遙遠的異世界——為了拯救世界，被稱作「災厄殲滅者」的英雄夏古魯亞出發前往討伐絕代的死靈使「屍神殿」。一番激烈的戰鬥過後，在夏古魯亞上前確認是否打倒了屍神殿時，魔法發動，四周被光芒籠罩。那一瞬間，他的靈魂從遙遠的異世界轉移到了現代的新宿，在名為「四乃山波爾卡」的少年體內甦醒過來。他拖著喉嚨被割斷，不久前剛剛遭到殺害的身體徘徊在新宿的街頭，隨後被某名少女救了下來。在和這名自稱「崎宮美咲」的少女對峙的時候，波爾卡的記憶逐漸復甦。將四乃山波爾卡殺害的正是眼前這名少女「崎宮美咲」。為了再次了結波爾卡的性命，少女向他發動了襲擊。

死靈使「屍神殿」為尋求平穩的生活而轉生到現代的新宿。轉生至波爾卡體內的他在試圖擊退襲擊自己的少女「崎宮美咲」時失手殺掉了她，而這一幕恰巧被「情報販子·繰屋匠」的無人機給拍了下來，在接到他的消息後「仲介屋·克拉麗莎」找到了波爾卡。那時她們看到了波爾卡試圖使用魔術「修復」本已喪命的美咲的身體。克拉麗莎的部下們因為這預料之外的景象而感到無比困惑，紛紛舉槍對準了波爾卡。在衝突一觸即發的緊張氛圍當中，突然響起一陣警笛聲。得知孩子們被捲入火災當中，波爾卡為了救出他們朝發生火災的大樓飛奔而去。

波爾卡在「拷問大樓」裡住了下來，並和成為同伴的繰屋匠以及崎宮美咲一起開始摸索如何才能安穩度日。有個想要委託「殺手獵人」美咲工作的男人造訪了大樓。男人說他希望委託美咲處理掉她在過去抹殺的殺手陣場的同伴們，然而，這卻是陣場的同伴們設下的陷阱。美咲遭受到事先埋伏在那裡的男人們突如其來的襲擊。雖然她輕鬆化解掉了襲擊，但卻被委託她這項工作的男人從背後開槍射穿了身體……另一方面，為了調查波爾卡所引發的異常事件，新宿警察局生活安全科第三資料編輯係——通稱「三輯」的刑警們開始採取行動。

難以公開，即便公開也只會讓人認為是天方夜譚的奇怪犯罪——新宿警察局生活安全科第三資料編輯係，通稱「三輯」專門負責處理這種事件。以係長「岩野目椿」為首的三輯成員們將這類犯罪者稱呼為「災厄」，並持續對尚未解決的事件進行追查。在三輯的搜查物件名簿上新添一筆的，正是在火災現場出現的白骨以及「打結」在一起的男人們——這起由波爾卡引發的事件。三輯的刑警「荒瀨耿三郎」遇到了波爾卡和美咲，並看出美咲是「打結」事件的相關人員。另一方面，對克拉麗莎起疑的岩野目在酒吧「天桃孤狼」對她展開追問。與此同時，波爾卡和美咲來到了酒吧。

黑暗中，波爾卡一行人與旅鼠軍團展開對峙。旅鼠軍團試圖帶走美咲，但波爾卡因為怕被岩野目他們看到自身施展魔術，以及和旅鼠軍團進行對決會使安穩的生活漸行漸遠而猶豫不決，導致他未能及時出手。然而原本抱定主意拋棄美咲逃走的波爾卡卻對試圖逃離的旅鼠軍團施展魔術，奪回了美咲。擊退旅鼠軍團的波爾卡意識到為了獲得安穩的生活，力量是不可或缺的，他讓5年前死掉的「細呂木」的靈魂依附在自動鉛筆上，決心與他一道開展占卜的工作。「四乃山華月」和「四乃山紫月」這對雙胞胎姐弟在匠和細呂木的幫助下，順風順水地找到了賺取了不少錢財的占卜屋。

波爾卡和美咲結伴造訪了四乃山家，見到了以「四乃山尊」為首的親屬們。雖然波爾卡的父親四乃山呂算看穿了波爾卡不是他兒子本人，並進行了一連串的追問，但他卻在察覺到危險逐漸逼近華月與紫月時前去救出她們。兩年前，在親戚五郎的指示下殺害兩人的姐姐「四乃山涼火」的「赴火之蟲」，這次盯上了雙胞胎姐弟的性命。當華月與紫月被火焰逼得走投無路時，美咲和波爾卡將他們救了出來。赴火之蟲遭到員警逮捕，在他乘坐的警車車頂上，被人用火焰刻下了文字。那是「真正的」赴火之蟲在現場留下的資訊。感到恐懼的「假」赴火之蟲的身體則逐漸被火焰吞噬。

波爾卡向呂算挑明自己是從異世界轉生而來的人類，隨後離開了四乃山家。岩野目和荒瀨來到東京拘留所提審「災厄」裡的其中一名愉快犯「怪人雪天鴉」。雪天鴉識破在大樓縱火的犯人是假冒的赴火之蟲，他在聽說真正的赴火之蟲已經現身後，當著岩野目和荒瀨的面消失得無影無蹤，逃出了拘留所。雪天鴉劫持了廣播和電視信號，將自己逃獄的事情公之於眾，並且發出預告將在一周後引發新的騷動。雪天鴉將真正的赴火之蟲叫了出來，並與其展開對峙。當天夜裡，四乃山小夜帶著管家小幽出現在波爾卡的面前。

房間被燒掉的「四乃山小夜」來到了波爾卡的住處。據她所言，今後她打算要住在作為波爾卡居所的拷問大樓裡。派遣四乃山的家人和其護衛，試圖從波爾卡他們這裡撈取好處，這便是呂算的計畫。加上小夜和她的管家「小幽」，波爾卡一行人的嶄新生活就此拉開序幕。然而，小幽在得知波爾卡是假冒的之後，即便是衷心欽佩的呂算的命令，他也無法接受保護波爾卡這件事。為了揭露波爾卡的真實身份，小幽每天晚上都在竊聽波爾卡他們的對話。另一方面，岩野目注意到波爾卡是事件的中心人物，他來到波爾卡的占卜屋，並拜託波爾卡為自己占卜。

波爾卡順利地完成了岩野目的占卜。然而，當岩野目看到細呂木在紙上寫下的內容時，他的態度瞬間發生轉變。寫在紙上的是只有某個人和岩野目知道的標誌。岩野目對克拉麗莎進行逼問，詢問其唯一一個知道在占卜時得到的紙片上的標誌的人物——細呂木是否還活著。細呂木生前作為監察官與岩野目共事，他利用占卜為岩野目提供重要的情報。與此同時，雪天鴉同樣注意到了這一標誌，並開始採取行動。在預告進行犯罪的當天，新宿的上空中突然浮起數不清的飛行船。波爾卡在見到描繪在船體上的標誌時大吃一驚。那是波爾卡曾經身處的異世界——本已覆滅的帝國的國徽。

經過變裝的雪天鴉造訪了占卜屋，波爾卡對他的疑問作出解答，飛行船上的標誌被多加上了一道橫線。雪天鴉在得知瞭解標誌的真實形狀的波爾卡和狙擊自己的組織有著某種形式上的聯繫後，為了搜集線索，在深夜入侵拷問大樓的樓頂，隨即遭受到襲擊。襲擊他的是察覺到入侵者的小幽。與此同時，醒過來的波爾卡看到了赴火之蟲用火焰刻在牆壁上的信息。赴火之蟲甚至直接打電話過來詢問波爾卡「你也是塞巴拉隆多的產物嗎」。另一方面，得知小幽正在和雪天鴉交戰的四乃山尊為了鎮壓混亂的局面而開始採取行動。

施展力量試圖找出赴火之蟲的波爾卡感知到雪天鴉和小幽在屋頂上。小幽和雪天鴉持續交戰，旅鼠軍團在這時突然從空中降下，擋在兩人中間。與此同時，披著背後寫有「警惕火焰」雨衣的女高中生拿著手機站在拷問大樓的前面。原本身處的世界裡重要的回憶受到了玷污。想到這裡，波爾卡為了壓制眼下的局面發動了魔法陣。察覺到異變的雪天鴉放出煙霧試圖逃離現場。無數隻手自煙霧中浮現——這是波爾卡的死靈術「無形手群」。在場的人們都目擊到了這一幕，事態變得愈發混亂。

波爾卡所釋放的死靈術「無形手群」出現在直播主的直播中，並迅速地傳播開來。結果，許多看熱鬧的人都一窩蜂似地湧進了拷問大樓。與此同時，匠詢問波爾卡赴火之蟲所留下的「塞巴拉隆多的產物」這句話的涵義，於是波爾卡便開始講述他轉生前所在的世界的那位帝國的宮廷魔術師「亞里烏斯塞巴拉隆多」。如果自己所拋棄的前世，與自己目前所在的世界有某種關聯的話……波爾卡糾結著該如何面對這個事實。就在這時，「週刊Drei」的記者，一名自稱自己是「胡蝶艾特帕特」的女性提出採訪的要求——另一方面，澀谷的仲介屋「冰黑」接觸了「阿牙倉百矢」，並在新宿開始暗中活動。

胡蝶前來拷問大樓採訪占卜師屍神殿，而她帶來的是居然是「夭桃狐狼」的調酒師裏井。令人驚訝的是，他的背後還跟著被阿牙倉百矢殺害的同事，也就是調酒師西田的靈魂。同時，總部的刑警們突然闖進了波爾卡的占卜店。他們說他們收到了「這棟大樓裡藏有強盗」的線報。而警察們所出示的嫌疑人的照片上，不知為何卻出現了西田的身影——。另一方面，對總部強硬的行動感到訝異的克拉麗莎和岩野目，回憶起在拷問大樓發生的『五年前的事件』。而該事件的當事人細呂木，則催促著波爾卡去調查大樓的地下。在這個奇妙的巧合之下，波爾卡在地下所看到的是……

在總部的警察發現之前，波爾卡就把西田的屍體給轉移，並因此擺脫了困境。在警察離開後，隨之而來的是岩野目和荒瀨。為了不碰上荒瀨，匠逃回了自己的家，但是他卻迎來了不速之客……

冰黑綁架了匠，並逼迫他說出被藏起來的西田的屍體的下落。這時，小幽出現並救出了匠。接著，本應被百矢給殺死的美咲也出出現了。她再次與百矢對峙——。

怪人雪天鴉與警視總監鷹巢對峙。他為了找出下令對自己進行狙擊的幕後黑手，便大膽地出現在總部的警視總監室，並從鷹巢那裡套話。這時，鷹巢藏起來的通訊器突然響起了來電鈴聲......。

被「赴火之蟲」附身的警察們將幅木逼到了絕境。即使在這種情況下，岩野目和荒瀬仍打算要抓住幅木。在他們奮鬥的同時，三輯的成員們也趕過來幫忙了。然而，幅木卻服用了神秘的粉末——。

倉木麗沙要求波爾卡從幅木的靈魂中獲取更多資訊，但在知道幅木過去的殘忍行為後，他感到相當憤怒。他任由感情的驅使，試圖消滅幅木的靈魂。但是在那時，有一個人阻止了這一切……

波爾卡給了小幽「傀雷龍」的右臂，並請求小悠保護自己和他的夥伴。與此同時，一位自稱西維爾的男子拜訪了波爾卡的占卜屋，他的身體被大量的死靈給包裹得嚴嚴實實的，甚至到了看不清他的臉的地步──

名為西維爾的神秘青年帶著其隨從露露和亞拉幅木拜訪了波爾卡的占卜屋。這些人帶著波爾卡轉世前的異世界的氣息，他們的來訪甚至吸引來了在四乃山尊命令下監視著拷問大樓的太貝的介入，突然的混戰就這樣開始了！

在西維爾離開後，波爾卡才發現寄宿著「真正的波爾卡的靈魂」的玩偶（真波爾卡）被搶走了。為了奪回真波爾卡，波爾卡決定與四乃山聯手，並準備再次與西維爾等人對峙。

「塞巴拉隆多的產物」與「赴火之蟲」的宿怨。西維爾所背負的那份「出生的宿業」。陸續揭曉的真相，將波爾卡轉生前的異世界與現世逐漸連結。賭上各自不可妥協的信念，「新宿大戰」的就此拉開序幕。

露露與美咲、小幽與亞拉幅木，還有波爾卡與西維爾。各自的激戰讓波爾卡做出了一個決定。身為這個世界的異物，如果這一切皆是因他而起，那麼就同樣由他來承擔一切，獨自一人消失吧。「新宿大戰」的結局究竟是——？