11º año de la Era Meiji en el centro de Tokio. Kaoru Kamiya, el maestro en funciones del estilo 'Kamiya Kasshin-ryu', estaba persiguiendo al 'Hitokiri Battosai', quien afirmaba ser un usuario de su estilo de espada. Una noche, Kaoru conoce a un hombre que lleva una espada. Inmediatamente, cuestiona al hombre, pero él parece no tener absolutamente ninguna voluntad de pelear. '¿Es este el rumoreado Hitokiri Battosai?' Mientras Kaoru observa dudosamente, el hombre se presenta como Kenshin Himura, un 'Rurouni'.

Finalmente Kenshin accede a quedarse en el dojo de Kaoru. Un día, haciendo recados por la ciudad, conocen a un joven llamado Yahiko.

Yahiko tiene problemas con un grupo de rateros y Kenshin acude en su ayuda. Eso hará que acabe uniéndose a la escuela de Kaoru.

Llega a la ciudad un hombre con una fuerza casi sobrehumana y amante de las peleas que se gana la vida como mercenario.

Kenshin y Zanza siguen con su duelo, presentándonos el pasado del beligerante joven y el motivo de su odio hacia los patriotas.

Un asesino conocido como «Sombrero Negro» está cazando patriotas, así que el comisario pide ayuda a Kenshin para capturarlo.

Jin'e secuestra a Kaoru para forzar a Kenshin a volverse el asesino que era antaño y matarlo en su momento de máximo esplendor.

Cuando Sanosuke se lleva a Kenshin a apostar un poco, el destino quiso que se encontraran con la misteriosa Megumi.

Después de que Kenshin y Sanosuke protejan a Megumi, una casualidad hará que por fin todos conozcamos cuál es su pasado.

Takeda Kanryu sigue insistiendo en llevarse a Megumi aunque sea por la fuerza, pero es ella quien decide por voluntad propia entregarse.

Kenshin y compañía se lanzan a rescatar a Megumi, pero allí los esperan los tipos más importantes del oniwaban-shu, entre ellos Hannya y Shikijo.

El último escollo para Kenshin es Aoshi, un samurái con una fuerza y una habilidad realmente increíbles.

Kanryu está usando su ametralladora para acabar con todos los que le hagan frente, así que Kenshin deberá hacer algo si quiere salir con vida.

Yahiko últimamente desaparece y nadie sabe a qué se debe. De pronto se lo encuentran trabajando en el Akabeko y surgen más dudas aún.

Ha aparecido un hombre enorme con una fuerza equiparable a su tamaño y va destruyendo los dojos más importantes de la ciudad. Y casualmente Kenshin presencia uno de los duelos que libra.

Yutaro sigue obsesionado con vencer a Yahiko, aunque resulta que oculta un secreto muy importante sobre su dominio de la espada.

Kenshin y Raijuta van a enfrentarse después de que ese triste accidente acabara afectando a la vida de Yutaro.

Hay un artista muy famoso por la zona que parece ser que tiene algún tipo de vínculo pasado con Sanosuke.

Sanosuke decide unirse a Tsunan para iniciar el ataque contra el ministerio, pero Kenshin no está dispuesto a permitirlo.

Kenshin sigue narrando su historia desde que conoce el gran secreto de Elder.

Un viejo fantasma del pasado de Kenshin hace acto de presencia en Kioto, y no con buenas intenciones precisamente.

Después de dar un primer aviso atacando a Sanosuke, Saito vuelve a aparecer en el dojo con la intención de ver a Kenshin y saldar cuentas.

La aparición de Okubo hace que el enfrentamiento entre Kenshin y Saito se detenga abruptamente. Y entonces, Okubo le cuenta la realidad de su plan.