Nach Kates Tod muss Neal zunächst wieder ins Gefängnis zurück, bekommt aber von Peter schnell seinen alten Deal wieder angeboten. Zurück beim FBI ermittelt er zusammen mit Peter im Fall eines Bankräubers, der in kurzer Zeit bereits mehrere Banken um sehr viel Geld erleichtert hat. Nebenbei beginnt er Nachforschungen, um Kates Mörder zu finden und um herauszufinden, was mit der Spieldose passiert ist, nachdem er sie Fowler gegeben hat.

Neal und Peter arbeiten an einem Fall eines korrupten Politikers. Diana und Peter kommen auf die Spur eines mysteriösen Mannes, der mit Fowler in Kontakt stand und sich vor dessen Verhaftung mit ihm treffen wollte.

Alex bittet Mozzie und Peter um Hilfe, da sie Probleme mit Unbekannten hat, die nach der Spieldose suchen. Nebenbei ermitteln Peter und Neal in einem Kunstraub, bei dem der Dieb die Methode von einem von Neals früheren Raubzügen kopiert hat. Ihnen gelingt es, die Täter zu fassen und gleichzeitig Alex zur Sicherheit ins Ausland zu schaffen.

Als Mozzie beobachtet, wie Gina – eine Kellnerin, mit der er befreundet ist – entführt wird, bittet er das FBI um Hilfe. Es stellt sich heraus, dass Ginas Freund einem Waffenschmuggler Geld gestohlen hat und dieser sie nun als Druckmittel verwendet, um sein Geld zurückzuerhalten.

Bei den Ermittlungen zu einem Wertpapierdiebstahl muss Neal mit Sara Ellis arbeiten, einer Versicherungsermittlerin, die vor Jahren vor Gericht gegen Neal im Fall eines gestohlenen Gemäldes ausgesagt hat. Im Zuge der Ermittlungen wird ein Anschlag auf Saras Leben versucht, wodurch sie gezwungen ist ihren Tod vorzutäuschen bis der Täter gefasst ist. Nebenbei untersucht Neal mit Mozzie das Flugzeugwrack, das von der Explosion übrig ist, die Kate getötet hat.

Ein FBI-Agent wird beschuldigt, Informationen von Zeugen aus dem Zeugenschutzprogramm zu verkaufen und befindet sich auf der Flucht. Peter, der von dessen Unschuld überzeugt ist, unterstützt ihn dabei, seinen Namen rein zu waschen und den wahren Täter – einen US-Marshal – zu schnappen.

Peter und Neal ermitteln undercover in einem Technologiekonzern, nachdem dessen wichtigster Entwickler ermordet wurde und der Verdacht auf Industriespionage besteht.

Peter und Neal entdecken ein Geheimfach in der Spieldose, das einen verschlüsselten Code beinhaltet, mit deren Entschlüsselung sie Mozzie beauftragen.

Mozzie überlebt den Anschlag und erholt sich im Krankenhaus von seiner schweren Wunde. Dem FBI gelingt es schnell den Täter (Julian Larssen), der von Kates Mörder angeheuert wurde, aufzuspüren, doch diesem gelingt es Beweise zu fälschen, so dass es so aussieht, als ob Peter ihm nur etwas anhängen will.

Der Mann, der hinter Kates Tod steckt, ist Vincent Adler, ein Betrüger, für den Neal vor einigen Jahren gearbeitet hat. Als Peter dies herausfindet, stattet er Neal einen Besuch ab und bringt ihn dazu ihm zu erzählen, was seine Verbindung zu dem Mann ist. Neal erzählt, was zwischen dem Zeitpunkt, als er das erste Mal nach New York kam und seiner Verhaftung durch das FBI geschehen ist: wie er Mozzie, Alex und Kate kennengelernt hat und wie er zu einem erstklassigen Betrüger geworden ist.

Als der Sohn eines US-Diplomaten beschuldigt wird, einen sehr wertvollen Rubin aus Myanmar herausgeschmuggelt zu haben und dort inhaftiert wird, werden Neal und Peter gebeten dessen Unschuld zu beweisen, indem sie den wahren Schmuggler aufspüren.

Ein alter Freund von June wird aus dem Gefängnis entlassen und plant sofort wieder einen großen Coup, bei dem Neal ihm helfen soll: Er will mit einer Druckerplatte, die seit Jahren in seinem Besitz ist, 100-Dollar-Noten fälschen. Neal befürchtet, dass die Komplizen von Junes Freund gefährlich für diese werden könnten und schaltet das FBI ein. Mozzie beginnt unterdessen die Antenne zu bauen, was sich jedoch als ziemlich schwierig erweist, da viele Teile nur noch schwer verfügbar sind.

Matthew Keller, der wegen Neal und Peter im Gefängnis sitzt, bietet ihnen im Austausch für bessere Haftbedingungen Informationen zu ehemaligen Mitarbeitern an. Es stellt sich jedoch schnell heraus, dass er eigentlich ganz andere Ziele verfolgt: Peter wird von Kellers Komplizen entführt und gefangen gehalten, während dieser seine Flucht vorbereitet.

Neal und Peter ermitteln gegen einen Stromanbieter, der künstlich das Angebot niedrig hält, um die Preise zu erhöhen. Durch ein Missverständnis mit einer Informantin sind die beiden gezwungen, für den Rest der Ermittlungen die Rollen zu tauschen.

Vincent Adler ist es mit der Fraktalantenne gelungen das U-Boot aufzuspüren und er entführt Neal, Peter und Alex, damit sie ihm helfen das U-Boot zu öffnen, das mit Sprengfallen gesichert ist.