Tokyo, periodo del miracolo economico giapponese. Il giovane studente Lupin va a divertirsi in un night club dove ritrova il compagno di classe Jigen Daisuke, il quale non lo degna di attenzioni. Però, per puro caso, i due vengono coinvolti nell'incidente che riguarda la cantante del club, Yoko, e decidono di salvarla dal pericolo.

Un giorno, durante l'intervallo, Lupin vuole giocare con Jigen e lo sfida a una gara a chi riesce a prendere il pane alla yakisoba allo spaccio della scuola. Però Jigen, che non ha intenzione di assecondarlo, rifiuta l'invito di Lupin. Nel mentre, Jigen ha ricevuto un'improvvisa richiesta di lavoro. Dovrà fare da guardia a un tesoro trasportato via treno al posto di suo padre.

Dopo essere stato alla villa di Lupin I, Shinobu inizia a tenere sotto stretta sorveglianza Lupin che vuole uscire a divertirsi. Non potendo uscire di casa in tranquillità, Lupin si fa venire un'idea geniale: costruire una basa segreta nell'istituto con l'aiuto di Jigen. Tuttavia, le idee geniali di Lupin sono troppo assurde e la costruzione del covo va incontro a difficoltà sempre più grandi.

Lupin compra un regalo di Natale per Yoko, ma scopre che la donna ha lasciato il night club. Preoccupato, Lupin va a trovarla nel suo appartamento, ma incontra un uomo tatuato avvolto da un'aura fuori dal comune. Nel mentre, a Okinawa viene rubata un'arma dalla base dell'esercito americano. Il colpevole è il padre di Lupin, Lupin II.

Manca poco prima che venga aperto il fuoco con il cannone atomico. Il rivoluzionario Gaucho riceve la prima lettera di sfida di "Lupin III". Lupin, che ha deciso quale strada intraprendere, affronta Gaucho insieme al suo compagno Jigen. Mentre il fuoco del cannone riecheggia per il cielo notturno di Tokyo, il giovane fa il suo primo passo per diventare un grande ladro.