Oito horas se passaram desde a fuga, Michael, Lincoln, Sucre, C-Note e Abruzzi ainda tenta despistar os policiais.

Mahone tenta enganar os fugitivos, Michael e Lincoln bolam um plano para libertar LJ. Sucre, Abruzzi e C-Note tem seu próprio plano, para se livrar da perseguição. Tweener se infiltra em um grupo de estudantes.

Michael e Lincoln, ferido, tentam enganar Mahone, que está perto de encontrá-los. Sara recebe uma visita surpresa.

Bellick acompanha Michael, Lincoln e Nika na busca pelo dinheiro roubado por Westmoreland durante o sequestro de um avião em 1971.

Michael e Lincoln estão ansiosos para localizar o rancho Double K, onde Westmoreland escondeu seus milhões. Sucre vai para Las Vegas para impedir o casamento de Maricruz com seu primo Hector.

Mahone se interessa pela história de DB Cooper. Na sua busca pelo tesouro de Westmoreland, Michael e Lincoln viajam de casa em casa em Utah. A jornada de Haywire fora da prisão continua.

Michael, Sucre, T-Bag e C-Note reivindicam o tesouro escondido. Lincoln arrisca tudo para pegar LJ. LJ fica desconfiado com a fuga fácil.

Na sua tentativa de ficar com todo o dinheiro, Sucre encontra dificuldades inesperadas. Bellick e seu parceiro não desistiram de encontrar os fugitivos.

Michael faz uma visita à ex-esposa de Mahone e junta os pedaços do passado obscuro do agente. Bellick arma uma cilada para T-Bag e não medirá esforços para descobrir onde está o dinheiro.

Michael e Sara finalmente se reencontram, mas são interrompidos por Mahone, que finalmente os alcança. Lincoln conversa com seu pai. Bellick consegue fazer T-Bag revelar seu segredo. Sucre tenta falar com Maricruz.

Enquanto Lincoln tenta se encontrar com Michael, ele precisar dizer adeus a alguém que ama. Michael tenta conseguir um avião para a fuga. T-Bag consegue sua revanche.

Com Mahone em seu encalço, Michael, Lincoln e seu pai, e Sucre correm para chegar ao avião de fuga. O reencontro de Michael com seu Pai elucidam sua infância problemática.

Bellick sente tudo, menos felicidade, em seu súbito retorno ao presídio Fox River. Enquanto isso, Michael e Lincoln talvez tenham de encarar sua própria volta à prisão.

Michael, Lincoln e Kellerman enfrentam diversos obstáculos enquanto eles tentam capturar e proteger Terrance Steadman. Uma tragédia atinge a família Mahone.

Michael, Lincoln e Kellerman fazem os jornalistas reféns enquanto tentam esquivar-se das autoridades e mandar uma mensagem para Sara, cujo paradeiro é desconhecido.

Quando o restaurante onde estão comendo é assaltado, C-Note salva a vida de uma jovem garçonete.

Michael e Sara recorrem a Henry Pope para conseguir uma informação que irá derrubar a Companhia. Um fugitivo tem de escolher entre sua filha e os seus amigos. T-Bag leva a família Hollander para a casa onde passou a infância.

Michael, Lincoln e Sara finalmente ouvem a prova que pode libertar Lincoln. No entanto, eles precisarão de outro aliado para que a verdade seja esclarecida. T-Bag procura ajuda psicológica. Para garantir a segurança da família, C-Note precisa fazer um último sacrifício.

Michael sofre as consequências, mas finalmente fica cara a cara com a Presidente. Uma aliança atípica se forma entre Bellick e Sucre. T-Bag perde seu dinheiro e C-Note recebe uma oferta caso aceite trair Mahone.

Quando os irmãos se preparam para zarpar ruma à liberdade, Sara é forçada a se sacrificar para garantir a segurança deles. T-Bag deixa um rastro de morte no sul da fronteira. C-Note finalmente recebe a oferta que tanto esperava.

Sara vai a julgamento. Michael está determinado a reaver os cinco milhões de dólares e colocar um ponto final no reinado de terror de T-Bag. Kellerman encara seus demônios. Lincoln e Mahone se enfrentam.

Michael tenta salvar Lincoln e ele próprio da armadilha de Mahone. Uma testemunha surpresa no julgamento de Sara provoca uma reviravolta. Sucre coloca a vida em risco para encontrar Maricruz. T-Bag escolhe o lado errado.

Michael está preso em uma prisão do Panamá chamada Sona, junto com T-Bag, Bellick e Mahone. Lincoln tenta encontrar Sara e recebe notícias de seu filho. Essas notícias indicam que Michael precisa resgatar uma pessoa chamada Whistler em uma semana.

Michael tenta encontrar Whistler antes de Mahone. Tentando encontrar pistas dentro da prisão, Lincoln encontra um velho amigo e faz uma nova amizade. T-Bag põe à prova a tolerância de Lechero. Os presos ameaçam começar uma rebelião por falta de água.

Decidido a falar com Sara, Michael pede ajuda a T-Bag para conseguir o único telefone de Sona: o de Lechero. Lincoln tenta um resgate arriscado. Whistler confessa seu passado a Michael. Mahone retoma um velho hábito. Bellick ganha um novo inimigo.

Depois de fracassar na tentativa de resgate, Lincoln recebe uma ameaça mortal da Companhia. Michael começa seu plano de fuga de Sona. Mahone tem alucinações de Haywire. T-Bag torna-se membro do grupo de Lechero. Bellick tenta entregar Michael mas fracassa.

Um novo prisioneiro entra em Sona, deixando Whistler nervoso e aumentando as suspeitas de Michael. Lincoln planeja uma fuga com Sofia mas Susan o pressiona para acelerar o plano. Sucre tenta se aproximar de Sona.

Michael ameaça cancelar o plano a menos que tenha uma prova de que Sara está viva. Whistler é acusado de assassinar um prisioneiro e Michael deverá provar sua inocência e salvar sua vida.

Quando Michael descobre que Sara está morta, descarrega sua raiva em Whistler colocando-os em uma luta. A oferta que Mahone recebeu não é o que parece. Lincoln e Sofia estão com problemas. Susan ameaça matar LJ. Lechero começa a perder o poder em Sona.

Susan tenta resgatar Whistler com suas próprias mãos, deixando a vida de Michael em perigo. Lechero revela um obscuro segredo de Sona. Sofia descobre mais coisas do passado de Whistler. A liberdade de Mahone dependerá de seu testemunho.

Depois de levantar suspeitas do Exército do Panamá, Michael é levado para a solitária. T-Bag reserva seu lugar no plano de fuga. Bellick coloca sua vida em perigo e Susan entra em contato com Sucre. Sammy recebe um presente.

Quando Lechero perde sua autoridade em Sona, Sammy tenta colocar um fim no plano de fuga de Michael. T-Bag pressiona Bellick para que lute mais uma vez. Lincoln e Sucre preparam um plano para acabar com Susan. Outro corpo é eliminado em Sona.

As fortes chuvas obrigam Michael a mudar os planos e decidir fugir ao anoitecer. McGrady se une ao grupo. T-Bag e Lechero formam uma aliança, e Bellick tem esperança de formar outra com Mahone. Lincoln e Sucre ajudam a cortar a luz de Sona.

Michael e seus companheiros de prisão fogem de Sona, mas a fuga não sai como previsto para todos.

Michael e Lincoln devem entregar Whistler para salvar a vida de LJ e Sofia. Mahone aproveita uma grande oportunidade. T-Bag vira o novo chefe de Sona. Um novo rosto entra em Sona e outro sai sem vida.

Michael carrega Gretchen/Susan, Whistler e Mahone para Los Angeles. O caos impera em SONA quando T-Bag, Bellick e Sucre desaparecem. Lincoln e L.J. continuam com Sofia.

Michael, Lincoln e os demais recebem um novo membro em sua equipe, Roland e equipe trabalham para copiar o cartão com informações. Wyatt continua sua busca para achar os irmãos. T-Bag segue para o norte.

Michael tenta encontrar a pessoa que está com o cartão e evitar voltar a penitenciária. Wyatt descobre novas informações sobre o paradeiro de Sara. T-Bag usa uma nova identidade para fazer uma nova vida para si próprio.

Michael e os outros seguem um outro portador do cartão até o consulado. T-Bag chega a Los Angeles e encontra Michael e Lincoln. Wyatt também vai para Los Angeles, tentando encontrar Sara. O corpo de Bruce é descoberto.

Self encontra outro cartão, escondido em um cofre dentro de um prédio federal. Mahone continua sua busca pela vingança. A nova vida de T-Bag pode estar correndo perigo.

Toda a operação pode estar em risco quando Mahone arranja uma confusão. A irmã de Gretchen recebe uma visita surpresa. T-Bag continua a levantar suspeitas em Gate.

Lincoln, Sara, Sucre e Roland viajam a Las Vegas para tentar encontrar o próximo cartão. Gretchen recruta T-Bag. Wyatt segue Self.

Lincoln se esforça para encontrar o último cartão, que está com o General. Enquanto isso, Michael e Self são forçados a trabalhar com Gretchen.

Lincoln, Michael, Sucre e Bellick chegam aos domínio da Companhia. Gretchen encontra-se com Pad Man. A condição de Michael continua a piorar. A polícia interroga T-Bag sobre o desaparecimento de Andy. Wyatt faz uma proposta indecente para Sara.

Sara fica sem escolha a não ser levar Michael para o hospital, pois sua saúde piora cada vez mais. Sucre e Lincoln encaram um território desconhecido, quando passam a chefiar a operação. O agente Self consegue um aliado inesperado.

Michael arrisca sua vida ao invadir a Companhia junto com os colegas. Gretchen tenta pegar o último cartão, tendo um encontro com o General. Os dias de Trishanne podem estar contados.

Sara faz uma pessoa refém como parte do plano de assegurar o Scylla. Michael e Lincoln finalmente encontram o General, enquanto um dos seus membros muda de lado.

O General trabalha para recuperar o Scylla. T-Bag consegue um novo parceiro. Michael e Lincoln têm uma reunião importante.

Gretchen e Self conseguem o Scylla e um comprador. Michael luta ao lado da Companhia para recuperar o Scylla. Mahone pede ajuda a um conhecido. T-Bag continua mantendo algumas pessoas inocentes como reféns.

Michael consegue cuidados médicos especializados. Charles Westmoreland ajuda a decifrar alguns segredos do Scylla. Lincoln e Sucre fazem o possível para recuperar o Scylla, antes que ele se vá para sempre.

Lincoln e sua equipe viajam para Miami na busca do Scylla. Michael descobre alguns segredos chocantes de seu passado, enquanto Sara procura desesperadamente por ele.

Michael e Sara vão de carona até Miami, e Lincoln encontra com Christina, que lhe fala sobre seu plano de assumir a Companhia, e ainda o avisa para não se meter. Um novo inimigo desafia Pad Man, e T-Bag e Self descobrem algo inesperado em sua busca por Scylla.

Michael e Lincoln aparecem para proteger Scylla enquanto Christina dá início ao seu plano. Sara recebe notícias que podem mudar sua vida. T-Bag chega à Embaixada Indiana. O General fica cada vez mais paranoico.

Michael encontra Christina. O General chega a Miami. T-Bag deve se pôr a prova para a Companhia.

Michael deve tomar uma decisão enquanto o caos impera no conferência de energia.

Rostos conhecidos aparecem quando Michael tenta derrubar a Companhia.

Michael faz sua última tentativa de destruir a Companhia.