους μια μυστηριώδης γυναίκα, η Megumi Takani. Ο Kenshin και οι άλλοι πολεμούν τον ιδιωτικό στρατό του Kanryu Takeda που προσπαθεί να καταλάβει την Megumi. Ωστόσο, η Megumi μεταφέρει όπιο...

Ο Hyottoko, μέλος της ομάδας Oniwaban, κάνει επιδρομές στο Kamiya Dojo, όπου κρύβεται η Megumi. Εξαπολύει την ειδική του επίθεση «Fire Breath», στην οποία αναπνέει φωτιά από το στόμα του, στον Kenshin και τον Sanosuke. Προβλέποντας την ήττα του Κένσιν και των άλλων με την εμφάνιση του ισχυρού μεσαίου βαθμού κατασκόπου, η Μεγκούμι προσπαθεί να φύγει από τη σκηνή, αλλά η Καόρου τη σταματά και λέει "Παλεύει για σένα", λέγοντάς της να πιστέψει στη δύναμη του Κένσιν.

Οι διώκτες από τον Όμιλο Oniwaban δεν έχουν κάνει εμφάνιση για πάνω από μια εβδομάδα και κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου η Megumi εξοικειώθηκε με την ομάδα Kamiya Dojo. Ο Sanosuke, ωστόσο, αισθανόταν απογοητευμένος γνωρίζοντας ότι η Megumi ήταν αυτή που έφτιαξε το όπιο που προκάλεσε το θάνατο του φίλου του. Τότε μια μέρα, η Megumi εξαφανίζεται ξαφνικά. Σε ένα γράμμα που βρήκαν από αυτήν, ανέφερε ότι είχε φύγει με δική της βούληση, αλλά ο Kenshin και οι άλλοι βρήκαν ότι αυτό ήταν αφύσικο. Αποφασίζουν να κατευθυνθούν προς την κατοικία της Kanryu Takeda, του ανθρώπου που έστελνε κατασκόπους πίσω της.

Ο Kenshin, ο Sanosuke και ο Yahiko αγωνίζονται να πάρουν πίσω την Megumi από την κατοικία Kanryu. Έρχονται αντιμέτωποι με τον Han'nya, έναν κατάσκοπο της ομάδας Oniwaban. Παραπλανεί τον Kenshin με τις πολεμικές του τέχνες και το "Arm-extension Spell", αλλά ο Kenshin τον νικάει όταν αποκαλύπτει το μυστικό της τεχνικής κατά τη διάρκεια του αγώνα. Μόλις φαινόταν ότι η μάχη είχε τελειώσει, ο Han'nya αφαιρεί τη μάσκα του και αποκαλύπτει το εκπληκτικό αληθινό του πρόσωπο.

Επιτέλους, ο Kenshin αντιμετωπίζει τον Aoshi Shinomori, τον επικεφαλή του Ομίλου Oniwaban. Στην εποχή του Μπακουμάτσου, η εμμονή με τις μάχες «ομάδα Oniwaban» έχασε το νόημα της ύπαρξής της αφού παρέδωσε το κάστρο που υπηρετούσε χωρίς καν να μπορέσει να πολεμήσει. Ο Aoshi δεν μπορεί να αντέξει αυτή τη λύπη και επιδιώκει ένθερμα τον τίτλο του ισχυρότερου πολεμιστή. Ως πρώην επαναστάτης πολεμιστής, ο Kenshin δεν μπορεί να ανεχθεί τη σύγκρουση χωρίς ηθική. Δύο άντρες που έκαναν το επάγγελμά τους τη δολοφονία στην εποχή του Μπακουμάτσου συγκρούονται ο ένας με τον άλλο, θέτοντας την υπερηφάνεια τους στο όριο.

Ο Yahiko, ο μοναδικός μαθητής του Kamiya Dojo, έχει αρχίσει να απομακρύνεται από την προπόνησή του κατά καιρούς. Λέει ότι απλώς πηγαίνει μια βόλτα, αλλά είναι ξεκάθαρο ότι παίρνει πολύ σοβαρά την προπόνησή του στη ξιφομαχία και δεν φαίνεται ότι θέλει να χαλαρώσει. Περίεργοι για το τι κάνει, ο Kenshin, η Kaoru και ο Sanosuke αποφασίζουν να τον ακολουθήσουν. Ποιος είναι ακριβώς ο λόγος του Yahiko για τις κοπάνες;

Η Kaoru, ο Kenshin και ο Yahiko επισκέπτονται το Maekawa Dojo για μια προπόνηση. Το dojo είναι πολύ ζωντανό και η εκπαίδευση της Kaoru είναι καλά αποδεκτή από τους μαθητές άλλων στυλ σπαθιών. Τότε εισβάλλει ένας ξιφομάχος ονόματι Isurugi Raijuta. Λέει ότι ανησυχεί για το μέλλον της τέχνης του σπαθιού, και ο άνδρας, που κουβαλά πραγματικό σπαθί, απορρίπτει την ιδέα ενός σπαθιού από μπαμπού. Για να νικήσει τον αμφισβητία, ο Maekawa, ο κύριος του Maekawa Dojo, αντιμετωπίζει τον Raijuta, αλλά...

Ο Raijuta, που θέλει να αναβιώσει το δολοφονικό σπαθί, θεωρεί εχθρό τον Kenshin, ο οποίος αρνείται την ιδέα του. Ο Raijuta ξεκινά έναν αγώνα χρησιμοποιώντας το πραγματικό του σπαθί, αλλά ο Kenshin με ένα χτύπημα σπάει το σπαθί του Raijuta και εμποδίζει την περαιτέρω κλιμάκωση της κατάστασης. Μετά από αρκετό καιρό, ο Yutaro, ένα αγόρι που ισχυρίζεται ότι είναι μαθητευόμενος του Raijuta, φτάνει στο Kamiya Dojo. Ισχυρίζεται ότι ήρθε για να προκαλέσει τον Yahiko, με τον οποίο δεν τα πάει καλά, σε έναν αγώνα, αλλά ο τρόπος που ο Yutaro κρατά το σπαθί του από μπαμπού δεν είναι καλός...

Ο Yutaro υφίσταται έναν βαρύ τραυματισμό από το σπαθί του Raijuta, και είναι τόσο σοβαρός που δεν θα μπορέσει ποτέ ξανά να κουνήσει ένα σπαθί με αυτό το χέρι. Αν και ο Yahiko διαφωνούσε συνεχώς με τον Yutaro μέχρι τώρα, καταλάβαινε πολύ καλά τι σήμαινε για εκείνον η ξιφομαχία. Παίρνει το χέρι του Yutaro και τον οδηγεί έξω από το ιατρικό δωμάτιο, ώστε να μπορέσουν να παρακολουθήσουν την τελική μάχη μεταξύ Kenshin και Raijuta.

Βαθιά μέσα στη νύχτα σε ένα δασικό μονοπάτι, ξεκινά η μονομαχία του Kenshin και της Raijuta.

Ο Sanosuke επισκέπτεται το εστιατόριο Sukiyaki Akabeko, όπου πάντα αφήνει τον λογαριασμό του σε μια καρτέλα. Ένας από τους εργάτες του Akabeko, ο Tae, του ζητά να πάει να αγοράσει έναν πίνακα Nishiki από το κατάστημα ζωγραφικής για λογαριασμό του. Αν και ο Sanosuke δεν είχε κανένα ενδιαφέρον για πίνακες, βρίσκει έναν στο κατάστημα που του τραβάει το μάτι. Ήταν ένας πίνακας του ανθρώπου που θεωρούσε αφέντη του όταν ήταν μέλος του στρατού Sekiho, ο Captain Sagara. Με μια λάμψη στα μάτια, ο Sanosuke παίρνει το δρόμο για να συναντηθεί με τον καλλιτέχνη του πίνακα.

Ο Τσουνάν επιδιώκει να ξεκαθαρίσει τις άλυτες τύψεις της δεκαετίας του γύρω από τον στρατό Sekiho. Ο Σανοσούκε συνωμοτεί με τον Τσουνάν για μια επίθεση στο Υπουργείο Εσωτερικών. Ωστόσο, ο Kenshin τους περίμενε μέσα στο κτίριο για να τους σταματήσει. Βλέποντας τον πρώην επαναστάτη πολεμιστή να στέκεται εμπόδιο στο δρόμο τους, με τον ίδιο τρόπο που αντιμετώπισαν τους επαναστάτες πολεμιστές όταν ήταν στον στρατό Sekiho, το μαχητικό πνεύμα του Tsunan καίγεται. Ένας καταιγισμός εκρηκτικών εκτοξεύεται στο Kenshin.

Ο Kenshin και η ομάδα απολαμβάνουν λίγο τσάι μαζί. Η ομάδα ζητά από τον Kenshin να τους διασκεδάσει με μια ενδιαφέρουσα ιστορία από τα ταξίδια του, ζητώντας συγκεκριμένα «μια ιστορία που είναι ασυνήθιστη, διασκεδαστική και περιλαμβάνει την ήττα ενός κακού». Για να απαντήσει στα αιτήματά τους, ο Kenshin αποφασίζει να τους πει για κάποιον που γνώρισε όταν επισκεπτόταν έναν ξένο οικισμό στη ζωντανή πόλη της Yokohama. Ένας ξένος γιατρός ονόματι Έλντερ που φορούσε πάντα μάσκα.

Ο σημερινός Kenshin άφησε το παρελθόν του ως δολοφόνος και ευχήθηκε για έναν ειρηνικό κόσμο. Αν και η Έλντερ τον κοίταξε με μάτια μπερδεμένα, ο Κένσιν ήξερε ότι η Έλντερ μοιραζόταν επίσης την ίδια επιθυμία για μια υγιή κοινωνία και ένιωθε μια αίσθηση συντροφικότητας μαζί του. Εν τω μεταξύ, ένας άλλος γιατρός ονόματι Deian Ishizu σκόπευε να απαλλαγεί από την Elder, καθώς η Elder δεν επιζητούσε χρηματικό κέρδος σε αντάλλαγμα για τις ιατρικές της υπηρεσίες και ο Deian νόμιζε ότι αυτό διαταράσσει την επιχείρησή του. Ο Deian προσλαμβάνει τον Espiral, έναν master της δυτικής ξιφομαχίας, για να απαλλαγεί από την Elder. Ωστόσο, φαίνεται ότι ο Espiral έχει ένα εντελώς διαφορετικό κίνητρο για να αναλάβει τη δουλειά...

Ο Κένσιν βλέπει ένα όνειρο που θυμίζει τον Shinsengumi, τον οποίο αντιμετώπισε όταν ήταν επαναστάτης πολεμιστής. Οι Shinsengumi ήταν μια ομάδα ξιφομάχων με υψηλή εξειδίκευση, τους οποίους πολέμησε επί ίσοις όροις όταν ήταν ο Hitokiri Battosai. Νιώθει αναστατωμένος και σκέφτεται γιατί τους θυμάται ξαφνικά. Καθώς η ένταση συνεχίζεται, ένας μυστηριώδης άνδρας με μάτια πολύ μοναδικά επισκέπτεται το Kamiya Dojo ενώ ο Κένσιν, η Καορου και ο Γιάχικο δεν είναι σπίτι. Όταν συναντά τον Σανοσυκε, ο οποίος μόλις έτυχε να βρίσκεται στο Dojo, ισχυρίζεται ότι είναι ο Goro Fujita, ένας πωλητής φαρμάκων, αλλά...

Αφού νίκησε τον Arundo Akamatsu, ο Κέσνιν επιστρέφει στο Kamiya Dojo και βλέπει τον Hajime Saito. Ο Χατζίμε είχε συστηθεί στην Καόρου και στον Γιαχίκο ως Γκόρο Φουτζίτα, τον αστυνομικό, και τον είχαν προσκαλέσει στο Dojo χωρίς καμία υποψία. Ο Hajime επικρίνει τον Κένσιν και τους άλλους για την αφέλειά τους. Τα τελευταία δέκα χρόνια που ο Κένσιν είχε σταματήσει τις ανθρωποκτονίες, ο Hajime είχε ακονίσει την πρόθεση και τις δεξιότητές του ως δολοφόνος και τώρα η αγριότητα του Hajime στόχευε σε αυτούς.

Το άτομο που έστειλε τον Χατζίμε να αντιμετωπίσει τον Κένσιν δεν ήταν άλλος από τον Επικεφαλής του Υπουργείου Εσωτερικών, πρώην πολεμιστή του επαναστάτη του τομέα Satsuma, Toshimichi Okubo. Ζητά από τον Kenshin να πάει στο Κιότο για να σταματήσει τα μυστικά σχέδια ενός ανθρώπου που ισχυρίζεται ότι είναι ο νόμιμος διάδοχος των Hitokiri Battosai. Ωστόσο, αυτός ο άνδρας υποτίθεται ότι είχε σκοτωθεί πριν από 10 χρόνια από τους συντρόφους του στην κυβέρνηση, καθώς τον θεωρούσαν απειλή. Λαμβάνοντας αυτό το αίτημα για τη διεξαγωγή μιας δολοφονίας, ποια θα είναι η απάντηση του Κένσιν...;