為追捕冒用自家流派名號的試刀殺人魔，神谷活心流的代理師父神谷薰，意外邂逅了四處漂泊的流浪漢緋村劍心。某日，向來慈祥和睦的家僕喜兵衛帶著大批人馬闖進道場，就在小薰深陷危險時，劍心突然現身搭救…

劍心遇見一名自稱「明神彌彥」的少年扒手，彌彥不願接受自己施捨的模樣，令劍心留下深刻印象。而正當劍心上街採買物資時，再次因違反廢刀令遭警察追捕。作風霸道的劍客警官隊趕來支援後，卻頻頻挑釁劍心…

不願再做偷竊勾當的彌彥慘遭幫派份子毒打，所幸劍心即時出手搭救才倖免於難。某日，神谷活心流過去的門生阿平與佐藤突然逃回道場，一問才知兩人遭惡名昭彰的幫派份子追打。然而彌彥卻發現事有蹊蹺…

劍心等人到牛肉鍋店用餐，卻無端捲入一場酒後鬧事的糾紛中。出面擊退醉客的，則是以代客打架維生的相樂左之助。然而某天左之助卻帶著自豪的武器斬馬刀向劍心下戰帖…

左之助曾待過的赤報隊遭維新政府陷害，導致赤報隊徹底瓦解。對維新政府與維新志士恨之入骨的他，便趁這個機會與劍心對決。一旁觀戰的喜兵衛則是趁劍心攻擊完的空檔，冷不防地朝他開槍…

一名武藝高強的殺人魔專挑前維新志士下手，警方無力制伏，只好找上劍心幫忙。然而人稱「黑笠」的凶徒會施展奇特術式，令在場人士動彈不得。傳奇劊子手拔刀齋的出現，也讓嗜血的「黑笠」轉移了攻擊目標…

劍心為拯救遭黑笠擄走的小薰，隻身前往指定的見面地點。而黑笠為了激怒劍心，竟對小薰施展「心之一方」。此舉也讓劍心怒不可遏，言行舉止彷彿都回到那個殺人不眨眼的劊子手拔刀齋時期…

左之助帶著劍心到鎮上的賭場小賭幾把，卻意外解救一名遭武田觀柳手下追捕的女子。這名女子不願透漏自己的來歷，只希望劍心等人充當護衛保護她。而武田也派出戰鬥能力更強大的「御庭番眾」前往逮人…

「御庭番眾」派出火術高手「火男」前往神谷道場追補高荷惠，與善打肉搏戰的左之助發生激烈搏鬥。躲在一旁的癋見眼看苗頭不對，竟趁隙朝小惠發射毒鏢，而挺身保護小惠的彌彥也因此中毒昏迷…

事發一週後，觀柳一夥人毫無動靜，無從宣洩怒氣的左之助也因此失去冷靜。此時小惠突然不告而別，只留下一封信。劍心一行人發現異狀，立刻趕往觀柳宅邸…

劍心等人闖進武田宅邸後，首先遇到的就是「御庭番眾」的拳法家般若。他那不凡的身手加上絕技「伸腕幻術」，讓劍心對戰時吃了不少苦頭。而左之助則是對上全身布滿傷痕的式尉，同為蠻力型的兩人也展開了一場激戰…

成功擊敗般若後，劍心對上「御庭番眾」的頭子四乃森蒼紫。面對這名拳法一流、善用小太刀的敵人，劍心能否突破他那銅牆鐵壁般的防禦呢…

為一舉擊垮劍心與四乃森蒼紫，武田觀柳出動了格林機關砲，朝劍心等人瘋狂地掃射。聽聞槍響連忙趕來的其他「御庭番眾」，眼見頭子陷入危機，紛紛奮不顧身地以身護主…

彌彥為了某個目的，瞞著小薰等人偷偷地來到赤別戶打零工，卻在無意間發現新店員三條燕遭人威脅。為了幫助小燕，彌彥決定不借助劍心等人的幫助，選擇獨自與敵人一戰…

某日，小薰在劍心與彌彥的陪同下到前川道場授課。不料途中突然闖進一名上門踢館的男子，指名要與前川師父比武。而這個名叫雷十太的男子，其實是為了某個目的才四處踢館…

小薰發現塚山由太郎不懂劍術，便邀他至神谷道場練劍。天賦不錯的由太郎在勤練之下，更是進步神速。然而某日，劍心等人走在夜路時卻遭雷十太從後方偷襲，雷十太的招式甚至誤傷了由太郎…

劍心雖已看穿雷十太的擅用招式「飯綱」的原理，但在右手負傷的情況下，對戰起來顯得有些吃力。所有紛爭落幕後，身心俱疲的由太郎則是在父親的安排下準備離開日本…

在一趟幫人跑腿買畫的過程中，左之助意外地與赤報隊舊識月岡克浩重逢。就在兩人聊天敘舊時，左之助也得知了克浩策劃多年的計畫…

為了幫赤報隊與相樂總三洗刷汙名，並推翻明治政府，月岡克浩帶著自製的炸彈，與左之助來到內務省。然而劍心卻彷彿知情似的，早一步出現在內務省的庭院內…

時光倒回劍心的流浪人時期…某一天他流浪到橫濱時，意外邂逅身分成謎、總是戴著面具的外籍醫師艾爾達。然而艾爾達免費行醫的舉動引來當地大夫石津泥庵的不滿，甚至企圖對他不利…

石津泥庵為了除掉艾爾達，找來西洋的劍術高手艾斯皮拉爾。然而艾斯皮拉爾遠渡重洋赴日的目的，只為與日本武士一戰。當艾斯皮拉爾碰上劍心，一場東洋武士與西洋劍士的對決就此展開…

某日，劍心等人外出返家時，發現左之助遭人打成重傷。劍心從遺留在現場的打鬥跡象和物品判斷，出手傷人的很可能就是維新志士的宿敵，前新撰組隊員齋藤一…

解決赤末後，劍心返家才赫然發現齋藤就在道場裡。過去兩人曾多次交手，但最終沒能分出高下。幕府末年的未完之戰，如今又在明治這個新時代重新點燃戰火…