V（ビジター）の乗った宇宙船が、世界中の主要な都市に同時に現れる。彼らは人々に平和を訴え、高度な技術を提供すると言う。初めは恐れられていた彼らだったが、たちまち地球人を魅了し、崇められる。そんな中、Vの真の姿を知ろうとする者たちが静かに動き始めていた……。

Vに対して疑念を抱くエリカと神父ジャックは、Vの“シーカー”に追跡される。そしてエリカは、上司からデールの失踪について問われ答えに窮する。一方チャドは、Vの司令官アナの独占インタビューが不本意に終わったことを悔やみ、自分の番組でVについての討論を企画する。

アメリカではVにビザが発給されることになり、さらに歓迎ムードが広がるが、もちろん反対派もデモを続けている。そのビザ発給当日、ビジター平和大使センターに殺人予告が入り、皮肉なことにエリカはVの護衛にかり出される。

エリカはジョージーから紹介されたライアンに、どことなく信用できない感じを抱く。アナはテレビで、ガンなどさまざまな病気に対する免疫力を高める「ビタミン・サプリ」を開発したと発表。それを見たライアンはジョージー、エリカ、ジャックを呼び出し、2年前にもVの科学者グループがビタミン剤だと称する薬を大量生産しようとしていたことを話す。

Rシックスの倉庫を吹っ飛ばした後、倉庫の警備員のVがジャックを刺す。刺されたジャックはトラビス神父がよかれとVの治療センターへ運ぶ。ジャックはそこで治療され、Rシックスを注射されてしまう。

ライアンはジョン・メイの住んでいた家に母船との通信機があると話し、レジスタンス一同は家のあるリーズビルへ。そこにはジョン・メイの妻の連れ子、ジェームズが住んでいた。ジェームズは父の遺品がある町の倉庫へ一同を案内する。無事、通信機は見つかるが、そこへVのシーカーがやって来る。

アナはチャドを伴って、スイスのジュネーブで開かれる世界発展フォーラムに参加し、その会場でVの先端技術を人類に贈ろうとするが、チマ国連事務総長をはじめとしてフォーラムの出席者の中には反対派も多い。だが折しも小さな島国ティンバルを強力なモンスーンが襲い、数千人規模の犠牲者を出すという大災害が発生。国連や各国の対応が遅れる中、アナはいち早くVのレスキュー・シャトルを差し向け、救援物資と共に宇宙船の動力源でもあるブルー・エネルギーを現地へ運ぶ。

V治療センターで、バレリーが身ごもる人間とVのハイブリッドの存在を知ったアナは、バレリーらの後を追うよう命令する。一方、チャドはついに母船に乗り込み、まだできていない動脈瘤のオペを受ける。オペ後の彼に親切にして信用させたアナは、チャドに「第五部隊」について調べるよう指示する。

ライアンはＶが乗ったシャトルを着陸前に吹き飛ばそうと提案。ホッブスらとミサイルを手に入れ、シャトルの空中爆破に成功する。だが墜落現場に散乱する遺体を見たジャックは、それが人間のものであることに気づく。取り返しのつかない罪悪感に襲われたジャックは、グループから抜けると言い出す。

両脚を折られたリサが暗い路地で発見される。エリカはかわいそうに思い、声をかけてやる。初めて彼女がVだと知った上、アナが来て、リサがアナの娘であることまでわかり衝撃を受けるエリカ。アナはリサの顔の傷を残させ、人々の同情を集めながら「第五部隊にひどい目にあったので地球を去る」と発表。さらにはチャドを遠ざける。

バレリーはパールマンとともに隠れ住んでいた森の中の山小屋で、今にも子供を出産しようとしていた。だが、そこへVの兵士が現れ、パールマンを殴り倒して、バレリーを連れ去る。一方エリカはタイラーとともにアナから食事に招かれ、兵士の卵を全滅させるチャンスだと考える。ライアンはマーカスの存在を心配するが、ホッブスが自ら餌になって、マーカスを船からおびき出すと言う。