人類與傑特拉帝人在第一次星間戰爭之後握手言和。2038年從地球派出第37次超長距離宇宙移民船團－新Macross級超大型船團7號（NMCV-007）前往太空深處尋找適合人類生活的星球，直到2045年遇見神祕的原始惡魔軍團……（襲擊超時空要塞七號的是被普羅多惡魔洗腦操控的2043年巴洛塔調查部隊）。

『普羅多』族為宇宙第一個擁有文化的種族，在文明高度發展過程中分裂為二大勢力，雙方在向宇宙擴張勢力版圖時爆發衝突，雙方都同時發展出巨型生物兵器『傑特拉帝』（女性稱：『美特蘭蒂』）以遂行戰鬥，在戰爭蔓延擴大到整個宇宙時的戰爭末期，『普羅多』族為克制敵方的『傑特拉帝』而製造出七具戰鬥生物兵器：『艾比爾』（日語：エビル，英語：Ebiru），但是在尚未啟動前即被來自異次元的純精神能量生命體スピリチア(su-pi-ri-chia)佔據操縱，大約在地球紀年前50萬年，『普羅多』幾近覆滅才將其封印於一顆冰封的先進科學行星(後來人類所發現的巴洛塔3198XE星系第4行星)。

2043年巴洛塔（日語：バロータ，英語：Baroita）3198XE星系第4行星特別調查部隊，在調查當地的『普羅多』（Proto）遺跡時意外使附身在『艾比爾』身上的『普羅多惡魔』（Protodevilns）覺醒，並將巴洛塔調查部隊洗腦為己所用。

超時空要塞五號船團降落殖民『拉克斯』行星後，也遭到普羅多惡魔和巴洛塔軍襲擊及洗腦。

本作敘述熱氣·巴薩拉（Basara Nekki、熱気バサラ），米蓮·吉納斯（Mylene Flare Jenius、ミレーヌ・F・ジーナス），雷伊·拉布洛克（Ray Lovelock），比希達·費斯（Veffidas Feaze、ビヒーダ・フィーズ）等人以搖滾團體Fire Bomber在MACROSS 7活動的故事。