Питера допрашивают о взрыве самолёта и Ниле. Нил попадает в тюрьму за "попытку к бегству", и Питер говорит, что они могут восстановить сделку. Через два месяца Нил уже помогает ФБР ловить грабителей банка, в то время как Питер и Моззи пытаются хоть как-то отвлечь Нила от мыслей о Кейт и ее смерти. Нил пытается выяснить, кто украл Музыкальную шкатулку из хранилища ФБР. Тем временем Диана и Питер пытаются захватить Фаулера, и в конце концов Диана прячет шкатулку в свой сейф.

Нил идёт под прикрытием в предвыборный лагерь коррумпированного политика как "специалист по разрешению проблем" для того чтобы его разоблачить. Расследование Дианы и Питера приводит их к неизвестному мужчине, который спасается бегством. Это также показало, что Питер и Диана хранят Музыкальную шкатулку в месте, скрытом даже от самого Питера. Нил начинает подозревать, что Питер расследует взрыв самолёта за его спиной.

Питер посылает Нила в колледж после того, как кто-то подражает Кэффри, используя одну из его старых схем аферы воруя целый кейс крюгеррандов. Алекс возвращается с плохими новостями. Диана обнаруживает, что Музыкальная шкатулка что-то в себе скрывает. Питер и Диана отправляются на поиски отсутствующего ключа, который является последней частью Музыкальной шкатулки. Эта та самая часть, которую Алекс даёт Нилу перед своим отъездом в Италию.

В первый раз в жизни, Моззи вынужден обратиться к ФБР за помощью, когда объект его любви, официантка из местной столовой, Джина ДеСтефано, исчезает. Моззи использует оставленные ключи, которые являются ссылками на книги, которые они читали, оставленные Джиной, чтобы ФБР и Моззи могли найти и спасти её. Все становится серьёзней, когда выясняется, что человек, удерживающий Джину, представляет интерес для ФБР.

Обыкновенная кража перерастает в покушении на убийство, когда Нила, работающего под прикрытием под именем мистер Блэйк, наняли, чтобы убить страховщика, Сару Эллис, ту же женщину, которая свидетельствовала против него в его "предполагаемой" краже картины Рафаэля на суде несколько лет назад. Между тем, Нил и Моззи исследуют обломки самолёта и заключают, что самолёт должен был взорваться в воздухе, однако был взорван кем-то ещё на земле. Им удается достать запись последних слов Кейт и отправить пленку в страховую компанию Sterling Bosch, где работает Сара. После ареста человека, который заказал убийство Сары, Нил пытается достать пакет из ее квартиры, но был прерван покушением реального мистера Блэйка, который был остановлен Питером и его командой.

Арест похитителя драгоценностей приводит Питера и Нила к гораздо более отвратительному вымогательству в отношении приёмных родителей. Моззи врывается в квартиру Сары и похищает записи. Для того, чтобы вернуть их назад Сара и ее детективы обыскивают квартиру Нила. После завершения операции, Сара возвращается в квартиру Нила, и, узнав, что случилось с Кейт, обещает помочь Нилу с его расследованием. На записи Кейт звонит кому-то незадолго до взрыва. Это побуждает Нила и его друзей выследить того, кто был на другом конце телефона.

Агента ФБР обвиняют в продаже места пребывания свидетеля во время уголовного судопроизводства, и маршалы просят Питера и Нила о помощи в отслеживании подозреваемого. Питер был знаком с подозреваемым, и обнаруживает, что именно маршал, отвечающий за расследование, на самом деле продажный. Вместе с подозреваемым агентом ФБР Питер пытается очистить своё имя. Моззи обнаруживает, что Кейт звонила Гарретту Фаулеру перед взрывом.

Нил и Питер должны работать под прикрытием в мире корпоративного шпионажа после того, как главный исследователь технологической компании был убит. Моззи и Диана работают вместе над раскрытием убийства Кейт, и Моззи понимает, что Музыкальная шкатулка у Дианы, и Питер знает об этом. Питер показывает шкатулку Нилу, а Нил вставляет ключ от шкатулки, который дала ему Алекс. Перед открытием шкатулки Нил говорит Питеру: "Нет больше тайн".

Команда находит Фаулера и узнаёт, что он невиновен. Его шантажирует тот же человек, который изображён на составленном из нескольких отдельных фотографий снимке Питера. Моззи расшифровывает код из Музыкальной шкатулки. Прежде чем он успевает сказать кому-либо правду, в него стреляет человек со снимка и забирает код.

Питера обвиняют в преступлении, которого он не совершал, и отстраняют от работы в ФБР. Нил помогает ему провернуть аферу, чтобы поймать настоящего преступника, найти того, кто стрелял в Моззи, и, конечно, очистить имя Питера.

После того, как Питер и Нил понимают, что Винсент Адлер стоит за смертью Кейт и покушением на Моззи, Питер рассказывает Нилу как он за ним охотился, а Нил рассказывает историю знакомства с Моззи и Кейт, как он работал на Адлера, немного о своих аферах, и, конечно, как он бегал от Питера по всей Европе и наконец был пойман ФБР.

Питер и Нил должны ступить на землю Бирмы, чтобы доказать невиновность сына американского дипломата, найти преступника и не вызвать международный конфликт.

К Джун, хозяйке дома, в котором живёт Нил, приезжает старый друг, некогда работавший с ее покойным мужем Байроном. Однако Нил считает, что у него есть скрытые мотивы для такого неожиданного возвращения. ФБР подключается к расследованию, когда выясняется, что он не тот, за кого себя выдаёт.

Мэттью Келлер, старый соперник Нила, связывается с Питером из тюрьмы. Он хочет заключить сделку с ФБР. Если его не будут перевозить в другую тюрьму, к тем, кому он должен денег, он поможет в расследовании. Однако все выходит из-под контроля, когда Питера похищают. ФБР делает все возможное, чтобы его найти, однако Нил начинает действовать самостоятельно и достает когда-то украденное им кольцо за 2,5 миллиона долларов. Однако план Келлера состоял в другом, и ему удается сбежать.

Для того чтобы раскрыть заговор Нил и Питер меняются местами. Теперь Нил - это агент ФБР Питер Берк, а Питер - аферист Нил Кэффри. Всё агентство пребывает из-за этого в веселом расположение духа, Питер и Нил не устают друг друга подкалывать, однако всё же признают, что в жизни другого есть своя прелесть.

Сара находит информацию, что Адлер ищет подлодку, затонувшую более полувека назад, а также что Алекс Хантер как-то связана с этим. Пытаясь отыскать Алекс Нил и Питер попадают в западню Адлера. Выясняется, что Адлер поднял подлодку на поверхность, однако для того, чтобы обезвредить бомбу ему нужен Кэффри. тем временем Моззи, Сара, Диана и Джонс ищут Нила и Питера с помощью фрактальной антенны.