L'Accademia Militare dell'Impero di Barsburg è nota per la formazione di élite che portano la vittoria all'impero. Gli studenti dell'accademia utilizzano un'abilità chiamata "Zaiphon" per combattere, mentre i tipi di Zaiphon utilizzabili dipendono dalla natura del soldato.

Teito Klein, uno studente dell'accademia, è uno dei soldati più promettenti. Sebbene sia ridicolizzato da tutti per essere uno sklave (schiavo in tedesco) senza ricordi del suo passato, fa amicizia con un compagno di studi chiamato Mikage. Mentre si prepara per l'esame finale, Teito scopre un oscuro segreto legato al suo passato. Quando un tentativo di assassinare Ayanami, un alto funzionario che ha ucciso suo padre, fallisce, Teito viene rinchiuso in attesa della punizione.

Mikage lo aiuta a fuggire. Teito finisce nella chiesa del settimo distretto dove viene accolto dai vescovi. È qui che Teito cerca di sfuggire alla presa di Ayanami e dei militari, in modo da poter ritrovare i suoi ricordi.