Michael carrega Gretchen/Susan, Whistler e Mahone para Los Angeles. O caos impera em SONA quando T-Bag, Bellick e Sucre desaparecem. Lincoln e L.J. continuam com Sofia.

Michael, Lincoln e os demais recebem um novo membro em sua equipe, Roland e equipe trabalham para copiar o cartão com informações. Wyatt continua sua busca para achar os irmãos. T-Bag segue para o norte.

Michael tenta encontrar a pessoa que está com o cartão e evitar voltar a penitenciária. Wyatt descobre novas informações sobre o paradeiro de Sara. T-Bag usa uma nova identidade para fazer uma nova vida para si próprio.

Michael e os outros seguem um outro portador do cartão até o consulado. T-Bag chega a Los Angeles e encontra Michael e Lincoln. Wyatt também vai para Los Angeles, tentando encontrar Sara. O corpo de Bruce é descoberto.

Self encontra outro cartão, escondido em um cofre dentro de um prédio federal. Mahone continua sua busca pela vingança. A nova vida de T-Bag pode estar correndo perigo.

Toda a operação pode estar em risco quando Mahone arranja uma confusão. A irmã de Gretchen recebe uma visita surpresa. T-Bag continua a levantar suspeitas em Gate.

Lincoln se esforça para encontrar o último cartão, que está com o General. Enquanto isso, Michael e Self são forçados a trabalhar com Gretchen.

Lincoln, Michael, Sucre e Bellick chegam aos domínio da Companhia. Gretchen encontra-se com Pad Man. A condição de Michael continua a piorar. A polícia interroga T-Bag sobre o desaparecimento de Andy. Wyatt faz uma proposta indecente para Sara.

Sara fica sem escolha a não ser levar Michael para o hospital, pois sua saúde piora cada vez mais. Sucre e Lincoln encaram um território desconhecido, quando passam a chefiar a operação. O agente Self consegue um aliado inesperado.

Michael arrisca sua vida ao invadir a Companhia junto com os colegas. Gretchen tenta pegar o último cartão, tendo um encontro com o General. Os dias de Trishanne podem estar contados.

Sara faz uma pessoa refém como parte do plano de assegurar o Scylla. Michael e Lincoln finalmente encontram o General, enquanto um dos seus membros muda de lado.

O General trabalha para recuperar o Scylla. T-Bag consegue um novo parceiro. Michael e Lincoln têm uma reunião importante.

Gretchen e Self conseguem o Scylla e um comprador. Michael luta ao lado da Companhia para recuperar o Scylla. Mahone pede ajuda a um conhecido. T-Bag continua mantendo algumas pessoas inocentes como reféns.

Michael consegue cuidados médicos especializados. Charles Westmoreland ajuda a decifrar alguns segredos do Scylla. Lincoln e Sucre fazem o possível para recuperar o Scylla, antes que ele se vá para sempre.

Lincoln e sua equipe viajam para Miami na busca do Scylla. Michael descobre alguns segredos chocantes de seu passado, enquanto Sara procura desesperadamente por ele.

Michael e Sara vão de carona até Miami, e Lincoln encontra com Christina, que lhe fala sobre seu plano de assumir a Companhia, e ainda o avisa para não se meter. Um novo inimigo desafia Pad Man, e T-Bag e Self descobrem algo inesperado em sua busca por Scylla.

Michael e Lincoln aparecem para proteger Scylla enquanto Christina dá início ao seu plano. Sara recebe notícias que podem mudar sua vida. T-Bag chega à Embaixada Indiana. O General fica cada vez mais paranoico.

Michael encontra Christina. O General chega a Miami. T-Bag deve se pôr a prova para a Companhia.

Michael deve tomar uma decisão enquanto o caos impera no conferência de energia.

Rostos conhecidos aparecem quando Michael tenta derrubar a Companhia.

Michael faz sua última tentativa de destruir a Companhia.