在怪獸災禍頻傳的地球，甚至出現了50公尺級的宇宙怪獸。為了阻止怪獸的侵襲，由比留間弦人帶領的特殊部隊卻面臨生死存亡的危機。

為了救出部下，弦人單身一人犯險，這時他手臂上出現了布雷薩手環。在光的引導下，此刻他將變身為超人力霸王！

成功擊退巴贊甲的弦人，被司令部參謀長榛野烈任命為新成立的特殊怪獸對應分遣隊「SKaRD」的隊長。弦人受命後即刻前往與隊員會面。惠美、輝明、杏梨…見到的每位隊員都很有個人特色。

就在此時，部隊接獲基多斯出現的消息。儘管人員和裝備還未就緒，SKaRD的首次任務即將展開…。

隨著新戰力阿斯加隆的研發成功，新成員泰信加入了SKaRD，全員終於到齊，開始為對抗怪獸進行戰鬥訓練。就在這時，世界各國接連發生了一個奇怪的現象，那就是儲存能源的儲存槽在一夜之間變空了…。SKaRD認為這是由怪獸引起的，於是以充分準備將開發已久的阿斯加隆投入了戰場。

三個月前突然出現的怪獸利維拉，唯一對付它的方法，是使用大型化學公司諾維奧開發的新型殺菌劑『FK1』暫時驅散它。然而這個神秘的怪獸和諾維奧公司之間卻存在著奇妙的關聯…。

為了揭開真相，惠美化名潛入諾維奧公司社長曾根崎身邊調查。

杏梨的故鄉正在舉行新型軌道砲『巨霆砲』的演習。杏梨在那裡意外地再次遇見了她的童年玩伴瑞穗。由於巨霆砲的設置工程移除了當地的石龕，瑞穗主張應該停止演習，她認為這將會喚醒當地的守護神土留午。但杏梨並不相信她說的話。

然而在演習過程中，突然發生了大地震……？！

泰信經常向投幣式洗衣店的洗衣烘乾機『庫魯魯』抱怨自己的日常生活。有一天卡南星人哈比卻突然出現在洗衣店。哈比擁有用『極光光線』操控機器的能力，是最近頻繁引發車輛和飛機暴衝事故的幕後黑手。更糟糕的是，哈比已經讓阿斯加隆照射了極光光線！當泰信得知這一點，他將採取什麼行動呢？

日本各地開始出現被認為是降雨前兆的『倒掛彩虹』。弦人懷疑這與怪獸有關，於是他找到了怪獸研究的權威，也是他的恩師橫峰教授。橫峰教授告訴他關於虹蛇神的傳說，那是一種相當於神明的存在，有時會帶來滋潤大地的雨水，有時則變身為兇暴的神，奪走地上一切的東西。

就在此時，弦人接到了巨大怪獸出現的消息。

虹蛇神製造出的強大颱風，即將造成文明清洗。為了打敗虹蛇神，弦人決定將阿斯加隆的新裝備Mod2裝置投入實戰。輝明則前往說服他一直以來十分尊敬的，也是這次的首謀者横峰教授。

杏梨收到了一封信，信中有一張她過去透過音樂結交的朋友筑土芳一他們樂團的演出門票。就在此時，一顆從宇宙飛來的隕石中，跳出了機器怪獸嘎啦蒙。杏梨發現嘎啦蒙的行動是受到神秘音波的控制，而那音波讓她想起了一件事…。

在兒子小純的希望下，比留間一家前往觀看剛出土的神秘蛋，並目睹了迪瑪伽寶寶誕生的一刻。在防衛隊進行捕捉的過程裡，迪瑪伽現身了。防衛隊於是開始集中砲火攻擊朝自己的寶寶前進怪獸。

在疏散避難的路上，弦人以複雜的心情望著挺身保護寶寶的迪瑪伽，此時他的左手突然出現了布雷薩手環。

布雷薩在和迪瑪伽的戰鬥中所採取的詭異行動，令弦人對於自己身體內潛藏的另一個意識深感困惑。就在此時，又有隕石從宇宙飛來。隕石閃開防衛隊的攔截後降落地球，變身成為怪獸奇波魯加。阿斯加隆在戰鬥中一度取得優勢，但奇波魯加卻隱藏著一項驚人的能力。

在奇波魯加引起的網絡污染不斷擴大的情況下，SKaRD制定了新的作戰計劃。弦人在與奇波魯加的戰鬥中，再次感受到布雷薩的行動與自己的意志相左，開始對布雷薩失去信任，於是這次他在出發作戰前，將布雷薩輝石收進了自己在隊上的置物櫃裡。

接下來，SKaRD聯合了開發部及特殊部隊，展開了一項大規模作戰。

杏梨留在SKaRD的作戰指揮所，整理至今為止的戰鬥記錄資料。她分別和泰信及惠美回憶起與怪獸的幾場交戰，最後話題討論到宇宙怪獸都有的一個共通點。

另一方面，輝明則問起弦人對布雷薩有何看法。

以9馬赫的高速在空中飛翔，恣意破壞城市的怪獸德爾坦達爾。由於怪獸的飛速超過了阿斯加隆，使得SKaRD無法捉到牠。在此同時，惠美循著巴贊甲和奇波魯加等宇宙怪獸的資訊，找到了防衛隊的機密情報『V99』。這是一份和過去進行的某項實驗密切相關的情報。

弦人的兒子小純有一位與眾不同的同學新太。某一天，新太帶小純參觀他的秘密基地，受到新太對畫怪獸的滿腔熱情和他自由自在的作風影響，小純逐漸打開了心扉。小純畫的怪獸，被新太取名為卡瓦頓。夜幕降臨，一片怪異的光線灑在秘密基地的上空，卡瓦頓的畫開始有了生命。

在某一個事件中，所有望進大洞的人都陷入了混亂狀態。在調查過程裡，輝明、杏梨和泰信也都成了這個事件的受害者。惠美獨自搭乘阿斯加隆，與AI對話系統「EGOISS」一同挑戰怪獸莫古瓊。

接連發生了過去遭到擊退的怪獸竟然穿越人和物體四處徘徊的事件。而且每次現場都會出現一位神秘的男子，用一把大劍消滅那些怪獸。為了找出原因，弦人前往怪獸可能出現的地點預先進行調查，結果遇到了那名神秘男子——宇宙武士贊基爾。贊基爾表示他想和弦人對話，弦人則從他那裡得知了一項秘密…

衝破地面而出的怪獸，伊陸葛。從它口中噴出的氣體正逐步侵蝕著人體。司令部命令SKaRD停止繼續調查伊陸葛，靜待後續命令。惠美認為這可能意味著第三波的開始，決定獨自前往第66實驗基地進行調查。在此同時，防衛隊正在計劃使用自走型雷射砲來切斷伊陸葛。

出現了多隻之前擊敗的伊陸葛。當防衛隊正在進行調查的時候，突然從地下冒出了一隻比阿斯加隆還要巨大的怪獸。惠美和她父親過去的研究伙伴西崎取得了聯繫，從西崎口中得知了三年前爆炸意外的真相。惠美獨自前往第66實驗基地，她在那裡見到了…

輝明聽到父親倒下的消息後，急忙趕回老家，但發現那只是父親希望他回來的謊言。父親希望他退出防衛隊，但輝明的內心與父親之間的裂縫未能修復。與此同時，一種不合季節的奇怪蟲鳴聲在鎮上響起。

在鎮上，農田的土質在一個月前開始改變，導致作物枯萎。輝明和他的父親巡邏時，在山裡發現了一個奇怪的洞穴…

泰信坐在駕駛座，杏梨坐在機長席。阿斯加隆Mod.3的第五次飛行實驗開始了。然而，在最高速度達到9馬赫的空戰機動中，泰信因無法承受重力加速度而失去了意識，無法繼續駕駛Mod.3。

就在此時，巨大的德爾坦達爾出現了，阿斯加隆於是由杏梨和小阿負責操作出擊。

在日本怪獸損害保険公司工作的平凡上班族哲男，生平無大志，每天過著百無聊賴的日子。然而在一次保險業務拜訪中，與房東道子的交流讓他開始找到生活的意義。就在這時，中部山嶽裂開，紅王與基加斯現身。哲男為了找到住在怪獸橫行的城鎮裡的道子，奔向她所在之處…

世界各地頻頻出現怪獸，令SKaRD疲於奔命。弦人也屢次變身為布雷薩參戰，但持續過度使用自己的身體，也漸漸剝奪了他的生命力。

塔加努拉出現在大洗，阿斯加隆隨即出動。但同時間在美國內華達州也出現了塔加努拉，布雷薩只好前往擊退怪獸，並揭露了塔加努拉驚人的生態。

抵達月球的瓦拉隆開始陸續設置炸彈。這樣下去將會改變月球的軌道，地球則會面臨最糟糕的結局。司令部命令SKaRD搭載阿斯加隆Mod.4前往月球消滅瓦拉隆。在太空中的生死戰鬥即將展開。

布雷薩和SKaRD在月球上與瓦拉隆的戰鬥中敗北，而惠美則被土橋抓到了。在此絕境之中，瓦拉隆終於墜落到地球。這時突然出現大批神秘使者。SKaRD和阿斯加隆奮戰的結果將如何？惠美追查到的真相又是什麼？弦人和布雷薩能否守護地球？