Depuis huit mois, l’humanité panse ses plaies après la guerre qui a opposé la Fédération à une de ses colonies spatiales, devenue indépendante sous le nom de Duché de Zeon. Ce conflit, qui s’est figé dans un statu quo sans vainqueur ni vaincu, est pourtant loin d’être terminé, comme Amuro Ray, adolescent féru de mécanique vivant sur Side-7, va s’en apercevoir. Il découvre aussi que de son côté, la Fédération se dote d’un nouvel appareil de combat bien supérieur aux Zaku de Zeon : le Gundam.

Sur Side-7, la confusion est à son comble. Les officiers en charge du White Base, sidérés de constater que le pilote qui a abattu deux Zaku aux commandes du Gundam est un enfant, hésitent sur la marche à suivre. C’est le moment que choisit Char Aznable, légendaire pilote du Duché de Zeon, pour attaquer la colonie avec son Zaku amélioré.

L’équipage du White Base, très conscient du danger que représente Char, opte pour une stratégie offensive en l’attaquant par surprise au moment de son ravitaillement. Cela va-t-il suffire ?

En arrivant sur la base alliée de Luna II, Bright Noa et son équipage n’imaginaient sans doute pas l’accueil plus que mitigé qui leur serait réservé. Non seulement le responsable de la base refuse de prendre les réfugiés en charge, mais pire, il met aux arrêts Bright et tous les pilotes.

Au tour de Char de prendre des risques ! Voyant que le White Base s’apprête à rentrer dans l'atmosphère terrestre, il compte profiter de ce moment périlleux pour l’attaquer et le détruire. Amuro, envoyé aux commandes du Gundam pour protéger le croiseur des tirs ennemis, devra redoubler d’attention pour éviter l’embrasement. Sauf si…

Char est rejoint par son camarade de promotion à l’Académie militaire, le colonel Garma Zabi. Beaucoup plus intéressé par la capture du White Base et du Gundam que par leur destruction, le benjamin du dirigeant de Zeon cherche par tous les moyens à empêcher le croiseur de rejoindre l’espace aérien fédéral. Il va apprendre très vite à qui il a affaire…

Rien ne va plus entre le capitaine Reed et Bright Noa, en désaccord sur la question des réfugiés. Reed veut les débarquer afin, dit-il, d’éviter de les exposer davantage, mais aussi pour des questions de gestion des vivres, tandis que Bright se refuse à abandonner vieillards et enfants en pleine enclave Zeon. Lorsque les réfugiés viennent mettre leur grain de sel, la situation déjà tendue devient incontrôlable.

Devant l’insistance de certains réfugiés, Bright a l’idée de demander une trêve aux forces de Zeon afin de débarquer ceux qui le souhaitent, trêve qui lui est immédiatement accordée. Et pour cause… Chacun des deux camps vise en effet bien autre chose que la mise en sécurité de quelques civils…

Amuro va mal. Ne parvenant pas à dormir et ayant perdu l’appétit, exténué par tous ses combats, il devient irritable et refuse de prendre les commandes du Gundam. Or, Dieu sait que ce n’est pas le moment…

Ce n’est pas uniquement pour briller aux yeux de sa famille que Garma Zabi convoite le Gundam et le White Base, mais également pour redorer son blason auprès du père de sa bien-aimée, Icelina. Cela tombe fort à propos puisque le croiseur, coincé en territoire ennemi, n’a jamais été aussi vulnérable ni aussi proche. Pourtant, au lieu de s’user les yeux sur les écrans des radars, Garma ferait-il peut-être mieux de surveiller ses arrières, car son véritable ennemi est, lui aussi, très proche…

La mort de Garma a plongé Icelina dans un violent désespoir dont elle pense pouvoir se libérer par la vengeance. Certains membres de la famille Zabi clament eux aussi leur volonté d’exercer de sanglantes représailles à l’encontre de la Fédération, mais dans leur cas, on peut douter de la sincérité de leur chagrin…

Tandis que l’on enterre Garma avec tous les honneurs, Bright doit secouer Amuro, épuisé et traumatisé, pour qu’il se décide à aller au combat. Un nouvel ennemi tout aussi déterminé que la Comète Rouge se dresse sur le chemin du White Base : le vieux briscard Ramba Ral, qui a été officiellement chargé de la vendetta de la famille Zabi. Et qui a des motifs plus personnels pour mener à bien sa mission…

Sur Terre, près du village où Amuro a grandi, l’équipage du White Base prend un peu de repos bien mérité. Il va devoir pourtant vite ranger parasols et serviettes de plage. Le jeune pilote du Gundam, en allant voir sa mère, s’est aventuré au plus près d’une base de Zeon, cela qui va lui valoir quelques déboires…

L’envoyée du général Revil, le lieutenant Matilda, apporte au White Base une aide dont il a bien besoin, même si elle n’est pas sans arrière-pensées. En attendant, des soldats de Zeon stationnés dans les environs se proposent de venir seuls à bout du Gundam à l’aide d’explosifs, espérant être rapatriés pour ce fait d’armes. Amuro arrivera-t-il à sortir vainqueur du jeu déloyal auquel il est contraint de jouer ?

Le White Base est chargé d'une nouvelle mission ; la Fédération a reçu des renseignements selon lesquels des envahisseurs Zeon se seraient établis sur la petite île d'Alegranza dans les Canaries. Amuro et son Gundam RX-78-2 sont envoyés sur place pour vérifier les informations et neutraliser la menace le cas échéant.

Arrivé sur l'île, Amuro découvre des traces de combat mais pas de Zeon. C'est alors qu'il est attaqué par surprise par un Zaku qui parvient à le vaincre. A son réveil, Amuro découvre l'identité de son agresseur : un certain Cucuruz Doan, qui a déserté Zeon pour s'occuper d'un groupe d'enfants orphelins de guerre.

Coincé sur l'île, Amuro n'a pas d'autre choix que de collaborer avec Doan en attendant les secours. Il ne se doute pas que l'île recèle un secret qui pourrait faire basculer le cours de la guerre.

Ordre a été donné au White Base de traverser la mer Caspienne pour se joindre à l’Opération Odessa qui doit commencer dans cinq jours. Les précédents combats ayant entraîné la destruction des réserves de sel, aliment indispensable à la bonne santé de l’équipage, décision est prise de se réapprovisionner directement dans un lac salé. Problème : ce dernier semble d’humeur un peu baladeuse. Et tout près, Rambal Ral est là qui guette…

Après Sayla, c’est au tour d’Amuro de prendre le large avec le Gundam, même si c’est pour de tout autres raisons. Ayant surpris une conversation entre Bright et Mirai où il est question de lui retirer le pilotage du MS, il décide qu’il n’a plus rien à voir avec l’équipage du White Base. Qui pourrait le ramener à la raison ?

Amuro, toujours en fuite avec le Gundam, découvre sans vraiment le vouloir une mine appartenant à Zeon. Pour prendre sa revanche sur ceux qui l’ont, pense-t-il, rejeté, il projette de la détruire tout seul.

Errant au milieu du désert, Amuro se retrouve nez à nez avec Ramba Ral et sa compagne Hamon, qui le remarque et l’invite à partager leur repas. Si le jeune pilote plaît tout de suite au couple, il est évident que l’attirance est réciproque. Ce qui n’empêche pas Ral, en vieux roublard qu’il est, de feindre la clémence en le laissant partir ainsi que Fraw Bow, pour mieux les faire suivre…

Le White Base n’est pas le seul qui semble abandonné par sa hiérarchie : les MS demandés par Ramb Ral ne lui sont finalement pas livrés sous un prétexte plus ou moins crédible. Qu’à cela ne tienne ! Il va montrer au Cheval de Troie ce dont sont capables quelques hommes déterminés et aguerris, surtout face à un équipage en crise qui a une fâcheuse tendance à prendre la poudre d’escampette tous les quatre matins.

Ryu, gravement blessé, plaide désespérément la cause d’Amuro auprès d’un Bright excédé. Mais la coupe est pleine pour le jeune officier responsable du White Base, et il refuse de libérer Amuro ou même de parler avec lui. De son côté, Hamon et les derniers hommes de Ramba Ral se préparent à le venger.

Bright choisit le plus mauvais moment pour tomber malade. La fatigue ou le contrecoup des derniers événements ? Toujours est-il qu’au moment même où le White Base va tomber dans le piège tendu par le commandant M’Quve, le navire se retrouve sans responsable. Mirai et Sayla prennent le relais, mais ce n’est pas sans frictions…

Le dernier assaut des forces de Zeon a cloué le White Base au sol. Le général Revil envoie donc le lieutenant Matilda afin de superviser les réparations, car il considère Amuro et ses amis comme des alliés tout à fait valables. La présence d’un traître au sein même du commandement fédéral va énormément compliquer les choses.

La beauté et la distinction de Matilda font tourner bien des têtes, dont celle d’Amuro. De son côté, l’annonce de l’arrivée sur Terre de ses trois vieux ennemis pousse Revil à avancer l’opération Odessa.

La fameuse offensive de grande ampleur orchestrée par le général Revil commence, et le White Base est partie prenante. Sayla et Amuro, lors d’un banal vol de reconnaissance, sont témoins d’un fait bien curieux… qui va leur mettre la puce à l’oreille.

Après la victoire d’Odessa, le White Base accoste en Irlande du Nord, où l’équipage est censé être officiellement incorporé dans l’armée régulière. C’est là qu’il retrouve un adversaire des plus coriaces et qui n’a de cesse que de le détruire.

Qui s’en étonnera ? Kai claque la porte du White Base pour échapper à sa nouvelle vie, loin du flou artistique qui y prévalait jusque-là. Il ne lui faudra cela dit pas très longtemps pour se trouver un point de chute.

L’agent 107, à la solde de Zeon, a reçu l’ordre de monter sur le White Base et de communiquer la destination de ce dernier, mission accomplie au cours d’une manœuvre plutôt ingénieuse du capitaine Boone.

Jaburo, Amérique du Sud, QG des forces fédérales. Tandis que Kai essaie de surmonter son chagrin, Amuro fait la connaissance du fiancé de Matilda, qui a repris le flambeau et juré d’aider le White Base comme elle l’avait fait elle-même. L’acharnement de Char transforme ce séjour, qui devait être de tout repos, en une nouvelle et éprouvante bataille.

Kikka, Letz et Katz, les trois affreux jojos du White Base, n’ont évidemment pas vocation à rester dans un vaisseau appartenant officiellement à l’armée. Ils sont donc séparés de leurs amis et emmenés à l’orphelinat du QG…

La Fédération compte utiliser le White Base comme diversion pour pouvoir attaquer la forteresse de Solomon en toute tranquillité. Pari réussi : Char tombe dans le panneau et suit docilement son ennemi juré, avant de s’apercevoir de son erreur. Or, c’est quand il est blessé qu’un fauve est le plus dangereux.

Char retrouve une vieille connaissance à lui, le capitaine Dren, à qui il demande de l’aide pour vaincre le White Base. Sayla ressasse dans son coin la rencontre déroutante vécue dans les souterrains du QG à Jaburo. D'ailleurs, ses questions étranges et son expression lunaire ne passent pas inaperçues. Sleggar continue à se mettre à dos tout le monde à bord ou presque…

Le White Base est contraint de faire escale à Side-6, une colonie qui observe une politique de stricte neutralité. C’est là que Mirai tombe nez à nez avec son fiancé, dont elle ne semble guère pressée d'être la femme, et qu’Amuro croise son père, de toute évidence gravement diminué.

Amuro fait la connaissance, sous une pluie battante, d’une envoûtante jeune femme au charme évanescent. Plus tard, c’est au volant d'un véhicule qu’il la retrouve sur un chemin de campagne, en compagnie d’un soldat de Zeon qu’Amuro ne connaît que trop bien.

Bright et le White Base se voient confier une lourde responsabilité dans l’assaut majeur qui se prépare contre les forces de Zeon, puisque le vaisseau sera à l’avant-garde de la flotte. Face à eux, l'amiral Dozle Zabi résiste vaillamment, jusqu’à ce que la Fédération sorte de sa manche sa carte maîtresse, une arme terrible qui va faire des ravages…

Même au plus fort des combats, le cœur des soldats continue de battre et leurs sentiments de s’épanouir, avant que la folie de la guerre ne vienne les broyer. Adieu, lieutenant Sleggar.

Le colonel M’Quve, jaloux de l’influence de Char, entend bien en finir lui-même avec le Gundam et le White Base pour prendre l’ascendant sur son jeune rival. Dans ce but, il tend un piège à ses ennemis sur une colonie dévastée par la guerre. L’âme damnée de Kycilia réussira-t-elle là où Char semble voué à échouer ?

L’équipage du White Base parcourt la colonie de Texas pour retrouver Amuro, dont le Gundam semble ne pas avoir tenu le choc de son dernier duel avec Char. Ce dernier, justement, a vu se confirmer ses soupçons à propos d’Amuro : il s’agit bien d’un Newtype, cette nouvelle espèce d’humains aux surprenantes capacités. Capacités qui intéressent fort la Fédération, mais également Kycilia Zabi…

Poussé dans ses retranchements par la Fédération qui lui a pris Solomon, le Duché de Zeon répond par l’envoi sur le champ de bataille d’un soldat Newtype d’une force inouïe. Et le pire semble à venir, puisqu’un autre Newtype, peut-être plus fort encore, est en route pour rejoindre le premier…

Avec la prise de Solomon, le conflit a tourné à l’avantage de la Fédération. Se sentant en supériorité, cette dernière envisage à présent pas moins que d’envahir militairement le Duché de Zeon. Mais les Zabi n’ont pas dit leur dernier mot, et leur réplique sera sanglante.

Le Solar Ray, équivalent du Solar System de la Fédération, est quasiment prêt à faire feu. Inconscients du danger, les membres d’équipage débattent de la possibilité qu’Amuro ne soit pas le seul Newtype du White Base. De bien légères préoccupations, lorsqu’on sait ce qui les attend.

Le Solar Ray fait feu, annihilant non seulement le tiers de la flotte fédérale, mais aussi le vaisseau du duc Degwin venu négocier la paix. Peine perdue : les survivants, loin de baisser les bras, se réunissent et attaquent sur tous les fronts. Char, confiant dans ses capacités de Newtype, tente le tout pour le tout.

Char et Amuro laissent derrière eux leurs MS brisés pour en venir aux mains, sans plus se soucier de la bataille qui fait rage autour d’eux. L’ombre de Lalah plane sur les combattants…