極度の人見知りの高校生・朝野太陽は、事故で家族を亡くして以来、他人と関わることを極端に避けていた。そんな太陽にとって、幼なじみの夜桜六美は唯一気を許せる特別な存在だった。ある日の放課後、昼川先生に呼び出された太陽は教頭室を訪れる。そこで見せられたものは六美の隠し撮りコレクションで、陰からずっと彼女を見守ってきたという。昼川の異常さに危機感を覚える太陽。突如ナイフを突きつけられ…。

兄妹たちの協力のもと、凶一郎の妨害に打ち勝ち夫婦となった太陽と六美。翌朝、自分の部屋で目を覚ました太陽は、突然、凶一郎に吊るし上げられ外に出ると同時に、自宅が大爆発してしまう。何者かに爆弾を仕掛けられていたことがわかり驚愕する太陽。凶一郎の口から夜桜家の使命を知らされ、「六美を守る」という本当の意味を理解する。そして夜桜家の一員として「今日一日、六美を暗殺者から守れ」という初任務が与えられる！

自らの無力さが原因で六美が攫われる夢をみた太陽は「強くなりたい」と願い、二刃に特訓を申し込む。太陽の熱意を汲み、二刃から特訓を受ける条件としてまずは「１か月間、夜桜家で生活すること」を提示される。そんな太陽を待ち受けるのは、屋敷中に設置された多種多様なトラップたち。太陽にとって、夜桜屋敷での地獄の日常が幕を開ける――。一方、自分のために日々ボロボロになっていく太陽に、六美は心を痛めていた…。

仕事の事務処理を行っていた六美は、嫌五が提出した報告書に不備があることを発見。再提出を求めるが、適当な理由をつけて免れようとする嫌五の態度に、ついに六美の堪忍袋の緒が切れる！　夜桜家当主として嫌五にお灸を据えようとするが、悠々と逃げられてしまう。彼を捕まえるため「冬ごもり」を発動して屋敷を閉鎖した六美は兄妹の部屋を片っ端から見て回ることに。嫌五とのスパイスキルを駆使した鬼ごっこがスタートする…！

刑事を名乗る仏山という男に連行された太陽。敵を殴り倒している太陽の映像が、何故か闇サイトで公開されていたのだ！様々な悪行に少年ひとりの犯行とは到底考えられないと、仏山は太陽が裏で秘密組織に関わっていると疑うが、共犯者の情報は一切入手できていないらしい…。取り調べと称した、手段を選ばない理不尽な拷問に耐える太陽。さらに仏山は、六美の存在をちらつかせ脅しをかけるが、太陽はあることに気付き…!?

夜桜家のデータベースがハッキングされた!?　太陽のパーソナルデータだけが盗まれたと四怨から報告を受け、太陽は薄気味悪さを感じる。そんなある朝、登校中の太陽と六美の前に現れたのは、惚れた男を付け回して殺す“男狩り”スパイの切崎殺香だった。闇サイトに公開された太陽の動画を見て、ひと目惚れしたという。太陽と六美と同じクラスに転入してきた殺香は、授業中も太陽の命を狙うが度々失敗。ついに最終手段にでる…！

とある悪の研究所に潜入中、自ら化学兵器の猛毒を取りこんだ七悪は、体内で無毒化する副作用で眠ってしまう。そんな七悪を回収するために研究所へ向かった太陽は、政府直属の諜報機関「ヒナギク」の蒼 翠と犬神王牙に出会う。王牙の勢いに押し切られ、一緒に研究所内を捜索する太陽だったが、なんとふたりの目的は「危険物となった七悪を殺すこと」だった！無防備に眠る七悪に刃を向ける翠。太陽は止めようとするが…。

太陽と六美は、翠の案内で「ヒナギク」のアジトを訪れる。ふたりを出迎えたのは室長の不動りんで、定期的に六美とお茶会を開いているという。そこへ凶一郎が乱入し、六美の取り合いが勃発！実は、凶一郎とりんは元同級生で当時から犬猿の仲だった！ふたりのけんかは次第に激しさを増し、館内に緊急コードが発令される事態に…。事務所崩落の惨状に、頭を抱える六美はけんかを止めようとふたりの前に飛び出し…!?

護送車が爆発し、黒百合を取り逃してしまった太陽。想定内だという翠から、黒百合の正体が５、６年前に亡くなったとされる伝説のスパイ・黒顔であることが明かされる。太陽たちが逃亡した黒顔を追う中、どういうわけか拉致した副総理を連れた黒顔が、ネット中継で人々の前に現れた。復讐を果たすために、副総理へ銃口を向ける黒顔。そこで語られる過去の因縁と目的――。駆けつけた太陽は中継を遮断して黒顔と対峙する！

「ヒナギク」のアジトで行われる任務完遂の打ち上げと称した鍋パーティに、太陽と六美が招かれた。だが六美に無理矢理同行してきた凶一郎と犬猿の仲であるりんが熾烈な戦いを始めてしまい、アジト内が戦場と化する…。タイミングを見て打ち上げを抜け出した太陽は、黒顔の遺言通り洞から見つけた小さな箱を見つめる。そこには太陽の亡き家族に関する情報が入っているらしいが、真実を知ることへの不安で開けられずにいたのだった。

解析のバグでモニターに映し出されたオバケを見た二刃が気絶してしまう。最も頼れる夜桜家の長女は、なんと「オバケ」や「呪い」が弱点だったのだ！風の音や天井の軋む音、さらには嫌五のイタズラにも震える始末…。１日経てば元の二刃に戻るらしいが、六美に引っ付いて一時も離れようとしない。さらに最近の夜桜屋敷では「誰もいないのに物音がする」という噂が!?太陽と弟妹たちは、怯える二刃のお世話をすることに！

下校中、太陽のスクールバッグの中から突如謎の人物が這い出てくる！その不審人物の正体は、六美の祖父・夜桜万だった。孫夫婦の結婚を祝うために刑務所から脱獄してきたという万は、凶一郎の包囲を難なく掻い潜り、太陽を強引に連れ出してナイトクラブへ。「歩く情報漏洩」こと万を捕まえるべく、凶一郎の指示のもと太陽は様々な手段で捕獲を試みる。だが、万のペースに翻弄されてすべて失敗に終わってしまうのだった…。

四怨の解析により、黒顔から得た光学保存体の中に入っていたのは、表社会向けの９代目夜桜夫婦の披露宴名簿と判明。そこには太陽の亡き両親である朝野日出とあかりの名前が！自分たちが生まれる前から夜桜家と朝野家には関りがあったことを知った太陽は、家族の本当の死因を探るべく故人図書館を訪れることに。だがそこは「音を立てれば死」という恐ろしい場所だった！四怨のサポートのもと、太陽は両親にまつわる資料を探すが!?

ある朝、太平洋沖の船上で目を覚ました太陽。全く状況を把握できず戸惑う太陽の目の前には、釣りをする凶一郎の姿が。「親睦を深めよう」と普段は口にしないセリフと笑顔を向ける凶一郎に、警戒心を強める太陽。そんな中、太陽はマシンガンを乱射するダイバーを釣り上げてしまい!?なんと彼らは凶一郎の思惑に釣られたスパイたちだったのだ！次々と襲い掛かる敵と戦う太陽。そこへ突如ふたりが乗る船を目掛けて魚雷が放たれる…！

家族の死に関り、六美の命を狙う謎の組織「タンポポ」の重要な手掛かりとして皮下 真を追い、高級ホテルへ乗り込んだ太陽。だが「葉桜」でドーピングされたノウメンによって妨害されてしまう。手も足も出ない太陽のピンチに、辛三が駆けつける。太陽を逃がしノウメンと渡り合う辛三だったが、ホテルに滞在する一般人を人質に取られて窮地に陥ってしまう。投降の選択しかない不利な状況の中、辛三が取った選択とは…!?

夜桜家当主のみが発動権限持つ夜桜屋敷の完全封鎖「冬ごもり」が突如発動!?起動させた人物を追う凶一郎の前には、９代目当主の「桜の指輪」を持つ男の姿が。一方、意識の戻らない太陽を看病していた六美だが、突如屋敷が停電に見舞われ兄妹との通信が遮断されてしまう。さらに医療機器も停止してしまい、太陽の脈はみるみる弱まっていく。このままでは太陽が死んでしまう…！大切な人の命を繋ぐために、六美はある決断を下す！

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