A nova temporada começa com o gancho do último episódio, em que Cartman tentava descobrir as suas origens paternas.

A conclusão para o final de suspense da primeira temporada,Quando Mephesto está prestes a revelar a identidade do pai de Eric Cartman , o engenheiro genético é baleado por um atirador misterioso.

Kyle e os meninos descobrem o que significa ser circuncidado, eles tentam salvar Ike desse destino.

Uma série de crimes com galinhas revela que Diretor Barbrady não lê! Quando Barbrady renuncia e anarquia segue.Cartman traz sua própria lei para as ruas de South Park .

Os meninos conhecem a enfermeira Gollum. Eles estão horrorizados ao descobrir que ela tem um feto morto ligado a seu rosto. Enquanto isso, a equipe de queimada torna-se elegível para competições de Campeonato do Mundo.

Os meninos tem que entrevistar veteranos da Guerra do Vietnã. Eles decidem entrevistar, Jimbo e Ned. Os dois contam uma história com parque de diversões e afirmam que eles sozinhos derrotaram todo o exército. Seu relatório recebe um "F-". Os garotos furiosos fazem uma vingança contra Jimbo e Ned

O ônibus escolar fica preso na borda de um penhasco, Ms. Crabtree deve deixá-los sozinhos, a fim de obter ajuda.

Verão chega em South Park. A neve derreteu e os garotos vão comprar fogos de artifício para o dia 4 de julho, mas descobrem que os fogos foram proibidos

Os meninos fazem uma festa do pijama na casa de Kenny e acabam com catapora.

Depois de uma viagem ao planetário, as crianças tornam-se hipnotizadas. Cartman faz audições para a propaganda do Cheesy Poofs.

Stan e Kyle construem um clube para que eles possam ficar com as meninas. Cartman e Kenny se reúnem para competir com os dois.Randy e Sharon se separam.

Os meninos colocam as suas esperanças em vencer os bonecos de Terrance e Phillip, enquanto Cartman tem um infeliz acidente com um touro.

O Chef é processado pela Capitalist Records por tentar obter os direitos da música que ele escreveu há 20 anos atrás.

A tia de Sharon, faz uma visita e traz para Stan um peixe que fica mandando mensagens malignas e, logo, cadáveres começam a aparecer.Os meninos descobrem que existem dois Cartmans.

Kyle, Stan e Kenny passam o Natal com Eric e sua família. Um dos parentes de Cartman foge da prisão para comparecer à festa e vem com o seu companheiro de cela, Charles Manson.

O Sr. Garrison manda as crianças fazerem um trabalho sobre os eventos atuais, para ajudá-lo no emprego. Os meninos estão pensando em fazer um trabalho sobre gnomos.

Kyle cai em uma caverna. Stan vai resgatá-lo e encontra um homem do gelo. O Dr. Mephisto descobre que o homem do gelo está congelado desde 1996.