먼 옛날, 세계에 페어로렌이라 하는 죽음의 신이 천계의 수장의 딸, 이브를 죽인 대죄를 범하고 지상으로 쫒겨나 세계를 멸하려 했다. 신은 세븐 고스트라는 일곱 명의 사신(死神) 을 보내 페어로렌을 봉인하여 인간 세상에 평화를 되찾아온다. 그 후 이 세계에는 라그스 왕국과 발스부르그 제국, 안트발트 왕국이 남았고, 제7구역이라 불리는 교회가 중립국으로 존재하고 있었다. 그 중 라그스 왕국과 발스부르크 왕국은 오래전부터 페어로렌의 육체와 영혼을 각각 나눠 봉인한 '미카엘의 눈동자'와 '라파엘의 눈동자'를 갖고 불가침 조약을 체결하여 평화롭게 지냈다.

하지만 라그스 왕국이 교회가 관리하고 있던 판도라의 상자(페어로렌의 몸을 봉인한 상자)를 빼앗고 남은 한 개의 눈동자마저 빼앗기 위해 제국을 침공한 것으로 알려진 라그스 전쟁이 일어나고, 라그스 왕국은 멸망하여 발스부르그 제국 (제4.5.6구역) 에 흡수된다. 왕족은 남지 않았다고 전해지고 국민은 발스부르그 제국의 노예가 되었다. 또한 전쟁 중에 라그스 왕국이 가진 미카엘의 눈동자도 잃어버린 상태.

라그스 전쟁 종결로부터 수십년 후, 발스부르그 제국군 사관학교의 뛰어난 후보생 '테이토 클라인'은 잃어버렸던 과거의 기억 일부를 떠올리고, 제국군의 참모총관 아야나미를 습격하려다 붙잡힌다. 유일한 친구 미카게의 도움으로 제국군에서 탈출해 쫒기던 중 추락하지만 우연히 프라우 사교에 의해 구출 되고 중립지대라 할 수 있는 제7구역 교회의 보호를 받게 된다.

테이토 클라인은 자신의 과거와 라그스 왕국의 진실을 찾고자 사교 시험을 치루게 되고, 페어로렌과 얽힌 세븐고스트의 정체도 알게 되는데...