两只怪兽哥尔赞和美尔巴的出现，打破了地球和平的寂静。怪兽们登陆日本，目标直指某个地方。那里有无人知晓的超古代文明遗迹！而胜利队队员们在这发现了传说中的巨人迪迦！

久良良岛上不断发生人类石化的怪事，这全都是栖息在这个岛上的怪兽加库玛的所作所为。胜利队用强化了武器的飞燕二号粉碎了在地上暴乱的加库玛。在众人放松警惕之时，伴随着地鸣声又出现了另一只加库玛！

基里艾洛德人以地球守护神的身份出现在了居间惠队员面前，还逼迫居间惠承认基里艾洛德人是人类的领导者。但是，居间惠相信着迪迦奥特曼才是引导人类的存在！

从宇宙飞来的威猛怪兽立加德隆把行踪不明的宇宙船连同宇航员一起吞入了体内。但是，宇航员们并没有完全失去意识。新城队员在拼命地呼唤着在怪兽之中的他们的意识！

北川市沿岸漂浮着怪兽的尸体，胜利队迅速地开始处理。但是作战失败，没有生命反应的怪兽居然复活了！想要消灭怪兽只能通过焚烧这一方法。宗方副队长再次制定作战方案，向不死之身的怪兽进发。

奇怪云团接近地球，崛井推测这是栖息在空中的闪电人的巢穴。他查明了云中出现的怪兽所说的特殊语言，最后继承了在调查中失去联系的恩师的遗志，尝试着和怪兽对话！

企图侵略地球的雷丘兰星人在接近地球时，因宇宙船遭到攻击而对宇宙空间站的技术长官七赖怀有深深的怨恨。雷丘兰星人在知道了丽娜队员是七赖的女儿后就绑架了她，企图让七赖尝到地狱般的痛苦。

在万圣节的夜晚，胜利队收到异常反应后马上开始调查。与此同时，在奇怪魔女后面追踪的大古，知道了暗中活动的以掠夺孩子的梦想作为自己能量的异次元人基兰勃。基兰勃让大古的愤怒爆发了！

在建筑现场发现了神秘的胶囊，前来调查的大古和丽娜在那里遇到了不可思议的少女。而在胜利队总部保管的另一个胶囊的封印被少女的笛声解开之时，在耀眼光芒的指引下从宇宙中来了一只怪兽！

新城和妹妹真由美一起去了游乐园，在那里他们认识了遭受欺负的春树兄妹。新城教给了春树“勇气的强大”。这时突然从地底出现的怪兽嘠地开始了侵略。为了拯救妹妹，春树不顾生死尝试引诱开怪兽！

崛井来到了捕捉到谜之生命反应的现场，还与大学时代的朋友良介和沙耶香再会了。但是，良介的样子有点奇怪。而崛井在良介的身体里捕捉到了怪兽的反应，这让他的疑惑更深了。

丽娜现在的“恋人”海豚小牧最近无精打采的，好像受了什么惊吓。这时，导致海底群发地震的元凶怪兽雷伊洛斯出现了。小牧用动物的本能感受到了雷伊洛斯的到来。迪迦将挑战污染和平之海的雷伊洛斯！

新城的表兄弟真一在一晚目击了用奇怪的光线枪吸人的勒比克星人，它们的目的是捕获大量地球人作为奴隶。为了救出被捕的真一他们，迪迦奥特曼将挑战勒比克星人！

大古从神秘男子中救出的少女露西亚，她好像是从宇宙的某个地方来的。而袭击了路西亚的男子，还盯上了和她一样戴着手铐的年轻人。其实是木珍星人将露西亚他们发射到地球上的，为的是享受狩猎游戏！

怪兽加佐特变强后再次出现，袭击了真由美的恋人赛车手拓摩所乘坐的客机，还在机场附近持续暴乱。胜利队陷入苦战，前来迎接拓摩的真由美也面临危机。就在这时，一个男人把怪兽引诱开了！

在宿那山流传着江户时代鬼神被封印的传说。而因盗掘者们从御堂拿走了封印之剑，宿那鬼复活了。前往迎击的大古在山中遇到了一个人，他说：“我的名字是锦田景龙。以前是封印了那个鬼的人。”

深夜连续发生了迷之失踪事件，胜利队在调查事件时遇到了一位帮助老婆婆的外星人。他自称斯坦德尔星人雷德尔，说这一连串的事件是强大士兵阿勃巴斯为了得到不论昼夜的战斗能力所为。

死火山雾门岳突然喷发了。胜利队对岩浆的奇怪流向抱有疑问，出动了地底战车皮帕到现场调查。到达地下形成的大空洞时，大古察觉到了奇怪的气息。对，那家伙回来了！

神秘机器人突然出现并引起骚动。而在新型推进系统的实验中，丽娜目击到了漂浮在宇宙中的机械岛，危机正在逼近地球。为了应付岛屿对地球发起的攻击，新造战舰亚特迪斯号将出击。但这时，胜利队基地发生了异变！

迪迦从企图一起自爆的基加那艰难生还。胜利队调查了回收来的基加零件知道了真相，机器人机械岛等一连串事件的目的是消灭使用麦格斯动力的人。

恐怖魔神艾能美那拥有让人类头脑失控成为暴徒的力量。胜利队注意到在艾能美那的去处总有一个奇怪剧团“愉快的伙伴们”，于是调查了剧团的人气人物德班。其实，德班正是掌握着击退艾能美那关键的怪兽！

因与宇宙观测中心的联系中断，崛井和大古前往调查。观测中心受到神秘磁场严重影响，附近的村子也不知为何没人了。大古等人从被救的女性那听到了“雾袭击了我”这样奇怪的话。

有一天，自称那加的外星人袭击了地球，作为其尖兵的二个恐龙人类亚当和夏娃暗中活动着。为了侵略而启动的人造恐龙体内，有着能使地球上半数生物死亡的中子炸弹，夏娃在知晓真相后非常动摇！

从北关东的利户间町那收到了怪现象发生的消息后，大古和崛井出动了。事件好像与怪兽有关系，但是听到了怪兽声音的少年们，却是些撒谎成性、古灵精怪的孩子。怪兽真的存在吗？

在成市的上空出现了天使，这迅速成为了人们的话题。但胜利队队员们在天使背后看到了不祥的影子。原来是基里艾洛德人在煽动人们，要把迪迦奥特曼从地球上除掉！

有一家人兜风回来的路上看到了不可思议的彩虹，就从下面穿过去了。但不管怎么走都到不了镇上，这一家子在不知不觉中已经误入了异次元空间。而那里是怪兽嘠地、希尔巴贡暴乱的恐怖怪兽魔境！

“看见了奥比克！”这是附近正在进行大规模开发工程的彦野町的奇怪传言，妖怪奥比克正威胁着夜深人静。受委托出动调查的胜利队被奥比克的魔力不断玩弄。奥比克的目的到底是什么呢？

在闪电人歼灭计划开始之前，怪兽乔贝利艾在街上出现了。TPC出动全力攻击怪兽，在不断的战斗之中，队员们的心中有了各种各样的想法。“我们胜利队的使命到底是什么？”

新城队员在试飞发生事故之后，一反常态，异常执着于人气偶像来栖玛雅。其实是事故发生时他的身体被外星人寄宿了。这外星人是前来接15年前被遗弃在地球上的妹妹玛雅。

大古和丽娜在动物园享受久违的休假时，突然出现了怪兽。胜利队马上出动，不过怪兽看起来并不特别粗暴。队员们想在怪兽暴乱并造成损害之前先下手为强，但丽娜却极力反对。

在南极发现的陨石中，寄生着来自行星比佐摩的生物。胜利队队员们正梦想着能和拥有认知、有助于地球环境的生物共存。而这生物只考虑自身的繁殖，还为了收集必要的能量占据了胜利基地的主计算机！

一只怪鸟正向有着各种封印的某处飞去。发明并封印了滋尔达气体的根津博士说，二十年前因气体牺牲的女儿的宠物小鸟变成怪兽出现了。胜利队立即采取了防御措施。

大都市里频频发生谜一样的失踪事件。杂志记者小野田向宗方表明，事件背后有吸血鬼暗中活动，而且犯人中有以前的搭档。休拉诺斯企图让世界成为被黑暗支配的魔界，而胜利队与之野心对抗！

泽井总监乘坐的飞机失联了。胜利队立刻前往搜索，但在某个岛的上空遭到神秘屏障干扰。与此同时，总监发表了以该岛为首都的新国家诞生声明。而胜利队发现了借总监身份的神秘人的企图。

袭击总监们的神秘生物兵器，与二十四年前来到地球的神秘外星人有关系。丽娜被那个外星人的幻影所困后被绑架了。外星人企图使用巨大怪兽来突变地球环境。为了救出丽娜，迪迦飞奔而出！

以前失踪的船舶与飞机突然出现。野瑞被命令调查因同样的现象出现的过去的少女。知道了一切都是操纵时空的怪兽的所作所为，胜利队开始了怪兽击退作战。

在没有任何事件发生的和平时期，胜利队队员们久违地去赏花。陶醉于夺人灵魂的樱花之美，队员们忘却了时间的流逝，享受着樱花的乐趣。就在这时，留在本部看家的大古队员察觉到了赏花的地方，X点发生了某种异变……

街道上到处都是怪兽出现的传言。但这是TPC情报部为了观察人们反应而散布的谣言。虽知如此，居间惠队长还是得命令队员们进行现场调查。可怪兽其实真的存在！

有一天，大古收到了一份“我知道你的真面目”的邮件。发送者是有着超能力的青年，他建议大古参加一个游戏。有着他人所没有的“力量”却艰难过日的青年，对凭借“力量”而大显身手的大古抱有近似嫉妒的想法。

自从未知的字宙射线落到地球上以来，人们就为每夜出现的怪兽而烦恼。虽然出动的是胜利队，但是对于这个次元上不存在的怪兽，却无能为力。看来怪兽是在人梦时脑波中的宇宙射线起作用才出现的。

新城的两位挚友乘坐的宇宙船，在受到袭击后迫降了。赶来救助的新城打倒了突然出现的怪物。但那是被神秘生命体伊路德侵占而异变的一位挚友。新城被强烈的罪恶感所折磨着！

有一天，野瑞被邀请到一个巨大的游戏都市“城镇”。但一起来的丽娜消失了，他也被卷入了奇怪异空间的战斗中。拥有自我意识的“城镇”电脑卡莲，开始了一个恐怖的地球征服计划！

九州熊本出现了怪兽，胜利队立即出动。就在这时，驾驶着胜利飞燕一号的大古的神光棒出现了不可思议的反应。神秘男子对大古的意识说：“我一直在等你。”大古为了阻止怪兽进攻而变身了。

神秘男子和大古一样是继承超古代人遗传因子的人。他从大古那里夺走了神光棒，男子想用超人之力镇压人类，从而变身成了邪恶迪迦。大古为自己的无能而深深后悔，但就在这时……

有一天，地球上出现了很久以前在地上盛开的植物奇杰拉。它的花粉有可怕的幻觉作用，据说太古时期的人类，成为了这个幻觉的俘虏，最后走向毁灭。再次灭亡是不可避免的命运吗？大古作为一个人类挑战命运！

一直在拍摄江之电照片的摄影师星野，目击了在铁路旁从海那接近的怪兽身影。但胜利队进行了周密的调查，却完全找不到怪兽的痕迹。大古和丽娜相信星野的直觉，再次前去现场调查之时……

在崛井约会中发生了电力异常事故。那是移植了艾勃隆细胞突然变异的猴子引起的。崛井为了解决事件，重新整理了研究所留下的数据。在那期间，他与打算重新审视过去悲剧的沙耶香再会了。

TPC的月球表面基地卡罗全灭了。唯一的幸存者岸勇作证，犯人是疾风队长。这让疾风的挚友居间惠无法相信。也不知为何总监们驳回了搜寻疾风的请求。没想到在这背后隐藏着外星人的阴谋！

大古看到了一个“想买怪兽”的奇怪男人。这男人被告知“有关于怪兽的事去问圆谷英二导演”后，就在不可思议的光中消失了。紧追男人后面的大古，到了正在制作怪兽特摄节目的1965年的圆谷制作公司。

大古为世界被黑暗封闭的噩梦所困扰。而这个噩梦好像现实化了一样，怪兽佐加从超古代的遗迹中出现了。虽然胜利队出击了，但是面对高速飞行的佐加陷入了苦战。丽娜驾驶白雪号追击着佐加。

由于在各地出没的佐加，世界陷入了大混乱。然后超古代遗迹的底部出现了最强的恶魔·加坦杰厄，这个世界即将被封闭在真正的黑暗中。人类就这样被黑暗吞噬了吗？大古，现在正是展现光之力量的时候！