Peter en Neal proberen een uitgekiende bankovervaller een stap voor te blijven. Maar zodra er door heel de stad alarmbellen afgaan, beseffen de jongens dat ze te maken hebt met een echte professional.

Neal gaat undercover in de politiek, om een corrupte politicus op te kunnen pakken. Diana en Peter zijn een onbekende man op het spoor. Neal begint te vermoeden dat Peter de vliegtuig explosie aan het onderzoeken is, achter zijn rug om.

Peter stuurt Neal terug naar school nadat iemand een van zijn oude gewoontes kopieert. Alex keert terug met slecht nieuws. Diana ontdekt de muziek box iets verbergt. Peter en Diana zijn op zoek naar het ontbrekende stukje.

Wanneer Mozzie erachter komt dat iemand om wie hij geeft is ontvoerd, wendt hij zich tot Peter en Neal voor hulp.

Om het leven van verzekeringsonderzoeker Sara Ellis te redden, moeten Neal en Peter uitzoeken waarom een vastgoedmagnaat een prijs op haar hoofd heeft gezet.

Joe Morton, een FBI-agent, wordt beschuldigd van het verkopen van locaties van getuigen tijdens strafprocessen. De US Marshals vragen Peter en Neal om hulp bij het opsporen van de verdachte.

Neal en Peter moeten undercover gaan in de wereld van de bedrijfsspionage nadat een belangrijke medewerker van een bedrijf is vermoord.

Neal zet een plan in elkaar om zichzelf oog in oog met de moordenaar van Kate te brengen.

Mozzie ontsnapt ternauwernood aan de dood en Neal gebruikt zijn contacten om Peter te helpen met het vinden van Mozzie's schutter, Julian Larssen. Echter slaagt Larssen erin om de schuld bij Peter in zijn schoenen te schuiven. Hij wordt daardoor vrijgelaten. Geschorst door de FBI, schakelt Peter de hulp van Neal, Jones, Diana, Sara, Mozzie en zelfs Elizabeth in om Larssen te pakken en zijn naam te zuiveren.

Peter gaat terug naar de tijd dat hij Neal voor de eerste keer arresteerde. Ondertussen herinnert Neal zich zijn eerste ontmoetingen met Kate en Mozzie.

Peter en Neal zijn bezig om de zoon van een diplomaat, die in hechtenis is genomen in Birma voor een misdaad die hij niet heeft begaan, vrij te krijgen.

Neal is op zijn hoede wanneer een oude vriend van de man van June is vrijgelaten uit de gevangenis en zomaar langskomt voor een bezoek.

Matthew Keller, de grote rivaal van Neal, neemt contact op met Neal en Peter om een deal te maken. Alles blijkt een valstrik te zijn en nadat Peter is ontvoerd moet Neal samenwerken met Jason Lang, de voormalige partner van Keller.

Peter en Neal nemen elkaars identiteit aan om een misdaad op te lossen.

Neal komt steeds dichter bij het vinden van de waarheid over de dood van Kate.