ロイヤルワンダープラネットにある、ロイヤルワンダー学園に入学することになったファインとレイン。道中、上級生のノーチェと知り合いになる。学校星に到着すると、早速友達を増やそうとあれやこれや試みるが、周囲の冷たい態度に学校が思っていたような楽しいところではなさそうなことを感じる二人。一方、入学式ではソレイユベルに手を触れる儀式が執り行われていた。このベルを鳴らすことができたものこそ「ユニバーサルプリンセス」の資格者であるということで、セレブ星のプリンセス・エリザベータは自分こそそのプリンセスだといわんばかりの振る舞い。ところが、そんな入学式を邪魔するものが現れて…

ソレイユベルに触れ、ユニバーサルプリンセスの力を得たファインとレイン。周囲の賞賛とは裏腹に、教頭先生はその証であるベルチャームと天使を取り上げてしまう。それだけではなく、友達と仲良くすることを禁じられた上に、数え切れない校則が生徒をがんじがらめにしていることを知ったファインとレインは気を取り直して、入学よろしくパーティを開こうとするのだが、またしてもエリザベータ一派が先回りしていた。

いよいよ学園生活がスタートした。ファインとレインは同じクラス。担任はタンバ・リン先生だ。授業はグループで行われるという。すると、ファインとレインを熱心に見つめる一人の女子学生が。名前はレモン、ナニワン星のプリンセスでお笑いに命をかけている。ファインとレインにお笑いの才能を見出したレモンは、二人を相方にして、漫才を試みるのだがなかなかうまく行かない。レモンはどうやら、兄メロンとのことでトラウマを抱えているらしいのだが‥

ふたりの天使、ピュピュとキュキュはいたずらばかり、授業妨害をしてはファインとレインは減点されまくっていく。このままではあっという間に－１００ポイントになって退学になってしまう。おまけに授業中に魔法を使ったら、－５ポイントという新たな校則も追加になり、崖っぷちのふたり。起死回生を目指して、午後の授業に挑むのだが、思わぬトラブルに巻き込まれ…

成績優秀な生徒が「学園ニュース」として全宇宙に紹介されていることを知ったふたご。生徒会副会長のトーマはふたごの仲を裂こうと、レインをキャスターに抜擢する。ところがレインはファインと「学園仲良し計画」のためにホットな話題を探して一生懸命だ。乱暴モノといわれているファンゴが鳥の巣を大切にしているのを見て、ニュースに取り上げようとするが、それを快く思わないトーマはその木を切ってしまうように画策する。

レインが学園ニュースに忙しくなってしまったため、自分も何かやろうとクラブ活動を見学して回るファイン。すると科学部の部室で部員たちがもめている現場に遭遇する。部員がそれぞれの実験をやりたがって辞めてしまったということを聞いたファインは部長の実験を手伝うことに。ところが、その実験とはおならを使ったものだった。

今日の授業は街へ出て、街の人たちの仕事を手伝ってレポートを作ること。ファインとレインは見つけたケーキ屋は昔は生徒の笑い声が絶える事がなかったという。ところが、学校が競争第一に変わってしまってからは生徒も来なくなってしまった。また生徒たちの明るい笑い声を取り戻したいと、新作のスイーツ作りに燃える店主を手伝うファインとレインだが、天使たちのいたずらに遂に天使を叱ってしまう。

入学してから、ブライトとシェイドは学園の人気者になっていた。ソロは自分も鍛えて立派な人間になりたいとブライトと同じフェンシング部に入部を申し出る。ところが、笑われるばかりで全く相手にしてもらえない。ファインとレインも手伝って猛特訓に励むのだが、天使が邪魔したりして、イマイチうまく行かない。落ち込みかけるソロ。すると、その特訓の様子を影から見つめる人物がいた。

エリザベータの一言で、牧場星に遠足に行くことになった一同。タンバ・リン先生は何とか生徒に楽しい思い出を作ってあげたいと必死だが、逆にそれが裏目に出てふたごはガンガン減点されていってしまう。気を取り直して、渡りペガサスを見に行くことにした一同だが、トーマの放った使い魔で牧場はパニックに陥り、壊れたフェンスを突破して猛獣が入り込んでしまう。

リオーネは幼馴染のメルバに再会する。ところが、授業中のトラブルが原因で優しくて明るい彼女は人との接触を避けるようになってしまっていた。心配するリオーネにもふたご姫の友達攻撃にも心を開いてくれないメルバ。ところが、メルバが内緒で世話していたワンダードラゴンが風邪を引いてしまう。メルバを助けてリオーネとふたご姫は寮へドラゴンを運ぶための作戦を開始する。

男勝りでスポーツ大好きなカロリは、相棒のタウリを好きだということに気がつく。そこでふたごに頼んでデコール作りを教えてもらう。早速ミサンガをタウリに渡そうとするのだが、タウリは全く理解せず、蹴ったボールでミサンガが池に落ちてしまう。泣きながら走り去っていくカロリに、ようやくタウリも状況が分かって‥

宇宙教育委員がファインとレインを視察にくることになり、教頭はいいところを見せようと大慌てだ。急遽ふたごだけテーブルマナーの特別授業を行うことになるのだが、タンバ・リン先生が夏風邪で倒れてしまう。代わりに隣のクラスのバン・ジョー先生が授業を受け持つことになるが、失敗続きのふたごに悶絶した教頭先生はバン・ジョー先生を呼び出すのだが‥

夏風邪が大流行し、学校は休校になってしまった。ファインとレインは風邪のみんなを励まそうとあれこれ考え始める。バラ園の片隅でハーブを作っていたシェイドはファインの話を聞き、ハーブを調合してくれる。大喜びのファイン、早速スープに入れようと持って行くのだが、ちょっと目を離したすきに天使たちがハーブの瓶をぶちまけてしまう。大激怒したファインはピュピュを叱りつけ、ピュピュは泣きながら寮を飛び出すのだが‥

学校に旧校舎があることを知ったファインとレイン。いつも襲ってくる不気味なものがここからやってくるのではと、同級生でオカルトクラブのローズマリーと旧校舎の探検に出かける。旧校舎にはなぜかトーマもおり、一緒に回ることにした一同。心霊スポットといわれているところで、必至に悪霊を呼び出そうとするローズマリー。怖くてたまらないファインはつい逃げ出してしまう。すると「開かずの扉」といわれている扉の前にたどりついてしまったファインとレイン。焦るトーマは使い魔を放つ。

からくも秘密を守りきったトーマ。このままでは絵の存在がバレてしまうと、いっきにファインとレインを切り崩す作戦に出た。友だち仲良し計画の役に立ちたいと、自分の過去の経験を演劇にして見せること協力するトーマ。喜んだファインとレインは、シフォンやエリザベータなど希望者を募り、演劇上演に向けて練習を始める。急に積極的になったトーマをシェイドは怪しむのだが‥。

演劇の練習も大詰めだ。ふたごの笑顔の演技に笑いなど起こって、いつの間にか和んでいる自分に驚くトーマだったが、そんなことは必要ないと本番で勝手に筋書きを変えて舞台を進行させてしまう。驚いたふたごはトーマの元へ駆けつけようとするのだが、使い魔が邪魔をして‥

学園を去っていったトーマ、残された言葉が気になりつつも夏休みで浮かれるふたごたち。ところが、学園の成績が下がりっぱなしだということでヤヤンが周囲の反対をよそにテストをすると言い出す。焦りながらも楽しく勉強を教えあうふたごたちだったが、そうはさせまいとヤヤンが出してきたテスト内容なとんでもないものだった。人が変わった様子のヤヤンをいぶかしむララウだったが、ますますテストはエスカレートして‥。

夏休みになり、生徒はみな地元の星に帰ってしまった。アルテッサは帰省が遅れたことで落ち込んでしまう。何とかアルテッサを元気にしたいと、キャンプに行くことにしたふたごたち。アウラーはアルテッサを元気付けようと人一倍気を遣いまくるが、何故か肝心なところで失敗ばかりしてしまう。そこへまたしても使い魔が現れて‥

ふしぎ星へ里帰りしたふたごたち。何故かエリザベータとファンゴも一緒だ。母親と積もる話をするうちに、ファインとレインは母親が思い出の品をネックレスにして大事に持っていてくれたことを知る。ところが、エドワルドに取り憑かれたエリザベータはそのネックレスを捨ててしまう。そこにはゴミ収集車がいて‥

暑がるエリザベータのために、かざぐるまの国に遊びに行ったふたご姫。ブライトたちの気球レースなどを観戦してひと時を過ごす。ところがエドワルドはソフィーに取り憑いて、かざぐるまにヒーターを取り付け暑くしてやろうと画策する。機械を調達するためにブライトに色々と相談を持ちかけるソフィーを見たレインは、ブライトとソフィーがイイ感じなんだと誤解してしまう。

ふしぎ星に来てからもなかなか打ち解けないファンゴを笑顔にするために、リゾパラタウンにやってきたふたご姫たち。リオーネやティオも参加して一緒に遊ぶのだが、リオーネに取り憑いたエドワルドが邪魔してファンゴがひどい目に合ってしまう。何も知らないふたご姫たちはファンゴを楽しませようと必至になるのだが‥

ふしぎ星から帰ってきた一同。楽しかった夏休みの思い出を語り合ううちに、ふたご姫は宿題をやっていないことに気がつく。慌てて宿題にとりかかるが、エドワルドが同級生に取り付いて邪魔をしようとする。ところが作戦は中々うまく行かない。頭にきたエドワルドは最後の手段と、あるものに取り付くのだが‥

エドワルドの作戦にはまり、大量減点を食らってしまったふたご姫。明日の始業式までになんとか挽回しなければ退学になってしまう。学校の名誉になることをやれば大幅ポイントアップが期待できると聞いて、早速街に出たふたご姫だったが、またしてもエドワルドが邪魔をして‥

ファインは偶然であったトロワに運動神経を見込まれて、伝統あるダンスコンテストに出場することに。今年こそはと優勝を狙うトロワ。そのためには必殺技がなければと、プリバウワーの猛特訓を開始する。勢いに圧倒されながらも練習を続けるファイン。しかし、邪魔してやろうとするエドワルドがふたりの目の前に現れて‥

コンテストを楽しみにしているふたご姫のところへコンテストを妨害するというナゾの犯行声明文が届けられる。レインはコンテストに出場するファインに心配をかけさせまいと一人で会場を守る決意をする。コンテストが始まると、次々と事件が起こりだす。何とか妨害を阻止するレインだったが‥

怖い夢を見て泣き出してしまった天使たち。天使をあやしながらも、その成長ぶりに心が熱くなるふたご姫は、出会ってちょうど半年の記念に天使たちのハーフバースデイパーティを計画する。ところが、パーティ準備を待つ間、遊んでいた天使たちはある場所に入り込んでしまう。そこにはとても怖いものがいて‥

エドワルドによって天使たちが閉じ込められてしまった。遂に姿を現し学園に君臨するエドワルドに変身できないふたご姫はなすすべがない。エドワルドはふたご姫に学園から去るように命令し、生徒たちにも仲良くすることを禁止する。悩んだふたご姫は遂にある決心をする。

エドワルドの脅威も去り、再び学園に平和が訪れた。しかし、悪の優等生ビビンが卒業試験としてハッピーを吸って育つアンハッピーフルーツの収穫を目的にやってきた。ビビンはレモンのネタ帳に目をつけそこに種を植え付ける。お笑いライブをやろうとしていたレモンはギャグが受けなくなり‥

学園ハッピー計画を打ち立てたファインとレイン。レインは早速学園ほのぼのニュースで、生徒のお悩みコーナーを作る。しかし、来るものはどれもくだらない内容ばかり。ところが、ラブレターの差出人が分からず困っているという相談を見つけたレインは、張り切って差出人探しを始めるのだが‥

１度ならず2度までもふたご姫に邪魔をされたビビンは、自分にも手下が必要だと魔法でエドワルドを蘇らせてしまう。ところが、生まれ変わった姿は以前と違っていて‥。元の姿に戻りたいエドワルドはしぶしぶビビンに従うのだが‥

恋の願いがかなうと言われているハッピーパークの泉の砂を手に入れてウキウキのレイン。ブライトから買い物に誘われて、早速効果が出たとすっかり舞い上がってしまう。一方ファインはカロリとタウリのデートに付き添うのだが、カロリの様子がおかしくなり‥

ファインが楽しみにしていたおやつを全部食べてしまった天使たち。作り直そうにも材料がない。そこで、天使たちは自分たちで材料を買いに行くことに。心配でたまらないレインとファインはこっそり後をつけることに。ところが、行く先々でビビンの甘い罠が待ち構えていた。

ある日の放課後、耳をつんざくようなバン・ジョー先生の悲鳴がこだまする。昼寝をしている間に大切な腕時計がなくなってしまったというのだ。しかも部屋には鍵がかかっていたというのだ。ふたご姫は探偵に扮してこの密室事件のナゾに挑む。

フウコウメイビ星に修学旅行に行くことになった一同。なんとビビンもこっそり後をつけてきていたのだ。そんなことも知らない一同は宿泊先のホテルでトーマと再会する。村人たちとホテル運営を切り盛りしているというトーマは一生懸命なあまり倒れてしまう。

トーマに名所を案内してもらうふたご姫とシフォン。すると、石が動いたり食事ができなかったり不思議なことばかり起きてしまう。実はいつものようにビビンが邪魔していたのだが、本当は一緒に観光したいんじゃないの？と突っ込まれて、何故か焦ってしまうビビン。そして星の中でもトーマが好きだという森を訪れたふたご姫たち。その素晴らしさに感動する間もなく事件が起こる。

エリザベータを凌ぐ超セレブな男、ヒルズが花嫁探しにやってくるという。豪華な移動宮殿で現れたヒルズは、早速プリンセスパーティにみんなを招待する。ヒルズは一番上手に自分を褒めてくれた人を花嫁にしたいという。そんなヒルズに違和感を感じる一同。そこへ、ビビンが乱入！他の生徒を押しのけ、自分が選ばれようとするが‥

寒空の下、一人パフェを食べているビビン。そんなビビンを見て、本当は友だちになりたいんじゃないかと考えるふたご姫。そこでお茶会を開いてビビンを招待することに。ふたご姫はエドチンに招待状を渡すのだが、エドチンはそれを捨ててしまう。自分が招かれていることを知らないビビンは、お茶会をめちゃくちゃにしようと画策して‥

クリスマスパーティ向けて楽しいダンス曲を頼まれたノーチェ。ところが、考えれば考えるほど緊張して曲が作れなくなってしまう。困ったノーチェはハッピーな気持ちになれば、曲ができるはずと、ファインと一緒にみんながどんなときがハッピーなのか聞いて実践してみることに。すると出てきた答えはとても過酷で‥

クリスマスムード一色の街で、ビビンはふたご姫をこらしめようとニセのクリスマスパーティに招待する。喜んで訊ねてきたふたご姫は次々とひどい目に合わされるが、全く意に介さないどころか、クリスマスをよく知らないというビビンのために街に繰り出すことになった。イルミネーションの輝きに目的を忘れてその美しさに見とれるビビン。ところが‥。

エリザベータ主催のカートレースが行われた。山あり谷ありの特設コースに、優勝者はお年玉がもらえるとあって出場者はやるき満々。いよいよレーススタート！ところが、選手の中にはビビンが混じっていて、今回は正々堂々とレースをすると言い出す。ビビンの行動が気に入らないエドチンは何とかみんなを遅らせようと企てるのだが‥

ある日、ピュピュの様子がおかしいことに気がついた一同。なんと、ピュピュが恋をしてしまった!?早速恋の相手を探すことにした一同だが、思いがけない相手にみんなびっくりしてしまう。ピュピュは自分の気持ちを何とか伝えようと、ビビンたちの誘いに乗ってしまう。

学園にノーチェのパパがやってきた！おろおろのノーチェに構わず、パパはいきなりファインにサッカーでノーチェが勝ったら嫁になれと試合を申し込んできた。運動が大得意のファインに、ノーチェが勝つ秘策はないかとパパが探しているところに、ビビンがブラックアクセサリーの話を持ちかけて‥

マーチは減点がちっともなくならないことに悩んでいた。すると、校則違反者が見える眼鏡を手渡されたマーチ。生き返ったように減点をしまくるマーチのお陰で、生徒たちは学校でも寮でも気が休まらない。教頭先生はそんなマーチに校則を追加する権限を与えるのだが‥

ある日学園に、ファンゴの弟・フィンゴが兄ちゃん勝負しろとやってきた。ところが、全く相手にしないファンゴ。フィンゴの事情を聞いたふたご姫たちはファンゴに弟と話合うように説得するのだが、そうこうしているうちにフィンゴがブラックアクセサリーの力で暴走、街で大暴れしてしまう。

チョコを渡すと相手の気持ちがわかることを小耳に挟んだエリザベータは、高価なセレブチョコでなく自分の手作りチョコをファンゴに渡そうと寮の台所で必至にチョコを作るのだが、全然うまくできない。エリザベータがあきらめかけたとき、不思議なアイテムを手渡され‥

ファンゴをお茶会に招待したいと張り切るエリザベータに反対したせいで、シャシャとカーラはエリザベータから頼りにされなくなってしまう。落ち込むシャシャとカーラを慰めるファインだが、ふたりは自分たちがどうしてエリザベータと一緒にいるのかを話始める。一方エリザベータのお茶会の準備を影からサポートするレインはそのめちゃくちゃぶり手を焼くのだが‥。

名門といわれている学園のフェンシング部に3人の道場破りが現れる。あっさり負けてしまう部員たち。ブライトは3日後に再戦を申し込むのだが、敗北にショックを受けた部長はなかなか立ち直ることができない。自分たちの努力は無駄なんだと、剣を捨ててしまう。思い悩んだブライトはある秘策を思いつく。

クレソンさんの育てた花がもうすぐ咲きそうだ。ところが、これに目をつけたビビンたちが無残に花壇を荒らしてしまう。ガッカリの一同。特にクレソンさんの留守の間、花壇の管理を任されていたシェイドはショックが大きい。自分の責任だと、一人黙々と花壇の修復を始めるシェイド。そんな様子を見かねた一同はシェイドを手伝うことにするのだが‥。

ブラック学園長がついに直接学園に現れた。今までの非礼を詫び、ロイヤルワンダー学園と姉妹校になりたいと申し出る学園長。みんなはやっとビビンとなかよしになれると大喜び。早速パーティを開くことに。楽しく準備を進める一同だったが、学園長とビビンには本当の目的があったのだ。遂に、ふたご姫とビビンの最後の攻防が繰り広げられる。

ブラック学園長が元の優しさを取り戻し、ビビンと友だちになれたと喜んだ瞬間、突如学園上空にブラック星が現れた。星全体に取り付いたブラッククリスタルキングは学園の講堂を乗っ取り、生徒や先生を次々と飲み込んでいく。

みんなの身代わりとなってブラッククリスタルに取り込まれてしまったふたご姫。ふたご姫は内部でキングの弱点を探ろうと必死だが、ふたりのハッピーはどんどん吸い取られていってしまう。絶対絶命のピンチ！と、そこにおひさまの国が現れる。ビビンとエドちんはこのことをふたご姫に伝えようと、ブラッククリスタルキングの内部に潜入を試みる。

おひさまの国とふたご姫のダブル攻撃に怒ったブラッククリスタルキングは、プリンセス・スワンの絵を使ってふたご姫たちに攻撃をしかけてきた。ふたご姫は捕まってしまい、どんどんハッピーを吸い取られていく。プロミネンスのエネルギーもなくなり、希望を失いかけた一同が出した結論とは？物語は遂に感動のクライマックスへ！