西历2312年，自天人和国联军的宇宙决战已经过去四年。地球联邦政府为了树立新人类乃至于国家的统一和人类的统一，去除联邦正规军之外还组织了独立治安维护部队「A-Laws」。然而其实态却是借着统一的名目对反政府的势力及思想进行非人道的镇压。

另一方面，在四年前的最终决战中生还的刹那和天人不断探寻这改变世界未来之路。「A-Laws」的镇压下的伪和平以及歪曲的事实。刹那决意与拥有改变世界力量的高达一起再次决斗。

서기 2313년, UN군과 솔레스탈 빙의 대규모 전투 「폴른 엔젤스」의 종결로부터 4년의 세월이 지났다.

지구에는 UN을 모체로 한 지구 연방 정부가 설립됐고, 연방정부가 주체로 삼은 새로운 지배체제가 구축되고 있었다. 그런 상황에서 연방군은 더 많은 국가들의 연합과 인류의 의사 통일을 주장하며, 연방군과 별개의 독립 치안 유지 부대 「어로우즈」를 설립했다. 하지만 어로우즈는 치안 유지라는 명목으로 반정부 세력과 주의, 주장이 다른 그룹을 무력으로 탄압했다.

한편, 「폴른 엘젤스」에 의해 괴멸적인 피해를 입었던 솔레스탈 빙은 비밀리에 활동을 재개했다. 단독으로 세계의 움직임을 지켜보고 있던 세츠나도 어로우즈의 방식에 분노해서 조직에 복귀. 새로운 거점 프톨레마이오스2와 트윈 트라이브 시스템을 지닌 새로운 건담 「더블오 건담」을 구사해서 어로우즈 타도를 위해 움직인다.

「기동전사 건담 00 퍼스트 시즌」으로부터 4년이 지난 세계를 그림 속편. 활동을 재개한 솔레스탈 빙과 무력으로 인류의 의지를 통합하려는 어로우즈, 연방군 정부와의 대립이 계속되는 속에서, 뒤에서 전란을 조종하는 「이노베이터」의 진상이 서서히 밝혀져간다. 스피디하면서도 앞일을 예측할 수 없는 스릴 넘치는 전개가 계속되는 것이 이번 시즌의 가장 큰 특징이며, 전투 신도 약동감 넘치는 묘사가 대폭 증가했다. 또한 새로운 멤버를 맞이한 프톨레마이오스2의 멤버들과 4년 전에는 연인 사이었지만 지금은 적대관계가 된 사지와 루이스, 타도 건담을 목표로 삼는 가면의 사나이 등, 퍼스트 시즌과 마찬가지로 꼼꼼한 캐릭터 묘사 덕분에 작품의 밀도가 더욱 짙어졌다.

西暦2312年。ソレスタルビーイングと、国連軍との最終決戦から4年。地球連邦政府を樹立した人類は、さらなる国家の統合、人類の意思統一を目指すべく、連邦正規軍とは別に、独立治安維持部隊『アロウズ』を組織する。しかし、その実態は、統一に名をかりた反政府勢力や主義、思想等への非人道的な弾圧であった。夢を叶え、ルイス・ハレヴィとの約束を守るべく、宇宙技術者の道に進んだ沙慈・クロスロードも、否応なく連邦政府の改革に巻き込まれていく。一方、４年前の最終決戦で生き延びた刹那・Ｆ・セイエイは、ソレスタルビーイングによって変革を促された世界の行く末を見つめていた。監視者、アレハンドロ・コーナーを倒し、争いのない平和な世界になることを夢見て。しかし、彼が目の当たりにしたものは『アロウズ』によって作られた弾圧という名の平和、歪み続ける現実であった。彼は再び戦う決意をする。世界を変革出来うる力、ガンダムと共に。再び動き出す世界で刹那や沙慈の進み行く先はどこに向かうだろうか？