年輕的技術師沖野鐵郎，他帶著自己開發的新型機器人「BULLBUSTER」，前往害獸驅除公司波止工業。就在這時，龍眼島上出現了神秘的生物「巨獸」！沖野才剛上任，就被迫捲入了一場生死攸關的戰鬥。

雖然沖野在第一場戰鬥中榮獲勝利，但他卻因為過度使用彈藥（＝過度使用經費）而受到會計片岡的責備。另一方面，一直困擾於資金短缺的社長田島，他決定要想出一個能讓一切起死回生的計劃。

新生波止剛剛起航，他們就發現沖野已經公開了巨獸的影片。沖野決定辭職以負起責任，但是……！？同時，通過對島上的空氣進行分析，田島得出了一個假設。

為了確認巨獸是否有在島上繁殖，活捉巨獸的計畫便浮上了檯面。此時，亞留美前去拜訪停職中的沖野。從首次出動時所拍攝的影片中，一個令人難以置信的事實突然被揭露了。

鹽田化學向人手短缺的波止徵詢，是否可以從他們那裡調一些年輕的員工過去。雖然田島欣然接受了這項提議，但沖野卻看起來相當不滿。此時，為了解開巨獸的謎團，負責分析的研究人員渚提出要進行巨獸的調查。

一名名叫鉛修一的年輕人從鹽田化學被派遣到波止。被命令帶新人的沖野對於鉛那種精英的態度感到惱火。這時，巨獸出現的警報聲響起，然而鉛卻因為一個驚人的理由而拒絕出動。

水原聯絡亞留美和田島說「小白復活了」，於是他們便急忙趕往水原那裡。在他們和水原進入保管室後，迎接他們的卻是巨獸化的小白，而逃跑的他們則是被困在了儲藏室中。

隨著與鹽田的合併逐漸推進，新型水下裝甲機器人火焰雞的引入也逐漸變得現實起來，沖野對此感到興奮不已。然而，水原卻發現了巨獸產生的原因。與此同時，察覺到這一點的鹽田也開始暗中活動了起來。

鹽田化學企圖掌握並粉碎巨獸的情報。另一方面，波止的成員之間也出現了裂痕。經過百般苦惱，田島終究還是做出了某個決定。這實，沖野和亞留美提出了一個堪稱魯莽的計畫。

亞留美在巨獸的襲擊中受了重傷，並陷入了昏迷狀態。此外，鹽田打算使用鉛來欺騙島民。就在這時，一位帶著「投資計畫」的奇怪訪客出現在了波止。

波止決定要和島民一起進行奪回龍眼島的作戰。他們打算要證明龍眼島上的巨獸和氣體污染是由鹽田公司所造成的，並消滅所有巨獸。然而，在作戰進行之際，出現了一隻前所未有的巨大巨獸！