Gerüchte kommen auf, dass ein Mann, der sich Hitokiri Battōsai nennt, die Bürger von Tōkyō terrorisiert. Das Mädchen Kaoru will ihn schnappen, da der Mörder den Namen ihres Dōjōs in den Dreck zieht. Unterstützt wird sie dabei von einem mysteriösen Vagabunden.

Kenshin muss sich diesmal nicht nur mit dem Taschendieb Yahiko, sondern auch mit korrupten Polizisten herumschlagen.

Kenshin eilt Yahiko zu Hilfe, als dieser von der Yakuza in die Mangel genommen wird.

Kenshin und seine Freunde treffen auf den streitlustigen Sanosuke. Als dieser von Kenshins Vergangenheit erfährt, will er sich unbedingt mit ihm duellieren.

Kenshins und Sanosukes Duell geht in die zweite Runde. Doch dann mischen sich Kihei und Gohei ein …

Ein Attentäter, der als „Kurogasa“ bekannt ist, macht Jagd auf Patrioten. Kenshin soll bei seiner Verhaftung helfen …

Jin-e hat Kaoru entführt und fordert Kenshin zum Duell heraus. Es folgt ein heftiges Duell, bei Kenshin an seine Grenzen kommt.

Die Oniwa Banshū überfällt das Dōjō, um Megumi zu entführen. Sanosuke und Kenshin stellen sich dem feuerspeienden Hyottoko. Doch im Schatten lauern noch weitere Gegner …

Megumi wird von Kanryū erpresst und so zum Mitgehen überredet. Kenshin, Sanosuke und Yahiko ziehen los, um sie zu befreien …

Kenshin und seine Freunde versuche noch immer, Megumi zu befreien. Dabei müssen sie sich wieder zwei Mitgliedern der Oniwa Banshū stellen.

Es kommt zum Showdown zwischen Aoshi und Kenshin. Doch Aoshi ist nicht umsonst der Anführer der Oniwa Banshū und zeigt seine gefürchtete Technik …

Kenshin und seine Freunde müssen sich Kanryū stellen, der sie mit seiner Gatling Gun unter Beschuss nimmt …

Kenshin und die anderen bemerken, dass Yahiko sich seltsam verhält. Er verschwindet häufig spurlos, weshalb sie ihn beschatten. Plötzlich wird Kaorus einziger Schüler in ein Verbrechen hineingezogen …

Kenshin und seine Freunde nehmen in einem befreundeten Dōjō an einem Training teil, als plötzlich ein Mann namens Raijūta den Meister zu einem Duell herausfordert …

Yutarō fängt an, bei Kaoru zu trainieren. Er will jedoch weiterhin für seinen Meister Raijūta da sein, den er über alles bewundert …

Yutarō erfährt, dass er niemals wieder mit dem Schwert kämpfen kann. Kenshin kehrt zu Raijūta zurück, um sich diesem in einem finalen Duell zu stellen.

Sanosuke soll für Tae Farbholzschnitte kaufen. Dabei stellt sich heraus, dass er den Künstler von der Sekihōtai kennt …

Kenshin stellt sich Sanosuke und Tsunan in den Weg, die ein Ministerium in die Luft jagen wollen.

Kenshin erinnert sich an eine Geschichte aus Yokohama zurück, als er einem Arzt geholfen hat …

Espiral fordert Kenshin zum Duell heraus. Währenddessen plant Ishizu, die Pocken in Yokohama zu verbreiten.

Kenshin erinnert sich daran zurück, wie er gegen die Shinsengumi gekämpft hat. Nun scheint ihn diese Vergangenheit einzuholen …

Saitō hat sich zum Kamija-Dōjō begeben, während Kenshin von Akamatsu aufgehalten wird. Kommt dieser noch rechtzeitig zurück, um seine Freunde vor der drohenden Gefahr zu retten?

Der Innenminister Ōkubo versucht Kenshin zu überreden, den Attentäter Shishio in Kyōto zu ermorden. Er gibt ihm bis zum 14. Mai Zeit, sich dies zu überlegen. An diesem Tag kommt es jedoch zu einem anderen historischen Anschlag …