若き技術者・沖野は新型ロボ＝ブルバスターを携え、害獣駆除会社・波止工業に出向。その矢先、龍眼島に謎の生物“巨獣”が出現！赴任早々、命を懸けた戦闘に駆り出される。

初陣を飾った沖野だったが、経理の片岡からは、弾＝経費の使い過ぎだと叱責される。いっぽう、相変わらずの資金不足に頭を抱えていた社長の田島は、起死回生の計画を思い立つ。

新生波止が船出した途端、沖野が巨獣の動画を一般公開していたことが発覚。責任を取るべく辞職を決意するが…!?同じ頃、田島は島の空気分析から、ある仮説を導き出していた。

巨獣が島で繁殖しているか確かめるため、生け捕り案が浮上。そんな中、アル美は謹慎中の沖野を訪問。初出動の際に撮影した動画から、にわかには信じられない事実が判明する。

人員不足の波止に塩田から若手社員を出向させたいと打診が。田島はその申し出に飛びつくが、沖野は不満顔。そんな中、分析担当の研究者・渚が、巨獣の謎に迫る調査を申し出る。

塩田から出向で鉛修一という若者が波止に。案内役を命じられた沖野は、エリート然とした鉛にイライラ。そんな中、巨獣出現の警報が鳴るが、鉛は驚きの理由で出動を拒否する。

水原から「シロが蘇生した」と連絡があり、アル美と田島が急行。水原と保管室に入るが、待ち受けていたのは巨獣化が進行したシロ。３人は逃げ込んだ収納庫に閉じ込められる。

塩田との合併話が進む中、新型水中装甲機ブルダックの導入も現実味を帯び、沖野は浮かれ気分。そんな中、水原は巨獣発生の原因に気づくが、それを察した塩田が暗躍し始める。

巨獣の情報を握り潰そうとする塩田化学。いっぽう、波止の面々には亀裂が生じ、苦悩した田島は、ある決断を下す。そんな中、沖野とアル美は無謀とも言える計画を立ち上げる。

アル美が巨獣の襲撃で負傷し、意識不明の状態に。さらに塩田は鉛を使い、島民を取り込もうと画策していた。そんな中、波止に“投資話”を持ち掛ける、奇妙な訪問者が現れる。

波止は島民と龍眼島奪還作戦を決行。それは、巨獣とガスが塩田による公害と証明し、巨獣を一掃するというものだった。しかし、作戦のさなか、かつてない巨大巨獣が姿を見せる！